HsaINT0099918 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136536 | MARCH7
Description
membrane associated ring-CH-type finger 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17393]
Coordinates
chr2:159764626-159771027:+
Coord C1 exon
chr2:159764626-159764674
Coord A exon
chr2:159764675-159767283
Coord C2 exon
chr2:159767284-159771027
Length
2609 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAGGT
5' ss Score
6.84
3' ss Seq
ATCCTGTTTTCTTTCAACAGCTT
3' ss Score
9.44
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTATTAACCTTGCAAGAACTCTTCAGGCACATATGGAAGATCTCGAAA
Seq A exon
GTAGGTGGAATTTCCCCTCCCCAGACTTGTTGAATTTACTTTTGCAAATTAAACCCAAAGCAAAACCTAAGTATATACTCTGTTCTGCCAAATTAGAGCTCATTTATAGGCTTAGTAATACCAAAATGATTGATTTGGGAAATATGGGTTGGGAAACTGACATTAGTTGTTTTTTTTTTTAAGCATATTTTAAGGTATGGAAGCATGTAATTTTAACTGCATTTTACTTTTTTTTTTCAAAGAGAAATTTATTGTTGATCACCTTGATTTCAGGATTTATAATAAAAAAGGCATAAATCTTAACTACTAATCAAACCAACATTTCTTAATCTGTTAGGATTTTGTTTTGTTTCGTTTCTGGTAAGAAATTTTACCTGTTACTCAGGTTTGTTAGATCATAAGAGATTATTCCTGGGCTTACCTATGATTCCAGGAAAATATGGGACAAGGAGTCCTAATTCTGAATCCATATCAGAAGCCATGAAGGGCTTTGTTTTGTGGGTTTTTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTAGTGGGTTTTTTTTTGGCTTTTTGTAGGTCCTCATGGACCTTTAATAGGTAGCCAGCTCTGCCAACAGCTCAAATCTCTTAAGATCACATTCCAGCATCAGGATTTCTGGCTGGGATTATAAGTGAAGGCACTTAATTCTCAAATCTCTACAGGCATCTATACAGCCTACCCTCTTCTTAATGTCCTGTAACTTCCAGTGTGCTTCATACCATGTGGGCATAGGTATTGGTGGCTCTGGAATAGTTTCTAGAAATTGAAGATTACCCCACCCAACCCCTACATATTTTACTTTTTCACCCTTTGTTGCCCATTCCAAAACACTATCCAAAGTGTCTTTTTAAAATACGTATTCTTCAGTTGAATACTTCTATACTCATCTTCAGACTATTTGGAGTGTTATCTATAGTGTGCATAACATTTTTACTTTTAGAGAAAGCTCAGCATCCTTTGAAGTAAGGTTTAAAAAGGACTTAGTCCTCATAGGAACTTTTTAATTCTAGATAATCTAAAACATAGATTTTTGTCATTGTCTATACTACTTTCAAGTTTTTAAAGGTTTTGAGATGAAACCAGGTAACATATTTTCACAGTTTTAATTAGGATATGTGAAAAGAAAGGAGTCAGTGTGAATTCACTTGGTATAAAATTTTTTCCCTTTATACCTTCTTTCAGATCCCTTAGGTTGGCCTAATACAAAGGTCTCTTCTTTGTTTTTTTAAATTACAATTTATACTTTGTCCAACGTCATGATAGTAATTTGTTTCAGTGTATGTTTTCCCCAGATTTCTCCATTTTAAAAAACTAACATTCTCGTTTAAAATTTAGTTTCTTAAACATAGTATTGTCTGCTCCTAACATGTGGGAAGAAAAAGATGGAGGTGAAATATGTCCATACTCAAATAAGCATGAAAGACAAGGGTGCTGCAAGTTAACCCCTAAATATCAGAGTATTAGTACATTCTGAAATGGGTTCTGACTAAATTATCCTCTCCTGTGGAGTGGAGTTAAATGGAAAAACACAAGAAGTTCCTTAATAAGCTGTAATTTTTTAGTTTGGTATTTCTCAGTGATAGAGCATAAAACTTAACAGTAGAGTTTATTATCAGTCATGACTTAGTTATATGCTTTGTCATTTATTAAATGGATTTAAATCTATTAGTGTTGCATAGTTTTTCTGTGCTTTGCCCTAGGTTGATTCCATTTGTTGGATGCTCTTAATTTGTCCAATGTAAATATAAAAAGAGAGGGCATTAAACCGTTTTGCCCTATAATGGGGGAAAGATGCTGGTTAGATGTTTATTTTAGTGAGCTTGCATTTTCTTACACGTGCAAAGCAGTTCATAGAATTCATAGTTTTACACTTACTATGTCTTTCCTAAAGACACCCAGGATGCTTTATTTTTAACTCTTGAGCCACTAGTGACTCTTGAATAAATTGAGGTCAGAAATGTTGCAAAAGTGGTAAGTTTCTGGCAGTGTGGAGACAGGGGAATAATCTCAACAGTAGGTTTTTACTGAATCCAATTATTTTAATTTAGGCTGTGTCTATATGAAGCTTTTTTGACTTACTAAATGAACTTTTATCTTGGCATTGTATAGACATAGCTTTGATGTAAATTGCAAGAACACCCATAACCTCTTATTCTATGTACACTTCTTTTCATTCTCATCGGATGCACCAAACATGCAGCGGTAATAAGCCAGATTTTACTCAGGTGTGTGAGAGCACTTGCCTTAAGTTGACTTTTTTCCTAGTGTTTATATATCATTAGCTACTATGAACACAGATTGATCTCAGAAACATTTTAGAAGATGCTCTTGAACCACATTTTTAAGCACTTTCATTTTTATAAAAATTGATATAACATTACAAAACGGTGTGGGGGCGGGGAGAATTGTGGTTGGGTATCACCCACAGGCAGACCACCCTAACCCTGTCATACAACTTATCATTTTGATCAAACAATATACTAAATTGGGATTTTTGTTTTTACAAGTCATTGCTGTTCTGGCTTCATATTTACACTTCCCATTCTTATCCCCCTTAAAATCATTCTTGATCATCCTGTTTTCTTTCAACAG
Seq C2 exon
CTTCAGAGGATGATTCCGAAGAAGACGGAGACCATAACAGGACATTTGATATTGCCTAACTTCATATAAGACAGATGGATGATCTGTGAACATAAGTGTTTATTAAAAATGGCAATTAAATATAAATTACTTTTGTGGGGGAATGCCTAATAAATACATTGACTATATATAAAATGAATATATACATACACATGTATGCCTGTATATATATATTCATTCTCCAGTGTTGCTGAATTAAAATTCTGCTGGACTTTTTAACATAGCAAATCCGATGTTTATAAACTGGTAATCAAAAAGGTTTTTTCTTTTAGGTGAGTGGGAAAGTATTACCCTTGTTTTAAATATCTAAGCAATGCCTATCAACCCTTTTTTGTGTTATGATTACTGTAGTCATATTTATGAAAAAAGGTTTGTGTTTTACTCTTGCTAGTGAGAAAAGTGGGACAAAATATACTTTTGAAATAAAATGCTATATGGCACCTAATTATTTTTTCTTTTAAAATGCCTTAAGTTGCAGTCTCATTTTGATAATCATTTGCTTCCAGTGTTTAAAAATTAAAAAAAGAATGGGGAGAAGGTTATGAGAAGAGCATTATTAAGTTTCCAAATTTAATTTGAATTCCAAATTCACCTAGCAATAAAATCTAATTTTTAAAAAGTATATAAATATAAAATGTATAAATGATGGATAGATTTTTGTATTGATTTGCAAAATGCAGATTATATTTGATAGGCTATAGTATGTAGATATTCCTTTTAGGAATATTACAGCTGTAAATTATATGAGACTTGCCAGTCAAATGCTATTTGGTTTAAAAAAATTATTGCAATCTCAAGTTAATGGAATATTTTTAAATCCCACATTCAGAGTTTAAAACACTGGTTTTCAATGTGTTTTTTAGTGTTGTCACTTGTTTATAGATAAATATATAAATAACCTGTTTGGATCCTGGTCCTTTTTAACTGTTCCTTGGTAATTCTGAGCATTTATTTGATGACTTAATATTTTTCACTACCTTTGGAGAACAGATGAACATTATTCACCATGAATGGATCTATACTGTGTGGTCATGAGTTGTGTATACTTCCATAACACTGTATTTTTCTTCTGTCAGTACCCTTAGGATACACTTTAAAACACCTTAAGGTCTGATGTTATGGCAACAAACTACTTTTTCAAACCTAAATAGGAACCATGTAATTTCTCAAAAGTGATTGAACAGTTTGCCCACACTTAGTTTGTTGGTCTTATGTAAAACATTGGCTCAAAATAAAGTACACACTGATTTATTTTACTGTTTGAAATGTTTCCTTTTAAACTGGTGCTCAAAGAAGACATCAGACTTCATAACCAAGAATTTTATTACAATTTCAAATCTCATTTTAAGCAATAATATAAATGTTCTAAAACATTTGCTCACCTCTTGCCAGTTACCTTTGCATTGTCTGTCTTAAAGCAAAAATATAAAATTTAAGGGTGGTAGTTTTAATATATTCTGTGGGTCCTAAGGGATGCTTTGAATTTGAAGTATATATACTTTTAATAAAATTCAGTATGACAGTTGTCTTCTGCTTAACCCATAAAACTTTATTTAAAAAATTTAACTAGATGGTACAAAACATTCATTGGTATGCACATAATTCTGTATAGTTTTGTTATTAAATGCTAAATGACAGTGATAACAATGGCTTAAGCTTTACAGTATTCTTGTAGTTCCCTAGTACCACTTAGTATTTAAATATTGTCATATTAGCTTCAGATTATCATGTAAATGACGGTAGAGGAATAAGAGAAAAGGCTTTCATTGGTTATCAGTTTTAAATTCTGAACAAAAGAGACCATACACTGCTCACTACAAGAATGCAATTTTCTAAGAAAATGTAGTTTAAAATGTTATTCTGAATATCTGCCAAAGAATTATATTGTTATTACTAGCTAGAACCAAGATGTTGAAGAAAGCAGTTTCTACATTCTGGATGTAGTAAACAAGCCTGCCTGTGTAATCCAATTATCTCTTCACTAATGAGTAGATAAGGTGCCTGTTATAGATGTTCTGGTATATAAAGAAAAAATGTAGGCCAAGTGTGGTGGCTCACGCATGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACCAAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCCAGTCAATATGGCGAAACCCCGTCTCTACCAAAAATACAAAAAGTTAGCTGGGTGTGGTGACAGATGTCTGTGGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAAAACCTGCAAGGCGGAGATTGGAGAGAGCCAAGATCGAGCCACTGCACTGTAGCCTGGGCAGCACAGTGAGACTCCATCATATATATATATATAGCACTTCATTACCAGAGGCCTCTTGGCCTGTTGAAAAATGAAACCAAATATTGAAAATTAAATCAGAGTTTAAAGCAGCTATTTTGGAAGAGCTGCCATTAGGTAGAAAGTATCAAAATGTACAAAAGAAAGTTGTATGGGAGTTGAGTGGAAGGTAGGATTTAAGAGCAGCACTGCCCAATAAAACTTCCTATAATGAAAATGTTCTATAATGTATGTTGCCCAGTACAGTAGCCACTAACCACCTGTGATTTGAACACTTGACAATGTGGCTAATGTAATTCGAAAACTGGATTTTAAACTAAATTTACTTAAATAGCCTCATGTGGCTAGTGGCTCATTGGACATTGTAGTTGTAGACGTTTGAGACTGTTGGTTTTAAGTTGGACTTAATCACTTTCCTACCCAAATTCTACCACTCCTTTAAGAACTCCTTTAGAACTCTTTTAGTTCACATAATACGCCATATTTTTTTTACTGTGCCTGTAGTTCTTCAAGGAGTGGTACAATTTGGGTAGGAAAACCAGGCAGGAATTCCAGGGTAGTGTTCAATATTGACATTAGTAATAGTCTATCAATAATAAAATAGACATCTCAATCACTATACAAAATCTCAGAAATGTAAAGCTCTTACAGAGCATGCTTGTGCTTGTGTAACAGCTGGTGTAATGCCTGCATTTTCAGTACCATGTAGCCGCACTGTTAATAGTTTTCTATCACTTTTTAGTTACTCATGTCTCATTAATGATAGTGCCATTAATTGTGATGAGTGTTTTCGATTCATGTGGTCAATAAAAAGAGACTACACAAGCTGGAACTTTGTTGCCATTAGTCAAGCTAGTGAGATAGTATATCTATCTATCTCCCCAGAAGAAAGTAAGATAATTGATGGGGTGTGGATTCAGAAGAGGGATTACTTTTCTTTGAGCCTCAGACTTCTAGACAGTATACTTCAGTCAGTAATGGACCACATATAGAACAGTGTTTCCTTAGTAGACCATATTTTTACTGTACCTTTTCTATATTTAGATACACAAATATTGTGTTACAATTGTCTGCAGTATTCAGCACAGTAACATGCTGTGTAGGTTTGGGACAAAATAGGCTCTACCATCTGGGTTTGTGTAAATACAAGCTGATTTTCACACAAGATTCCCTAACTATGCATTTCTTAGAACGTATCCCCATTGATAAGTGATACGTGACTAATTTACGTGAAATTTATACATTCTTTATCTTTCCTGTTTTTGGTTTATTGATGGTGAGGAAAATTACTCGTTTCAGCTTTTTCATTTTTTTACTCCCCAAATGATTTTCACCTTTTTCTTAAAATGTACAATAAATGCACTGAAAACTTTGATCACTGTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136536:ENST00000259050:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.294 A=NA C2=0.734
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development