RnoINT0049264 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004171 | Dnah9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:RGD Symbol;Acc:621799]
Coordinates
chr10:52518329-52531038:-
Coord C1 exon
chr10:52530831-52531038
Coord A exon
chr10:52518495-52530830
Coord C2 exon
chr10:52518329-52518494
Length
12336 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
CTAACTGGATCTCTCCTCAGCTG
3' ss Score
6.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGTCCTGGAGAAACCTCTAGAAAAGAAAGCTGGAAGGAATTATGGCCCTCCAGGTAACAGGAAACTCATCTACTTCATCGATGACATGAACATGCCCGAGGTGGACGCCTATGGGACAGTACAGCCCCACACTGTCATCAGGCAGCACCTAGACTATGGCCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004171:ENSRNOT00000005583:38
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127752=AAA_7=FE(25.4=100)
A:
NA
C2:
PF127752=AAA_7=FE(20.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]