Special

HsaINT0063165 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
Fc fragment of IgG binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13572]
Coordinates
chr19:39905731-39914257:-
Coord C1 exon
chr19:39913690-39914257
Coord A exon
chr19:39906324-39913689
Coord C2 exon
chr19:39905731-39906323
Length
7366 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTGAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
GATGTCTCCTCTCCCTGCAGCAC
3' ss Score
11.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATGACGTCCTTCAGTATCTGCCCTTCCAAGCAGCAGATGGGCAGGTGCAGGTGTTCCGACAGGGCAGGGATGCCGTCGTGCGCACGGACTTTGGCCTGACTGTCACTTATGACTGGAATGCACGAGTGACTGCCAAGGTGCCCAGCAGCTATGCTGAGGCCCTGTGTGGACTCTGTGGGAACTTCAACGGGGACCCAGCTGATGACCTGGCTCTGCGGGGTGGGGGTCAAGCTGCCAATGCACTGGCCTTTGGGAACAGCTGGCAAGAAGAGACGAGGCCCGGCTGTGGAGCAACTGAACCGGGTGACTGTCCCAAGCTGGACTCCCTGGTGGCCCAGCAGCTGCAGAGCAAGAATGAGTGTGGAATCCTTGCCGACCCCAAGGGGCCCTTCCGGGAGTGCCATAGCAAGCTGGACCCCCAGGGTGCCGTGCGCGACTGTGTCTATGACCGCTGCCTGCTGCCAGGCCAGTCTGGGCCACTGTGTGACGCACTGGCCACCTATGCTGCTGCATGCCAGGCTGCTGGAGCCACAGTGCACCCCTGGAGGAGTGAAGAACTTTGCC
Seq A exon
GTGAGTATCGGAAGTGGCAACTGGGGGACTCAGCCTTATATATATTCATTAATGTATAAATATCATTAATTCATTTAATCCTTATAATAGCCCTATGAGGTAGGGATTGTGGTTATACCCATTTAACAGATGAAGAAATTGAAGTTCAGAAAGGTTCAGTTACACACCTGGGATCATGATAGCTAGAAAATCACAGATGGTGGGCATGCAGTTGGTATTTTTTTTTTAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGAGTCTGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCAAGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCACGTGATCCGCCCACCTCAGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCAGCGGCAGTTGGTATTTGTAAAATGACTGAGTACACCTGGTGGCCCAGGGTCTGATTCCCACATAACAGCTGTCATTGAGATATGAGCAACAGTATTGTCATTAGGAGTCTCATCCCCTCTCTGGTTCTTTTTGGTCCCCATCTATCCTACCTCGCTTATTTACATCTGCCTGACCCCTTGGGCAGTCAGTTTGAGAGCCTTGTTTCAGAGGTGGGTGCATGAATGGTTTTCCAACACCTTTGCTTGCCTATGAAAGAAGTTTGAAAAGCCATGCATCCTCTCACCTGATTTTTTTTAAGATGGGGTCTTGCTCTGTTGCCTAGGCTGGAGTGTAGTGGTGCAATCATAGCTTACTGCAGCCTGGAACTCCTGGGCTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAAACGGCAGGCTTGCACCACCATCCCCCGCTAATTTTTAAAATATTTTTTATAGAGACAGGGTTTTGATATTTTGCCCAGGCTGGTCTCGGGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCGGCCTCTCAAAATACTAGGATGACAGGTGTGAGCCATCGTACCAGTTTCCTCTCACCCGATTTTTAATTTAAAAAATTTATTATTGAAATATAATACAGATATTTAAAAATATGTACATATCATAAGCTAACAGCTTGATCAGTTTTCACCAAGAGAACAAACCTGTGTGAACTGTCCCAAATTCAAGAAAAAAAAAAAATCCAGGTTCCCAACCCCAAGAGGTAACCACTATTCTGACTTCTAAAGTTTTTGAATTTTGGAATTAATAGAAGCATACATGTCTAGTTTTTCACCTGAAATAATCATAAAACTTATAATTTCTAACAAATGGTAACTTTTGACTTTTAAGAACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGACGCCCGCCACCATGCTTGGCTAATTTTTTTGGTATTTTTAGTAGAGAGGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTTTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCCCAACTCGGTCTCCCAAAGTGCTAGAATTACAGGCGTGAGCCACTGCTCATGGCCTTAAGAACATTTTTATTAGGGAAAAATTTAAACATATCCAAAGTAAACTAGGATAGTGAGCCAGCATATATCCATCATTTAGTTTCCACAATTATCAACATAATATTGGTATTTCAAAATGAAACCATTACTTGACTTATGCTCCTCTTTTAAATGTATTCAACAGATACATAGCACACAGTGGTACACATCATTGTCCACTGAAAAATACAGGATAAATACATCATTCCTTTTTCTCCTTCAACTTACATTCATTCATTCAACAAATATCCAAAACATTCAAAAATACCTTCTGTATTCCAGGCACTATTCTAAACACTCCGGATACAATAGGGGAGAGAATAAGAAAACAAATCCTTGCCTTTCTGAACTGATTTTCTAATGCTTTTTAGTTCTAACAGAATTTAACCTAATGTAACACATTTGAATGCATGGAAGTCTTTTGTTAAAGTCACTGTATCAGCTGGCTTTTGGTGCCTAACAAACAACCCAAGGCTTAGTGGCTGAGTGCATTAAAACAAGTGTTTATTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGACATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGATCTCGGCTCATTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTTCTGTCTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGAATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCGGCTAATTCTTTGTATTTTTAGAAGAGATGGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTCGATCTCCTGACTTCAGGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCCGGCCAAGTATTTATTCTTTCTCATGATTCTGGGGGCTGCTGAGCTGTTCTCCCAGCCTGGGCCAGCTTGGTTGATCTCTGCAGTCTGTTGGAGGCTCAGCCAAGGCCGGGTAATCTAGGGTGATTTTACACATCTGGCAGTTGTCAAGCTGGTTGGTTTGGGGGGCCCTCAGCTGGGAATTCTTGTCTCTGCTCTACTTGGTCTCATCTTCCAGCAGGTGAGCCAAGGCTTCTTCCCAAGGTGCTCTCAAGATTCCTAAGAGCACACAAGCCCCAGTGTGCAAGCACTTTCCAAGGCTCTACTTGGTATCATGGTGGCCAATGTCCCATTGGCCAAAGCAAGTGCCATGGTCATGCCCAGAGTCAAGACGTGACCATTGGCAGCCTGTGTCACAATCGCCATCACACTTCTCTGCCACAAACATACACATCTATGACTAAGATTTCAGAATTTTTATAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGCGAGCCGAGATCAAGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGATTCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAATAACAGTGCAGTCTCCACTCATCCCAAATCTCAACACGTGGCATGTTGCCCTGGGGTGTGAAACCTCCCAGGACAAAACAGCCTTCTTATAAAAGATATAAGAAGTTTTAGAAATTCCTGAGACTCTAAGACTCTAAGTGGTTTTTTTAATGGAGTAAGATATCATTGCAAGAATTGTTTGTGCACAATTGATAAAAATATTAAACAGAAGTAAATTGTAATGGCCATTGTAATGGCATCACTCAGTGAGCTTACCCCCACCCAATATTTCACATATATTGTTAGAATGAGACAGGGTTCAGCATCAATTCTAATCCTATCTTTCATTTTTGTAGATATGATATTTATTTATTTTTGAGATAAGGTATTATCCTGTCACCGAGGCTGGAGTCCAGTGGTGTGATCACAGCTTACTGTAGCCTCCATCTTTGGGCTCGAGTAGTCCTCCTGTGTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCACACTACCATGCCTGGCTAATTTTTTATTTTTTGTAGACACAAGATCTCGCTATGTTGTCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCCTTCCTCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGACTTGAGCCACAGCTCCTGGCTTACATGATATTAATAAGTGGGTGGGAGTGGACAGAGTGCAGGTGGAGTAACATCACTCCGTGCTCTGAACCCCTTCTGAGTCATAGGGAAGGCACACAGTGAGACACGACAAATTTATTTTATATTATCTGTGAGCAGCCAATTCTATTAGGCCCTCCTTTTGATTTATTACTCAATAATGATTCAGCATTCGTTGTGTTCACAGCGATAGCAATATTTGAAATCGTCCGTTTATGTCCTCAGAGGTTTCACACTCCAGGGCACTGTGCCATGTGTTAAGATTCAGGATGGGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCAGATCACTTGAGGTGAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATATGGCAAAACCCTGTCTCTACAAAAAATACAAAAGTTAGCTAGGCCTGGTGGTGAGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGTTGAGGCAGGAGAATCTTAGCTTAAACCTGGGAGGCAGAGATTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGCCCACAGATCGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCAGGATGGGTGGGGGACTGCACTGTTCTCTTCTGTAAAGTGCAGGAAGCACACTTGTGAAGGGGACAGGTGGACAATGGGAAGTGGGAATGCTCTTCTAACAGAGCATTCTTGGGCTGTCCTTTTAGGCAGGACACGTATAATTCCAGCTAGCAGTTGTGTGACACGCATCCCACTGGGCAGGTCCTGTTCTAAGGGTTTCTCATTGAATCCTCACAACCACCCCGTGAGGCAGAATTGCTCTTATTCCTATTTTACAAGACGAGGAAACTGAACCACAGAGATGTTAAGGAACTAGCCTGAGGTCACACAGCCGGTGGGGTGATTTGAACAGGCTGGCTCCTGATTTTGTGCTGTTAATTATCAGACTCTGTGGCCTGTGTGGAAATTGAGAATCTCTTGTTTCCTTAAAACTACTCCTTTCCTTGTACCACCTGGAAGTTCTAGAAGACTGGATCATGAGGTCTTAGATATGCAGACGGAGGCCTGACCCAGCTTGAACAATTATTGGTATTTTGCCATTCTTAGTTCCTCTACCTCTCACTCCACCCCCTCTTTTTTGGTAGAATATTTTAGATCAAATTCTAGGCAGATCAGTTCTCCTCTAACTACTTCAGTAAGCATCTGCTTTTCAGCAACAAAAAAGGACTTTTAAGGCACAGGAGTTTGCTTTTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCTAGGTGGAAGGATCGCTGGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGAGCAACATAGCAAAACCCAGTCTCTACAAAAATAAAAATAAAGAATAAGCCGGGCATGGTGACTAGTGCCTATCATTTCAGCTACTCAGGAGGCTAAGGTGGGAGAATATCTTCAGCCCAGGAGGTGGAGGTGGCAGTGAGGCGAGACTGTGCCACTGCACTCCAGTGAGGCCCTGTCTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGGAAGAAAGAAAGAGATATGAGGGCATGTGGTAATTACCAGTAACAACAATAACATTAATTCCCTAACATCATGTAAAGCCCAATCTGGGTTCAAATTTTCCCAATTGTCTAAAAAAAAAAAAAGGTTTTTTTCTATTTTGTTTGGCTCTAGAACCAAACCAAATACACATACTGCATTGGATTGATCTACCTCTTTGCTTTTACTCTGTCAGAATTTCCTTCCTTTGTTCCTCCCAACATAGTATTATGAAAATTGTCAAATATACAAAAAAGTTGAAAGAATTTTACAGTGAAGACCCATAAACCTACCACCTGGACTCTACACTCTAATTCTTTTTCTTTTCTTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTTGCCTAATCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCCACCTCAGCCTCCCACGTAGCTGGGATTACAGATGTGCGCCATCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAAACGGGTTTTACCATGTTGGCTAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCGGCTTCCAAAAATGCTGGGGTTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCTTCACTCTAATTCTAATTCATTCATTTGCCTTATCACATAGCTATCCCTCCATCCAGCTCTTCCTTTTGTCTATGTCACTTATTTACTGGGAAAGATAGGTTATTTATCCTGCAGAATTTCATACTTTCAGGATCTGGCTAGTTGCTATTTTGGAGTGTTATTGAACTTGTCCCTATGTCCCCATGATTCTCCTGTAAGCTGGATGTCAGCTTCAGAACAGCACCACCCAGCAGAACTTCAATGATGACAGCTCCATATTTGAGCTGTTCAAATACATACCAGGTCACCACAGGTCACATGTGGCTGCTGAGCACTTGCAATGAGGCTGTTGTGACTGAGGAGCTAAATCTTCAATTTTGTTTCATTTTAATTAACTTACATCCAAATGGTCACAAGTGGCTAGTGGCTACTGTATTTGACAGCACAGATAGAGATTTAATGTGGTTTAGTTTTAGTCACTTAGATTTGCTTTTTATGGAGTGACTGGAGTTTGGGGAGGGGAGCAGGGAGGTTTTTCTTTTTTTCTTTATAACACTGGCTAAATATTTTAATTACTGCTATAGAAGGAAGAAGCTAAAAGTATTGCATTCACAAATATTGCATAGATTATACAAACACAGAAATATATGCATATGCATGTTTAAAATATATGCCACATATCAACACCATGTATCCAACTTGAATAAGGTCATTAAAGACATAATAGAAGGCTGGGTGTGGTGGCTCATTCCTGCAATCCCGGCACTTCGGGAGGCTGAGGCAGGTGGACTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCCAGCCTGGGCAACATAGCGAGACCGCATCTCTATAAAAAATTTGAACAGTTAGCCAGGCATGATGGTGCACGCCTATAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAAGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAAGCTGCAGTGAGCTGTGATAGCAAGCACCACCGCGCTCCAGCCTGAGTAACAGAGCGACCCCTATCTCAAAAAAAAAAAAAACCATAATAGATAACTCCAAACCATAGTTAAATTGGGAAAGAATCTTAATTATCAGGATCAGATTAACTGCGATGTAATGTGTTCCCCAAGCACCCTGCAATGGGACCGCTTGTGTGTGAGTGTCTTTGAGCATCTGTGTGTGCATACGAATGTGTTGGGGGACCGCTTGTGTGTGTGTGAGTGTGTTTGAGCGTGTGTGTGCATATGAATGTCTTGGGGGACCACTTGTGTGTGAGTGTGTTTGAGTGTTTGTGTGCATACGAATGTGTTGAGGGACCACTTGTATGTGAGTGTGTCTCGAACTCCTGACCTGGGAGCAGGAATTCTTGATCTTGATGTCTCCTCTCCCTGCAG
Seq C2 exon
CACTGAGCTGCCCACCCCACAGCCACTATGAGGCGTGTTCCTACGGCTGCCCGCTGTCCTGTGGAGACCTCCCAGTGCCCGAGGGCTGTGAGTCGGCCTGCCGTGAAGGCTGTGTCTGCGATGCTGGCTTCGTGCTCAGTGGTGACACGTGTGTACCTGTGGGCCAGTGTGGCTGCCTCCACGATGACCGCTACTACCCACTGGGCCAGACCTTCTACCCTGGCCCTGGGTGTGATTCCCTTTGCCGCTGCCGGGAGGGCGGTGAGGTGTCCTGTGAGCCCTCCAGCTGCGGCCCGCATGAGACCTGCCGGCCATCCGGTGGCAGCTTGGGCTGCGTGGCCGTGGGCTCTACCACCTGCCAGGCGTCGGGAGATCCCCACTACACCACCTTCGATGGCCACCGCTTCGACTTCATGGGCACCTGCGTGTATGTGCTGGCTCAGACCTGCGGCACCCGGCCTGGCCTGCATCGGTTTGCCGTCCTGCAGGAGAACGTGGCCTGGGGTAATGGGCGAGTCAGTGTGACCAGGGTGATCACGGTCCAGGTGGCAAACTTCACCCTGCGGCTGGAGCAGAGACAGTGGAAGGTCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000275395:ENST00000616721:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.026 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0009420=VWD=PD(48.4=40.0),PF087426=C8=WD(100=40.0)
A:
NA
C2:
PF087426=C8=PD(0.1=0.0),PF0182612=TIL=WD(100=27.3),PF127142=TILa=WD(100=28.3),PF0009420=VWD=PU(50.0=39.4)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development