MmuINT0058049 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000069495 | Epc2
Description
enhancer of polycomb homolog 2 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1278321]
Coordinates
chr2:49513215-49522677:+
Coord C1 exon
chr2:49513215-49513360
Coord A exon
chr2:49513361-49522470
Coord C2 exon
chr2:49522471-49522677
Length
9110 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
ATCTTGTGCTTTCTATTTAGCTT
3' ss Score
8.46
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTTAACCTAGACAACGAGCAACCAGATTATGATATGGATTCAGAAGATGAGACATTATTAAATAGACTTAACAGAAAAATGGAAATTAAACCTTTGCAATTTGAAATTATGATTGACAGACTTGAAAAAGCCAGTTCTAACCAG
Seq A exon
GTACTGTACCATATAAAATTGTCTCTTTTCTTATAATTAAACCAATTATAATTGGTTATATTATAATTAAACGTTTGCATCTGAATATTTAAGGATGTTATCTGAAAGTGCTGCACTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTCTGTCTTTCTTTCTCTCTTCCTCTCTCTTTTTCTCTTTCTCTCTCTTTCTCTCTACCTCCCTCCTTCTCCCCCTCTCCCTTACTCCTCCCAACCCTCCTTCTCTCCCTCTCTCTTTCTCTCAGCATCCTAGAATTTGTATTTAAACAAAATACTTCGTAATTTTTTTTTAATAGGAGCTTAGAGAATACTGTTGTGACTGTCATAATGCCTTGATCCTTTGCATAGTTACTGTGGTTTTGATATTTCAGTAACTAATTTTATTTAATTGGGTATCTGAAGTAGTTATCTTAAATCTTGTTTTCAGTTGCCTAAATTTATACAAGTTTCTATTATCTTTTAATGAATTTTAACTATAATAACATACATTATAGTGTTGTTATATGACACTATAATTGAGAATTTTCTTTAGTGAACTGTTCCAAAATTTCACAAGGAATTTGAAATAATAACTATCTTTCTAGAAAAAAAATTAGACATCACATGTCAGGAGGCTTTAAGTATTTATCCTTTTGACTTAATGACCTCATGTCTAGAATTATTCTTCAGAAAAGTAACTAGGTGGCTGGGAATGTAGCTCAGTGGTGAAGCTCCTACTTCAGATGTGGAAGACCTGGCGGTCTCTCCCATGTGCCACAGAAACTCAAAGAGAGACATTTAACTGTAAGATAGAGTAGAATGCAGACATTAAAAATGACTCTAAATGGTGACTAATACCATGAATATTGTTTATGTTTCTGATTTTGAAAACAGGATACAGAATTTATTTAGAAAACTATGGTTTGTTTAAAAAATACTTGCATATATGCATTAGGGAAAAGAAGATACAACAAAATGCAGATAATGCTTGTATTTAGATGTAGAGATTTGGGGGATTTTTGTTCTTATGCTGTTTCTGTCTTGCAAGCTTGCTATAATAAAGGATTTGTTATTATATGATTAGATTTTTAAATAAACTTTAAAAAATTACTTTGGTGTACCTGTGTGGTATATTAATGTGCTAATTACTCATAAGGTACTTAGGGATATAACAAAATTACAAATAAAATATACAATAGAGCCTTAATTTGTTTTTTTACCAGTTTAAAAAAATCAATTTCCTCTACAACTTAAATTCTTTAAATTTCTAAGTTCATGGTTCACAACCTGTTGGTTGTGATCCTTTGGGATCATCACATATCAGATATTTAACATTATAACTCATAACAGCAAAATTACAGTTATGAACGACCAACAAAGATGATTTTATGGTTGGTGAACTGTATTAAAGGGGCACAATTAGGAAGGCTGAGAACCGCTGGTTCTTCAACATTAGTAGCTCTTCAGAACATTTTCAAAGCCTTTCCATTGGAAAATTACTTAGCTATACTGTAGGTAGGTAGCTGTCCTCCCTTTGTCTTGATAGGAAGTAATGCCCAGTGTTCTATCAAAAGAAGCACACTTTGGGGCTGAGGCTAAAACTCAGTTAAGAAAGTACTTACCAAGCCTGGAATTGGATCCCTAGCACAGTCATGCAACCAGGTGTGGTGGCGTGTGCCTGTCATCCCAGCTCTCCAGAGGCAGTCGGAAGAATTACAGATTCATCAGTTGGCAGCATGGCAAATTTAAGATCAGCCTGGGACACATAACCCATGTTTTAAAGTATTAAACCTACTAATATTTTAGATATCTTTTTTTATATCTTTTTTATTCTTTTTTCTTCATTATCACATCAGGATTCATTAGATCAGTTTATATCCACAGCTATCAAATAGTTTCTGGGGTCCTTTTACATACAGATGTTCCCAGCAAATTTAGGCTGAGCTAATCTTTTGGAATTTATTCTATTTTCTGTAATGGCTTAGAAATTCACTTGGTATGGCTGAGATCCTACATCAAAAGTCTTCTATTTTGTTTAGTGCCTTACTTTCTTAGTGTCTAGGCAAACAAATAGTTGATAACACTGAATGAGACAGATGACAGCTTATTCAAGTAGGAACAGGATAAACAAGGCACACACACCTGGCAGTTCACTGTGCACAGCTGCTCAGTGCCATCTCATTTTCTCTTTGCTTAGGAATGAGATTCTGGGCCTTCAAAGTTGTCGCTGAGCAGAGTACTTGATAGCACCTACTTAAAAGCAGAGAAGCAATGGCAGCAGTGTTATCAAAGGACTGTGATAAGATCCTGTTACCAGAACTAAGAATTTCCAGACCCCAAAGAGCCATCTGCCCTCCTAACTCCCTGCTCTGTTAATTCATGGATCTCTTGTTTTTCCTTTTGGGAGCTGGCATAGCCTCACAGGGCAAAGGTTGAGTTTATTAGGTTGGTGGAATAAAAACTTTAAAAGATAGGCAAGATTTTTGCTCCTGTTGTGGAGATCCTAGCAATGAAATCGTTTTTGAAAACTGTCACCAAATGCTGTGATTAGTTTCAGTCTATCATCTATGGCTTATTTCTGTATTTTCCTATCCTTCTCCGTCTGTAGTGCTGGACATTGATCCCAGGGCCCTTCCTTGTATATTCTAAAAATTCCACTGCTGCTGAGCTGGCTGTCCTCTGTATCTTAAAACTGTCTCTGGTGTTCTTAAACAGTTTTGTCCCTCTGGTTTTGTTTCCCTGAGCTGCTTCTGTTTCCTTGTTTGTTTTTATTTCTTTGAGGCAAGGCCTGGCCTCATCTCTCAGGCTGTGGAGTTGGCCTCAGGCCTCTTGAGCGCTGGCAGTACAGCTGGAGACTTGGTGGGATTCCATTCTAGTGTTCTTACCTCACCGCTGGCTCTAATGGATAGAATAAGCCATGGACCTCTGTGCCTATGACCTCTATGGTGCTTCAGGACTTTCCCCCTTTTCTGATATAACTAACCTCTTTGCATCTCCACTAAGACCCCTCAAGCTTGACACCCTTCCAAGACGAATTGCCCTTTCATCCTGGATGGTCCTAACATGTCTTTGCAGAGATTATACAAACTCATCTCTCTCCTTTTTTTTTTTAATCTTTTCAGTCATGACAGCTATTTCCCATGCCTGAACTTAGATTTTACTTCATACTGGAAAGAGGAAAGTGGTGGGATCATTTTCTTAATCACTCAACAAAATTGAACATGGGTGATAGTTTGGATAAAAGTATTAAAAATAGCAGTGATTGAGTCTAGGTTAAAAAGACACAGGTGTTCTTTGAAACAGTTTATACTTGCAAGCTTCTTTGTACATTTGCAGTCTTTTCTAAGTGAAAATGGTTTTTGGTGTTTTGTTGTAGGGCTTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTGGTTTTTGGTTTTGAGTTATTTGTTTGCCACAAGCTACCATAAGTTGCGTTCTCTTTCACTGATTTTCCTTTCAGTATAAATACCTTAATAAAACACTTTCTAAAACAGAAGTTTTCTCTTCTCTCTTTTTTCACATAGATGATGTATTTATTAACACTGATTTTCACCTAGCACACATTCCCATAAAAGACTACTTCTTGCCTTCCAGCATCCCTGCCCTGAACAGAGTGATTCTAATAATATGTGGGGAAAACAGACACCCATCACCCATAAACTGTGAAATTTTCCTCCCTTCCTACTTAATACCTCCTTTTATCTTCTCACAAAGGCAGATTTCCAATCCTTCCTGATTTGCACGTGTAACTACATACTTCTTCAGTATTTCAGTTTTACTTATCTCTCATCACATTTCTTAAGTTTTTGTCTTCTCAAAGAAGTGTCCAAGGGTCTTTGTTCCCAAGAGAATCCTTTCTTTTCATCTCATCTTTCTCAACAAACCACCATCTTGTCTCTCCCTTTTGAAAATTTTTAAAAGATAAGAAATAACTTGCTGCCTCCTACATTTCCCATAGGCTTTTACTCATAACCGACTAAGTTGGATACTCCCACGGTCTTACTTGCCCCCAGATTGCCACCTGAGAACCTCTTTCAACCCATGTTCATCTCAGTCTCCCTGTGTTAGATGATGTTGCCCACATTAGATGATTTTCTTTTTCCTCTTTTTCCATTGCCCTTTTCCTCATGTGTTAATACTCATTTGATGTTCTGACCTCAGCCCTTACTTACGCTTGTATAACTTAAGTTACCAGTAGCCTCCTGCTGGTCCTCAAACGCTGTGTCCACCTGCTGAGCTCCACGCAGTGTTTCTCTAGAACATCTCTGACAGGGCAGCAGAATTTTCAGATTCATCGTCTTCAGACCCCTTGTCAATTCTACAGCTCTCCCTTTCTTTCTTAAGGACATCTTTCATTTGACTGTCCAGTCTTGTACTCATAATCATCCACAGCCCTGTTCTTCTTATAGCTCTTCACTGTTCCCTTTGCCTAAAAGGCCAAGCCTGCATTCCTAATACCGTGGTTTTAGTAAGCAGCAGTCTAAATGCCAGTGGGATGATTCTTCACTAAACTTCACACTTGCTCCACGTCCACCATCTCCACAGCCACATGTGACGTAGTGAAAAAGCAGCCACACTCGCTTCTGCCCTGCGCCGTCTCCTCGCCAGGGTCAGCCGTCCTATTTTTCTGGCACTAGGTTCCTGCCAGAATCTATGAGGTTAGAAATAGAAGGGGAGCTAGAACTTTGGGGTCTTTCTGGGCATCCTGATAGTTAAATAGTTCTTTTTCAAGAGAAATAATATTGATAAAGGGCCATTTTGTATTCTAGTCTTCATTACGGCTGTCAAAATGTACAGCTTTTAAATAGTCACACTGAATGCTGTGATATGTTTTAGTACATGTATGTTATTAAGTCGATGAAAAACAATCTAATTTAAAATTTTTCTAGATTTTTTAAATTGAATGAACAAGACTATTTTTGCTTGCATGTTTGCAAA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Seq C2 exon
CTTGTAACACTTCAAGAAGCAAAACTGCTGCTAAATGAAGATGATTATCTTATTAAAGCTGTATATGACTACTGGGTGAGAAAACGAAAGAACTGCAGGGGGCCATCCCTCATTCCCCAGATTAAGCAAGAGAAAAGAGATGGCTCTACCAACAATGATCCTTACGTTGCCTTTCGGAGGAGAACAGAGAAAATGCAGACTCGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000069495:ENSMUST00000092123:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.327 A=NA C2=0.493
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PD(30.6=89.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types