HsaINT0050698 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197959 | DNM3
Description
dynamin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29125]
Coordinates
chr1:172379018-172387359:+
Coord C1 exon
chr1:172379018-172379182
Coord A exon
chr1:172379183-172387132
Coord C2 exon
chr1:172387133-172387359
Length
7950 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
TCTCTGTGGTGATCTGACAGGTT
3' ss Score
7.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGAAAATGATGAGAATGGACAAGCAGAAAACTTTTCCATGGACCCACAATTGGAGAGGCAAGTGGAGACCATTCGCAACCTCGTAGACTCCTACATGTCCATTATCAACAAATGTATCCGAGATCTAATTCCAAAAACAATAATGCACCTTATGATCAATAAC
Seq A exon
GTAAGTGATTATAAACTACCTCCATTTAACTTCTAACCCATCCGAGTGTGGAAGTTGCACATATTATCTTCAGCTTCTTTGTGTATTTTCTGGATAGTTCAAATAATATTACCCAGGTTCATCATTTTCCATTAGACGTGATATGTGACTGACCAGTGAAAGAGAACTTAGGGAAGAAAACTTAAAACTTCTAGCTATAGGACTGAGGTATTCCCCATTGGCTGTCTTCTAGAAGAGTGTGAGTTTGCTCACAATAAAGCAAAACAAAAACACCATAATCCTGGGCATCATGTAAATTAATTGCAAAACCAGCAAAGAAACCAGATGCCCTGGCTCCTAGACTTTGAGACTAAAGGCAAAGGATATATTTGTTCCTATGCCCATGCGTGTGCATGCATGTGCACACACATATATAAAATATGTTAATATGATTATTTTCAGCTTCTAAAATCTATGGAATGCTATTTTAACCTGGGAAAGGGCTTCTTGCTTTATTCCCTCGGATTAAAAACTCAGTGAATTTTATTTTTCTAAGGTAAGGATGCTATAACCTCAAATCTGAAAATCCTGCTTGACTAGCCATCAATGGGTCTAAATAACCTTTTCAAGGTTATTTATAGTAGTCAGAGTATGATACTTAAATTATGTTTGATTTAGTTCTTTTGGTAGTTAACTTTTTACAGTACAAATAATACCACAAGTTATTTGAGAAATAGTCTTTTAGATAAGATAGGTTATAATGAGGTGTTTTATAGGGGGCTTTTCTGAATCTTGACAAGTGAGACACCAATAATTTTATTCCTAGTTATCTTCTAAGGACATCTTTTTATTTAATCCAATGATAAATTATGAGCATTACTTGTAAGAAATTAAAATTAGATGGCAAAGTACTAAAAAGAGCCCCAAAGTAGAATTTAGGAGAAATCTGGGTTCTAAATCTGGTTCTGCTACAGACTCTGTTGACCTAAGGTGAGTCTCTTTCATGTGTCTGTTTCCTCCATATGTAAAATACTAATTGTAGTAAGTGTATCTGACTTAGGGATTTGTTCCAGAAGATGGTACAAATGAAAGTACTGTGAAAAATATAATTGTAAGAAATTAATATGGCTGCCTATTTAAGAACTGTAAATAGCCCTTGTTCATATTTCATGGTTAATTTCAAAATTTTATTTCTAAATACGACAGTCCGTTCATTGTCCATGATCTCTGCATTCCTTGACTGTAAGCAACCCCAAGCACTCATGTGAACAATCTTATTTTTAACTAACACTATTTTCATACACGTATGTATTCAAACAAGGTTAGCTGGATGCTTTGAAGAATCAGCAACAGGTAAGCAATAAATTAGAAATGTGGGAACTATGAATTGTATTCTTTTGACCAATGGCTTTCTGTGTAACCTAAAGCAAATCATTTCGCCCCTTTGAGTTGAAGTCAGTTTCTTCTAAAACTACAGTGAGGTACCTCACAGAGCCATCAGAGATTATAATAAAAGTGGCTATAAGCCATTTAGAAAAATATAAAGTACTAAACAAATAGTCTGTGTATTTTTAAAATTACCTTCTTCATTTACTTAAATGAATTCAGGTTGTTTTGCTGTGGTATATCCAGGCACTTGCTTATTTAAACATTTTCCTGATTAAGGATCATTTATCTTTTCACTGTTTCACCGAGAGTCATTAGTGCTGCCATCAGTTCAAACGCTGCTTTGCTCTGCACTATATTAAATCATCAGCACAGGAAATAGCACTTCCTGCCTATAGCTGTGAGGAGTAGCTTGACACAAATTAGCTAAAAGGAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACCCCTATTGCAAATCTATCCTACTTTCACCTTCTCAAGAAAAACATACACACATGCACACACATATGCGCACACACACACACACACACACTGAAAGAAAGAAAGAAAGAAATGCAGGGGTAGTTTCCCTCACTCTTCACTGGTGTGTTTTCTTGTTTTAATGAAATGGCTAAACCTCCACCTACAGGATATTATCCTCGGAGGTAAAGTTCTGATAGTTGTCTTGAGAGAGACCTCACATAAGAGTCGTGAGAAAGGAGACTTCAATTAAGATCTGATCACCAAGGTCAAATCTTGAAGTAAAAACTAATAGGAATGTGGAGAAGGCGAAAGTATCATGTAGTGCTGAATTCTTATGAAATTGTGGCTTTGTTTGAAATTTAACTTTTTGTATCTACCAGAAGTTAGTTTTACATATCTAGAATGACTGCTTTTCTTGGGTATTATTTTATGTGCTTTTTAAACATATATAAAAAGGTATAGTTTTATATATAATACATATATTTTAAAATTATATATGTATAATTCTATATATGAAAAATATATATCTCTTTTATTAATGTAGTCATATTGTCGTGGCATCTTATTGTACAGAATGCCCAAGCCTATTTTGTTCATTCCACACGTGACCTGTTGAGTCCAAGGAAACTGAAACAGTGAACACCCAGCACTGTGCCATCTAGATGTATTGATTTTTTAACTTGATTCAAAGTGAAGAGATCTTCAAATGAAAGAACTAATAATAAAATCACAACGAGAAAACTAGTCTTTTGACTCCTAATTCTAAATTCTATTCACTTAACCCTGCTGCATCTTTAAATGAGTTTGGATCAAAAAGCTAATTGTTCCTCCAGAATCAATAAATGCCTAAAACACGGTCCTCTATTTCTTCCTGGTCTATCAAAAGCGGTGTTCTGGCCTTTCCTCTTTGAAATGGGAATGAAAAAGAATATGTTTCGGCCTTCTGAAAAAGAATATGTTTCAGCCAACATTCATAAAGTTCAGAATTTGGTGGGCAGTTTCCTTTGAAAGTTTACATTAAGTGTTCTGCCACTCAAATCTCCATATGGAATTGTTTAAGAAGTTTAAAGCCTAGCAATAAATGCCTTGCCTCAGACATACTGTAAGCCTTTGTCTATTGAAATGCAGCAGCTGTTTCATTACTTAAACATACCAGGTAACAGCAGCACAAAGAAATAGCAAGTTTATGACAGACGGTCTTTCTGGACAGGCTACAGTCAAAGCAGCAGAGTTTTGCTCAGGACTTTAAAGCTAACACACACATAACACCCCATGGTAAGCCCATTTGGATGGCCTCTTCTCTGTAGCTCACCCCACCAGAAGTTCTCCATCAAAGAATGAAGTGGATCCAGCTTTATTCTAAAAATGTGTTCGGTGTGGCAAAGTGGCACATAATTCTGTTTGAACCTGTCAGCCAACCACATGTTGGATACCCATTATTTTCCACAGCTTATAAATGAAGAAATTGAGGTTCTGAGACATTGACTTGCCCAAGATCACACAGCTGGGGGTGGCAGAGTTAAGACTGAAATCCAAGTCTTCTCACTCATAGTCTGATGTTCTCACCATTTGAACATTGGATAATGCACGTGACAGGGTTAGGAAACTCTAAGTCAGCCCTCTCCAACTAGAGGACTCCTACCCCCACAGGGTATTCATGAGTTATTTTCCCAGACAGTTAATTTTACTTGAAGATTTAATTAGGATTTGTTTGAAGGTGAGAAGCAATGTTTGAAATCTTTCTCATATTTAAGCAAACCCAGATAATACAAAAGAGAATGTAAACGTTCTTAGGAATTTTTAAAAAAACCAAATTTGAAACATAGAGCCATTTCACACTGGAGTGTGTGCTGTAGCCTGCGCCCCTGGACCCCTCTGGAGGTCCACATTTACTCTCCTTGGCCATTGGCATTTTGGTGGAAAATTAGTAACATGTGCCCTAGTTTCAAAACTTACTGTAACTTTAATGCGTATGAAGTAAAGTGTTATTTTAAATGTTCATTATTTTAGGGGAAAGTACATCTTAAATACCAGAGCTTTATCCTGGCATTTAAAGCACTGATTTGTTTCCACCAGCCAGGAATTCAGCACACTGCTCAAGAAAAAGATCACGACTAGGACTCCCTAAGTCCCACTCTCTTCTCCCCTGCCCCCACCTCCCATCATTGCTCCCCGCCAAGGCTAACACTCTTCTGCTTTCTTAAATTGTAGATTAGTTTTGCCTGTTTTTGCACTTGGGAATCATATACTATACGCCTTTTGTGTCTAACTTCTTTTCCTTAACATTACATTTGTGAGTCAAAGGATGTTACTTTTTAAAGCAGGAAAACTTCCTTGGTCTTTAGCAGAATTAAATCCCTGGGAAAAGGAAAGGAGGACTAAGCAGATGTGAGAGAATTGTGAGATCTCAAAGATCACAAAATTCTAACCAAGCCCCCTCCCCAAAACTAAACAAAATTAAACTTCTCAATTGAATTTTAATACATGTATTGTGTGAATGAGAGGCATCACCGTGTTCCGTACTGTGACCCTCCAATTCTAGAAACAAAGAGATTTTAAGGAAATGGTCTCCTTGGTAACTGAACTGTAGGAAACTGTAGGAAAACCCTAGAAATGTCTCTTCTATTTGTGAAGGGTTTAAAATGGTCTCAGTCATAGAAAAGAAGGTTTAAGATCCAAACATATTACGGGTTGCTAGAGAAGGGTTAAAGTAAGAGAGGAAAACATGTGGAACATTTTTAATGACCTCACATTCCTTTACACTGAGCAGAGCGACATGGTGCAGTAATGCCTGTTTATCTAGCCTAGAGAGTTTGAGCTGGAATGAGGTTTCATGTGTGAGAACTTTTACAAACCATACAGAGATGTATAGGTTATAAGGTGTTATAATTAAAAACATAAATATTATTTCAGATCTCAAATTTAAGTATAATCACTTTGTTATGTTAGGTGAAGTATTTTCTAAATGCTATCATCTAAAAGGGATTCACTTGACCCCTGATTGTCATGCAGAATTCTTGATTTAAATATTTGTACCAGATTTAAATGTCTGTATACCACTGGCATACAGACTTCCCAGAAAGTCCCTGAAGTGTCTGGAAACTCCCGGAAGTCCCCCTACCTTCATTCCAAACTCCAATTTTAGTGTCACAAAGCTAGG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Seq C2 exon
GTTAAAGATTTCATAAATTCCGAGCTCCTAGCACAGTTGTATTCTTCAGAGGACCAAAATACCCTGATGGAGGAATCTGCTGAGCAGGCTCAGCGCCGGGATGAGATGCTTCGAATGTATCAAGCACTGAAAGAAGCCCTTGGGATAATTGGGGACATCAGCACAGCCACCGTGTCCACTCCGGCACCCCCTCCAGTGGATGACTCCTGGATACAGCACTCTCGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197959:ENST00000367731:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.291 A=NA C2=0.641
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0221213=GED=PU(41.3=69.1)
A:
NA
C2:
PF0221213=GED=PD(56.5=68.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development