HsaINT0094698 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000248049 | UBA6-AS1
Description
UBA6 antisense RNA 1 (head to head) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:49083]
Coordinates
chr4:67701333-67722502:+
Coord C1 exon
chr4:67701333-67701484
Coord A exon
chr4:67701485-67720421
Coord C2 exon
chr4:67720422-67722502
Length
18937 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGA
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CATCTGTGTATTTCCCACAGAAA
3' ss Score
10.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000248049:ENST00000506606:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains