HsaINT0056900 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000135999 | EPC2
Description
enhancer of polycomb homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:24543]
Coordinates
chr2:149501191-149511702:+
Coord C1 exon
chr2:149501191-149501336
Coord A exon
chr2:149501337-149511495
Coord C2 exon
chr2:149511496-149511702
Length
10159 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
ATTTTGTATTTTTCATTTAGCTT
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTTAATCTAGACAACGAGCAACCAGATTATGATATGGATTCAGAAGATGAGACTTTATTAAATAGACTTAACAGAAAGATGGAAATTAAGCCTTTGCAATTTGAAATTATGATTGACAGACTTGAAAAAGCCAGTTCTAATCAG
Seq A exon
GTACTGTACCATGTAAAGATGTCTCTTATCTTCTAGTTAACCCAATTTGCACCTTTATAAGACCTGAGTGTGTTGCATTTTACTGTTTCTTGGATTTCTTTTCCTGACATCCTGGAATTTCTGTTTACAATGTTCCGTGAGTGGAGAGTACTTAAGCACAATTTCTTTGAATAAGAGTATGAAGAGTACTGTTCTGACTGTTTTCCTGTTTGGATAAAAATAATACTAGTCACAATGTTATAATATTTTATTGATCCTTTCCATATGACTAGTATTGGTGCTTCCATAACTAAATTTGCTTGCTTGGATCTTTAAGGCAGTCATCTTATGTCAAATCTTGCTCAGATATTAAGGTACTCATCATTTTAAATGGATTTTAATTTTAATTACTTATACATTATTTCAGTTCAGTGAGGGAAAAATTATTTACAAAAGAATATTCTTTAGTGAGGTATTTTATATATGGCACAGGTAATTTAAAATGGCACTGTCTTTCTGGAAAGCAGTTAAGCAGTGTAAGTCAGGAGCCTAAAAATATTTATGCACTTTGATTTAATAATCTCATCTTTTGGAATTGTTCACAAGAAAAATAATTAGAAAAAATGTCAGTGATTTTTGAGCAAGAATGTTCAGAATAAATAAGATGTCTCTGAGGTAGACTATAACACAGGCATTAAAATCATGATTTTGAAGGATGTCTAGTGCCATAGGAAATTGTACATTATATAATATCAGATTTAGAAAACAGGATACAGAACTCTTTATGTGGAAAACTTTGAGGTTTGTTTAATCATTTATATTTATACATGTGCATAGAAAGCAAAAGAATAAGGAAGTTTACAACAAAATGCTAACAGTGGTTATATTTGGGTGCTGCAATTGGTGATTTTTATGTTCTTTATCCTATTTTTCTATGTTTTCCAAATTTATCATGAGCTATGTGTTGATACTATAATTAGATTTTTAAAATAAACTTTTTAAACATAAGTTTTGGTGTACCTGTGTGGTATATTAATGTGCTAATTGTTATTAACATTCTAAGAAGTTAGAGTTGCAAATAAACTTTTTACAGTAGATTGTTAAAACTTTTCATTAGTTTACCCATACAAATTTATTATTTTACCCTACAACTTAAATCTTTTAAATCTCTAAGGCATTACAAGCTCTTCAGAGCATTTTCCTTTGGCAAGTGACTTTGCTGCATATTTAGCCTATCAGTTTGCCCCCCCCCCCCGCACCATTTTGATGAAAAATAATATCCACTGTACTATTCAAAGAAATACATTTTGAAAATTGCATTTTGTAAAATTCATGTTACTGGTTTTTGAGAGATTGTCTTACTTGGTTTTTTGTTGGGAGTTCTAAAAAAGTACCAACTTGATGTTCATTATAATTGGTGACTTACAGTTTTCCTGGGATTTTAATCGCAGGCATCAGGTAAAGTTTCAGTTTTTCTTTAGATGTAAATTTTCTTAGCAATCCTAGGCTGGATCAGCCTTTTGGTATGTTTATGATTTTCTATGATTGCTCAGAAACTACTCATAGTGGCTGAGATGATACCATCAGAAGCCTTCAGCTCTCTGTTCTGTAATTTGCTTTCTTTGAGTCAGTAAGCAATATTTAGTGTCCAGGTGGACAAGGCAGGTGATAGCAGTGAGTAAGACAGATGACAAAAATTCTGCCCTTGTTCAGCGTATTATCCAATTGGAGACAGGATAAACAAAAAAACATGTAAGCAATACAGTTAACTGTGCACATATAATCAGCCCCATCCTATTTTAGTTCTCTTTGCTCAGGGACAAGCTTCTAGGCTGTGAAACAAGTAGCTAGGCACAGAGCATGATAGCATCTACTTTCAGCAATGGAAAGTAAAAGTGGAGGTTTTGTCATTGGAACAAAGTAATGGTCCTGCATTAGAATCAAGGATTAAAGATAACAAAGGGCTATCTTCATTCCATTCCCTGATCTGTTAATTTATGGATCTCTTTACTTTTCCTTTATGGGGGCTGGCATAGTACTAGGTCCTGGGACAAGGAATCAAGTTTGTAGTTAAACTACTATTTATTAGGTTAACAGAAAACGACAAAAGATAGACTTAGGCAAACCTGCCTCTGTTATTCTGGGAGACTATTTCAATGAAGTCATGATTGAAAACTCCTGTTGTCAAATGCTGTAATTATTTTCAGTCCCAATCTGTTTATTTGATTTGTGCTCTCATGTCTTGGAGCTGTCTTCACCTTTTTTTAAAAAATAAAAATACAGTTTATTCCCTCTGGTTTTATTGTTTCTCATGACCATTCCTTCTTTCTTTTGCTTGATCCCTTTCATTCAACTCCTGTAAACATCAGGGTTTCTTGAAATTCTGTTCTTGGTTTTCTTATCCTACATATTTTTGTGTAATATCAGCTCAGTGAGTATTTTTATAGATATAATAATGTATTACCTTTGGCCTTGACCTCTTTCTCAAACTCCAGGATTTTTTTCCCCCTTTTGGTTTTGCCTATTAACATCTTCACCTGGATGGTCCACAGTCCCCTCAAGTTTATCCTTTTGGGAACTGAACTTACTGTCTTACCCTATGTAATCTTGTAATCCTTATCTCTTCAGTAACTCCCAAACTCAGATCCATCCATTTTTTATCCCTTTCCTTCATTGATAACTAATTCACTTCAGGGTTTGTCAGGTTTTATCAAAGCACTGAATGAAGGAAAGGGATTTGACAAACCCATGAATTGAATGTTATCAAATTGTTTGATTTAGTATCTTCTTTCCAGTGTGACAGACAACTAATTGCAGTACCTAACCTGAGACTGAATCTTGTAGTGGATGGGAGTAGGGGGATGCTATGAAGATTATTTTTGAGTCAATTGACAATATTGGAATATAGAGAGTAGATTACATAATATTTTCAATGTTAAATTTACTAAAGTTGAAGGCTGTGATTATGAAAGAAAATATCCCTATTCTTAAGAAATATACACTTAAGTATCTAGGAGTAAAGAGCCATGATATGTGTAACTTCCCACCCTCAAAAGGATCAGAAAAAAAATTGTATACACACACACACACAATTAGAGCTTAAATGCACACAAATGTTAAAGCAAATACAAAAGCTAACAATACATGAGTCTTGGTGTAAATGGATATACAGTGTTCTTTGAAATGTTTTATTCTTGTAAGTTTTCTAAATATTTGAGATTAAAGTTAATTTTTAAAAATCACAAGCCATCTTAAATGGCATTCTCTTTCATAGGATTTTCTCTAAAATAAATAATAAAACACTTTCCAAGAAATGTGTTTTTAATTTTTCTTTTGAAAACCCTCAGTGTTTTAATGTATAACCCTTATCTCATTCCTAAACTATTGAACACCCGATTTTTAGTTACTGATTAACCTTCTATATACCCTATTGACCTTTCACTGCTCTCCACTTATCACACATTCCCATAGAAAGACCACTCCTGCCCAAAACAGAACTCTCCTTCTAACACCCTGGGTAATCATTTTCCATCATTTTCCTTCCTTTCTACCTCCATACTACCTTTTACTCCTGTAGAAGCATAATCCTAAACCCTTCCTAACTCTTCCTTGTGTACCTGTATAGTCCTCGAATATTTTATTTTCACTTATCTCCTCTCTCATTTCTTCAATCTTTCTCTTTCTGCCCCAAAAGGTGCCCAAGTCCCTATTTCCAGGAGAACCCTTTCATTTGACCCCATCCTTCTCAGCAAACTACCACCCATTGTCTCTTCTTTCTTTGTCATAGTTAAATTTTCAGAAGTTTGGCTATACTTGGTGCTTCTTATGTTTACCTTTTACCCACATCACAATCCATTTCACTTTACTGAAATTGCAGTGTTTAAGGTTACCAGTGGTCTCCTAATTGTCATCAGGACCTCTTTTCAACTTGTATCCTACTTAATGTCCCTGCAGTATTGAATGATGTTGACCAGGACATTTTCCTGATTATTGTCTTCTTTCTTCATCTCCTCTTTATCTTCAGTGTTGATATTTCCTTTGTTATCTGTCCCCTGCATTTTTTCATTTATCTTAAGCTGCTAGTAGTTTTTTGCTGGTTCCCAAATGCTCCAGAGCTGGATTTCTAGTGGAACCTTTCCACCTAAGCAAGTATTTCAAATTTAACATCTCCAGACCTCCTTTGCCTCCCCCAGTTTTGCTCTCTGATATGGTTTGGATTTGTGTCCCTGCTCAAATATCATGTGGAATTGTGATCTCCAGTGTTTGTGGAGGGCCTGGTGGAGATGATTGGATCGTGAGAGTGGATTTTCCCCTTGCTGTTGTCATGATAGTGAGTTCTCACAAGATCTCACAACATTGTTTTACAAGATCGATTCACAAGATTGTTTCACAAACTTGTTCTCACAAGAATATTTAAGTGTATAGCACCTCCCCCTTCTCTCTCTTTCTTCTGCTCCCACCACATAAGATGTGCCTGCTTCCCTTTCGCCTTCTCCCATGACTATAAATTTCTTGAGGCCTCCCCAGCCATGCTACCTGTACAGCCCGCAGCACCATGAGCCAATTAAACCTCTTTTCTTTATAAATTACCCAGTCTTAGGTAGTTCTTTATAGCAATGCAAGAACAGACTAATATACTCTCTTTCTTAATTAATGATATCATTTTCATCTTCCTTCTAGTTGGCCAGTTTGCACTTTAGTGCTGACTTCTTTAAAATCATCCCAAACATCACTAAATCAAACCAGTTTTTTGTTCCACAATGTTACACAGGTTGAGTATACCTTATCCAAAATGTTTGGGACCAGAAGTGTTTTGGGTTTTAGATTATTTCACATTTTGGAATATTTACAGATATATAATGAGATTATTTGGGGATGGAACCCAACTGTAAACATGAAATGTATTTATGTTTCATATATACTTTATACACACAGTCTGAAGGTAATTTTTTTACAATATTTTAAATAATTTTGTGAATGAAACAAAGTTTTGACTGCATTTTGATTGTGATCTGTCAAAT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Seq C2 exon
CTTGTAACACTTCAAGAAGCAAAACTGCTGCTAAACGAAGATGATTACCTTATTAAAGCTGTATATGACTACTGGGTGAGAAAACGTAAAAACTGCAGGGGGCCATCCCTCATTCCTCAGATAAAACAAGAGAAAAGAGATGGCTCTACCAACAATGACCCTTATGTTGCCTTTCGGAGAAGAACAGAGAAAATGCAAACTCGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000135999-EPC2:NM_015630:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.311 A=NA C2=0.469
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PD(56.4=89.8),PF122533=CAF1A=PD(46.3=38.8),PF067116=DUF1198=PU(61.0=73.5)
A:
NA
C2:
PF067116=DUF1198=PD(35.6=30.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)