HsaINT0070571 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000147533 | GOLGA7
Description
golgin A7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24876]
Coordinates
chr8:41497509-41506012:+
Coord C1 exon
chr8:41497509-41497661
Coord A exon
chr8:41497662-41505910
Coord C2 exon
chr8:41505911-41506012
Length
8249 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
GTGGTGTTTCTTTCTGTCAGGTT
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGATAGGCAGCAGTTTGAAGAAACAGTTCGAACTCTAAATAACCTTTATGCAGAAGCAGAGAAGCTCGGCGGCCAGTCATATCTCGAAGGTTGTTTGGCTTGTTTAACAGCATATACCATCTTCCTATGCATGGAAACTCATTATGAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCTGAAGAAAGTCTCCAAATACATTCAAGAGCAGAATGAGAAGATCTATGCTCCACAAGGCCTCCTCCTGACAGACCCTATTGAGCGAGGACTGCGAGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000147533:ENST00000405786:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF102564=Erf4=FE(43.5=100)
A:
NA
C2:
PF102564=Erf4=FE(28.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development