HsaINT0071563 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163328 | GPR155
Description
G protein-coupled receptor 155 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:22951]
Coordinates
chr2:174432238-174440035:-
Coord C1 exon
chr2:174439898-174440035
Coord A exon
chr2:174436417-174439897
Coord C2 exon
chr2:174432238-174436416
Length
3481 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
GAATCATTCCTTTGACACAGGTG
3' ss Score
6.72
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTGAATTCCTATGGAACAATAAAGACACAGCAGAAAACAGGGATTCTCCTGTTTCAGAGGAAATAAAAATGACCTGTCAACAATTTATCCATTATCACCGTGACCTCTGTATCCGAAACATTGTCAAAGAAAGAAG
Seq A exon
GTAAGCAAAGTGCCAGTACAGGTTCTAGACAATTATATTTTAAATGATTAATTGATTAATTTTGGATTGTAATAGGCTAAATGAGGTGGTTGTGACTGATTACATGATTATTTTTACATATGCATGTAAAAGTTACAGGAATTATGAGTGAGTTTATAGTTTCAGAAATGGCATATAAAAGAACCATTTACGTTGATTTTAATATTTTAAAAATGTCATATAACTTCTGATTGCCATATAAAATGTGAACACTTCAGTTTAGAGTGAACCAAAATGTCATAGAATATTGACACTGATTTCAAGTTGGCCAGTAGTGTCTCTCACAAAACTTTGAGATACATTGGATTTAGAAGTGATGTTATATTCCCACCTCAGCATTTCTTGACAAATGTATTTGTCAAGAAAATGAAATGAAATTTCTGCCTCTTAATTTTGTTGCTTATGTTTCACTTCAAGTTCTAATCTTTAGTCTGTGACATAATATTTATTATACTAATCCTTAAGGTATGAAGTATATAGCAGGTTCTCTTTTAATTTTGGATGAGGAAAAAAATTTTTTTATAAACGAAGTATACAGCAGGAAATTATGAACTTTGAATAAATACTATACTACCAGTATTTCTCTTTGTCATAAAAGAGAAAACAAAACAAAATATAAAGAACCAAATACTTTTATGTCTATAACTGAAAATATGAAATGTATGAAAATTCATATGGAGGATAATTTATTTACATATATTATGCCACTGTATTTAACATATATATCATTATAATCAGAAGGTAGCCTGGTACGGAGAGTGGAAAAGGGGCTGCAGTGGGTGTGGACTAATACTAGAACTCAGCTCCTGAACTGCCGCTTGTTGGCTGTGTGACATTGGGCAAGTTCAATTCTCTAAATTTTAGTTTTCCTCTTCTTTAAAATATCGAATTCTTGGGATTGTTGAATTAGATGACAGAATGTCTGTGATAGGCATAGCCCACTTTCTGGCAACAGTAAACTATGAAGAAAAGTTAGTTTTTCACCCTTCTGAGCACAATTATTTCAAAGTGCCATCTATGAATAGTTTCGACAATTTAAAACTGCTTTTTAGGGCCGGGCGTGCTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTAGGAGGCCAAGGTGGGAGGGTCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAACTAGCCGGGTGTGTTGGCGGGCGCCTGTAATTCAAGCTACTCAGGAGGCTGCAGCACAAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAATGAGCTGAGATCACGCCACTGCACTCTGGCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAACAAACAAACAAAAACCCACAAAATAACCCTGCTTTTTAAAATTAAAAAAGAGAACTCCGGGTTAGCTCTTTGAGGCCCAGTGTGATTGCCAGCTCTTGGGAAGGAAGCATAGCTTTTGCAATTTGCAGGGCTGCCAGTCTGCCTCAGTCCCATTTGGCTGAATGGACACTGGCTGGGAGCGTGCCAGCCTGTTTCCTGCCCCTTTCCAGGCTCTACAGCCTGTACAGTGTCACATTCTCTGCCACTTTGTACAGCTCCATGGGCTGGTTTTTTTGTTTGTTTCTTTGAGACAGAGTCTTACTCCCATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCACTGCAGCCCCAATCTCCTGGGCTCAGCCTTCTGAGAAGCTGGAACTACAGGTGCGTGCCACCATACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTTTAGTAGAGATGGAGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAAAAAGTGCTGGGATTACAAGCGTGAGCCACCATACCCAGCCATGGGCTGTTATTATAGCTGCCTGATCACAGTCATCAGGAAATAAATACTCTGTTGGTGTCTGGAATAGAAGGTGTCAGGCTATAGGCCAGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAATCCCGTCTCTACTAAAAACACAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCATCTACTCGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGACGGAGGTTGTGGGGTAAGCTGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGTTAGGCCATAAATAAAAAAATCAACAAGCAAAAAGAAGGCTAACACAGAGTATAATATCCAGGCTTTTGTCGAATGTGGTGTTTCTAGTTGCAAGGCATAAATTAAGATAACTTATCTCTAAATGAAATACTGATGTTAAAATAATGTAGTTTTATGTATTTGAGAAAACTTTTCATGAGTATTAACCTTTTTTTCTAATTCTTATATAAACTCTAATGAATATTCATTTATGGTGAAATGTTTTTAAATTTTTGTCACCTATTTCTCCTTTCACCTTGATCTTCATCCACCATTTCCCACGTCAAGCACTTTAGGTTTTGTAGCCTGAATGATGCTTGTGGACAGATTCATGTTGTCTATCTATAGTGTATTTGTGTGGAAATGTACAGCACTCGTGTAATTGGATTTTTTTCCCTGTATCTCTCTATCCTTTGTTTATTTGTACATACTTAAGACATCCCATATTTGCATCAGGAAGATAGATTTTTAAATATTCAAGAAGTAGATTCACAAAGCACATTTTAAAAATCTTAGATTTGTAGCAAGTTAGATCTCACTTATTCTTTCCTTGCTTCCTAATGAAGCAAATTTCTGACAAACATATCAGTAGGATTGTCTTGCCTGCTGAGGGCAAGAAGAAAGGCTACTTGTGGGGCACTATGATGTATGTAGTGCATACGTATACATGATGTATATGGAGCTAAAAATAAAGTTTGATTTGAATAGTGAAAATAATCACTTCTTAAGAGCTCGTGAAAAATATTTAGTGTTCCTGACACAAATTACTTAGTATAACTAAAAGTATAAATTATAAAATATGTCATATTCAGCTATTACAGGACAGATCTGATAACAGGCTACTATAAAAAGTATTTCTTTGTAAGTGCATTTACATTATCTATGACTTTTTTTGGTATTGTTTAAGCATTTCTGTTTTCACAAGCATTACTGGCATATTTTCTTTTTCTCCAGTGGGTCTTTCTAGGTCAGGAGAGTTAACAAACCCTTTCTATTCAGAACAGTTTCCTTCCTGCTATGCTTGTAACTACCATGCTGTCTTTCCTTGTTTCCTTCTATTTTTTCTTGCTTGTCCTCTATCATGCAGTGCTGATACCAGATTTACAGAAAATATGGGTGAATCATTCCTTTGACACAG
Seq C2 exon
GTGTGGTGCAAAGACTTCTGCTGGAACTTTCTGTGGCTGTGACCTGGTGAGCTGGCTAATTGAAGTCGGCCTTGCCTCCGACCGTGGTGAAGCTGTGATATACGGAGACAGGCTGGTACAAGGGGGAGTCATCCAACATATTACCAACGAGTATGAATTCCGGGATGAGTACTTGTTTTACAGATTTCTTCAAAAGAGTCCTGAACAGAGTCCTCCTGCTATTAATGCAAACACTCTCCAACAGGAAAGATATAAAGAAATTGAGCATTCATCCCCACCCTCACATTCCCCTAAGACCTAAATTATGCAGGGGAGAACCCTACATGGAATCATATTCTAGCCGCGTATTCATTAGTTTTTAGCTGGGTGACCTTGGGCAAGTTAACAGAGGCAACCTCTCTGAGCCTCAGTTGTCTCTTCTGTAAAATGTGAAAAGATGTGCTCCCACCACATGCGCAGGGTCTGTGATTTTACATGTATGTAAAACACATAGGAAGCTGACTTAGGAAAAAGAGAAAACCAAATTAAAGTTCTGATAATGAATATAATATAGTCATCCTTTAGTATCCAAGGGGATTGGTTCCAGGACTCCTGAAGATCCCAAAATCTGAGGATACTCAAGTCCCTTATATAAAATGGTGTAGGCCGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCGAGTCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCTACTATAAAATACAAAAAATTAGTTGGGTGTGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAATCTGGGAGGCAGAGGTTGCTGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGAGCAACAGAGCAAGACTCTATCTCAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAATTAATAAAATGGTGTAGTATTTGCATATAACCTATGCACATTCTCCCATATAGTTTAATCATCTTTAGATACTTATAATGCCTAATACAATGTAAATGCTATGTAAATAGTTGTTGTTATACTGTATTGTTTAGGGAATAACAATAAGAAAAACAGTCTGTACATGTTCACTACAGATGCAACCATTGTTAAGCCTGACTACATCTTTTTATCTGCGGTTGATTGAATCTATGGATGTGGAACCTGTGCATATGGAGGGTCAACTGTACTATAAATAATACGAATATGCCAACATTATATAATCATTGCTTTCTGCAACTGTTTACTATAATTTCAAAATTAATATCCTATTAACTGTTCCTATAAATTATCAAATTTGGCAAGTGTATTACTAGCAGGAGATGGACCTTAAATTATGACAACTTTATATTTTTTGATAGCATCTCTTGAAAAAGAATTTTAATGATTCTAATAAGAGGTTCTTTTTCTTTTTTCCATTTCCTTGACAAATAGTACTCATTTAAAAACTAGAGGGCTAGGCTTAGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCAGATCGCTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCCGGGCAACGTGGTGAAACCCGGTCTGTACTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAATACCCAGGTGTGGTAGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTTGGAGACTGAGGTGGGAGTACCCCTTGAGCCTGGGAGGCGCAGGTTGCAGTGAACCAAGATCACATCACTGCACTTCAACCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAACAAAAAACAAGCAAAAAAAACCTAGAGGCACTATTTTTTTTTAAAGTTTGTCTTTTCTTTTCTACCCAAATTACTAATCTATGCCATTAAGGAAAGGAATAAGAACCTCCATATGTATTATTATCTCCACAGTCCTGCAGAAGTACAATCTGATCTTTAACTTTCATGCTACAAATAATAATTTGAGTAGATTAATTTGAATTTTATCAACAAAATTATTGCCATATGATGTATCATTTCTGTGTTTGAACAAAGCATCGTAATGCAGGATAACTTCTACTTTATTCCCTGTAGTTAAAAAAAAAAAAACTATATAGTTCAAGCCAATATTTAAAAATTCTAAACCTAGGCTGGGCATGGTGACTCATACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGAATTGCTTCAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATGTGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGTGCACCTGTAATCCCAGCTACCCAGGAGGCTGAGGCAGGAAAATTGCTTGAAACCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGAGTGTCAGAGTGAGACTCTGTCTCAGAAAAAAAAAAAAAAATTCTAAAGATTACATTTAGAATTTAGTCTTTTTAAAGTGTCCATGTATAAAAATATATAATTTTTAAAATTACTAAATGTTGCCTTTTCTCTTAGTCTAATATTTTAGCTACTAAAACAAAATATAAACTGGATAGCTTATAAACAACATAAACTTATTTCTCACAGTTTTGGAGGCTGTGAAGTCCAAGATTAAGGCACTAACAGATCTAGTGTCTGGTAAGGCAAATTTCTGGCTCATAGATGGTACCTTCTTGCTGTGTCCCCACATGGTAGATGGGAAGAACTGGTCTCATTGGCCCCTTATAAGGACATTAATTCCACTCAATAGGCTCCACCCTCATGATCTAATAACCTCTCAAAGGCCCTACCTCCTAATACTAACACATTGAGGATGTGACTTCAACTTTACATTTCTACAGGCAGAGAAGTGGGGCTGTGTAAATTCTTCCCATCAGTACTTGAATGTTCATTTAACAAATAACTTATCGAGCATCTAGCATGTTCCAGACACAATCTGAACACTGAGCACACAACAGTTGGAACAAATATGATTCCTATCCTCATGGAGCTTCTATTCTCCTGTGAAAAACAGATGTTAAACATGATTGAGGATTAGGTTTCAACATAAGAATTCTAGGAGGACACAGACATTTAGACCATAGCATCTTCAGGTAAACTTTATCTTCAGTAAATTAAAGAGATCTATTTAGATGACCTTTGAGCATCTTAATTATTAGATGTCAGTGCTAGTTTAACTTATTTTAAACGTTTCAGATATTTATTTAATTATACTTTAAGTGTCTCATGTAAAAAAGTTATTTATAAAATAATTTATAGGGTTAGAGTCATTGCCCTTTTAATGCAACAAATAAACAGTTTTTTAAAAACCTGCATGGGGGCCAGGCGCGGTGGTTCATACCTGCAATCCCAGCACTTTGGGAGGTCGAGGCTGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCACCCTGATTAATGCGGTGAAATCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGACGTGGTGGTGGGCACCTATAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCATGAACCCGGAAGGCGGAGCTTGCAGTGAACCAAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGCATGGAAGCCTAGTATATTTATTAATAACAAATAAATTATACTTTAGTGTACTATTAACCTATACCAATTTTAAGTTGTGATTAGGGAATGGGGATGTTTTTAAGCTGAATTGTCTTGCTGCGGAACTTTCCTTTTTTAATAAGACCATATTATGACTCTGAATGCTCAAGGGTAAGTCTAAGGCCTCATTGCTGTTACCAGGAGATTTTTCTAGTTACAGTAATAAAGATGTTAATTCACATGCATGCAGACAACTGAAACTCAAGTGGAGAATTTGTTTGTGAACAAGTCATACTACTTCTGTTATTTGCATGAATGGAATCTGCAATATCTTTTTCCATGGGAGACCCTAAAAGAAAACCCTGGATCAGAATGATCTGCAGTTTCAGATAATAAAGGCTTTTAAGAGACATTTTTAGAATTAAAAATATGCTAATTTTATTAAATGAAAATATTTGTAACTGTTAACTTTCTCACTGACAAAGCAAGTTTCTCAATAAAATACCTATTTTAACTTGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163328:ENST00000392552:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.290
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061016=DEP=PU(7.4=10.6)
A:
NA
C2:
PF0061016=DEP=PD(91.2=61.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development