HsaINT0056900 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000135999 | EPC2
Description
enhancer of polycomb homolog 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24543]
Coordinates
chr2:148743622-148754133:+
Coord C1 exon
chr2:148743622-148743767
Coord A exon
chr2:148743768-148753926
Coord C2 exon
chr2:148753927-148754133
Length
10159 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
ATTTTGTATTTTTCATTTAGCTT
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTGTAACACTTCAAGAAGCAAAACTGCTGCTAAACGAAGATGATTACCTTATTAAAGCTGTATATGACTACTGGGTGAGAAAACGTAAAAACTGCAGGGGGCCATCCCTCATTCCTCAGATAAAACAAGAGAAAAGAGATGGCTCTACCAACAATGACCCTTATGTTGCCTTTCGGAGAAGAACAGAGAAAATGCAAACTCGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000135999:ENST00000258484:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.316 A=NA C2=0.478
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PD(30.6=89.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development