BtaINT0089945 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008755 | MARCH7
Description
Bos taurus membrane-associated ring finger (C3HC4) 7 (MARCH7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001100317]
Coordinates
chr2:36682216-36686125:-
Coord C1 exon
chr2:36686077-36686125
Coord A exon
chr2:36683523-36686076
Coord C2 exon
chr2:36682216-36683522
Length
2554 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAGGT
5' ss Score
6.84
3' ss Seq
ATCCTGTTTTCTTTCAACAGCTT
3' ss Score
9.44
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTATTAACCTTGCAAGAACTCTTCAGGCACATATGGAAGATCTCGAAA
Seq A exon
GTAGGTGGAATTTCCCCTCCCCAGACTTGTTGAATTTACTTTTGCAAATTAAACCCATAGAACAAAACCCAAGTATATATACTCTACCAAATTAGAGCTTCATTTATAGGCTTAATAATACCAGAATAATTGAATTGGGAAAGATTGGTTGGGCAACTGACATTATTTTAATAGCATATTTTTAAATTGCATTAATTTTAATGTATAGAGGATATTATTTTAACCATCAGTATTTTGCTTTTATATAAAATAAAAATACATATTTAATCACCTTAATTTTAACACTTCTAATGTTAACACTTTTTTAAAAAAGACATGTTTACTAATCAAAACACATTTCTTAATTGGCTAGATTTTTTATTTTGCATATGAAATTTTGTTATTTAGCTTTGTTGGATCATAAAAGGTGTTCCCTGGGTTTATATATACAGTTCCAGGAAAATAGGAGTGAAAGAGTCCAAATTCTGAGTCCCTAACAGAAGCCATAGTTTTTTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTGCTCCTTGTTCAGGTCCTCATGGACCTTTAATAGGCAGCCAGCTACGCCAGCAGCTCCAATCTCTTAAGATCACGTTCCAGCTTTAGGACTTCTGCCTGGGCTCCTTTGTGAAGGCACTTAATGCCCAAATCTTTACAGGCATCTGCACAGCTTGCCCTCTTCTCAAAGTCCTACAGTCTCCAGGGTGCTTCATACCAGGTGGGCACAGATATTGGTGGCTCTGGAACAGTTCTTGGGAATCCAAGATTTCCCTACTTAGCTAATGTGCTTTTTTTATCCAAAGCAATCGGCACTCCCCATGATCAGATTCCAGTACACTCTTTGAAGTGTCATCCAGTTGATTATCTTCTATACTCACCTTTAAAATACTTGGACTATTATATGTAGTCTGTGTAATGTTTTACCTTTAGAGAAAATTTAGCATCCTTTGAAGTAAGGTTTCAGAAGGACCTAATCCTCTTTTTTTAATTCCTTGAATATTCTTAGGCATGGGTTTTTGTCATTGAGTTTGTACAATTTTAAGTTTTAAAAGAATTTAGAGCTGCAGTTAGGTAATACAGTTTCACAATTTTGGTTAGTACGTGTGGAAGTGGTATGTAAAGGAGTCAAAATGGTATAATAAAGTGGGACGTCATTGAGTGTAAATCTTTTTTTCCTTCATACCTTCTTAGTCCAGGTCCATCGTGTTGGCTAATACAAAGATCTCTTTTTTGTAAGTTATAATTTATATTTTGTCAAATGTGATGAGAGTAATCTGCTGCAGTGTACATTTACTCAGATTGCTGTTAATTTTTTTACTAATGTTCTTATTTAGAATTTAGTTTTTTAAGCACGTGAATGAGAGGGAAAAGATGGAGTTGAAATATGTATATCCAAACTCAGGGTGAAAGATGTTGTGGGTATTACTAGTTGACTCCTAAATACCAGAGTACTAATATATTCTGAAAACTGGTTTTGACTGAATTTTCTTCTGTAGAGTTAATCCAGTAGAAAACAGAAATTCTCTGAAAAACTATTTTATTTTTTAGTTTGACATTTCTCCATGATATATATAAAACTTAAGTGTAGGATTTTACTCCTCATGAGCTAATTAAGTATATGCTTGGTATCATTTATTTAAAATTTCTGCAAGGTAAATATATGGAGACTTAAGTTTCATCTGTACATGTTGCATGATTTTTTTCTTGTTGATTGCATTTGCTGGGTGCTCTTAAATTGTCCAGTATTAAATACAAGAAGAGTATGCATTTATCTTTTCTGCTCTTGATAAAAGGGGAAATGCTGGTTAGATTTTTAGTGAGTTTCCATTTTCCTTCACATGCAGTTTACTATGTCCTAAGACATTCAAGAATGTTTTCTATTAAACTCTTGAGCTACTAATGACTCTAAAATAAATTGAGGTCAGAACTGTTGCAAGAGTGATGAGTCTTTGACAACATGGAGGCATAGAAATCCTCTCAACAAAAGGTTTTTACTAAATCCAATTATTTTAATTTAGGCTGTATCTATATAAAGCTTTTTTGACTAAATAGAACTTTTTCTTGGCATTGTATAGACATAGCTCTGATGTAAATTGCAAGAATACCCATAACCTATTATTCTATTTCTATGTACATTTTTTTTTTCATTCTCATCGGATACATCAAACATGCAGCGGTAATAAGCCAGATTCTCCTCAGGTGTGTGAGAGCACTTGCCTCAAGTTTACTGTTTGTCTAGTGTATTTATCATTAGCTATTGTGGACACAAACTGATCTCAGGAACTTTTTAGATGTTCTTGAACCACATTTTAAAACATTTTCATTTTAATAAAAACTAACATAACAAAAAGTTGTAGGGGTGGGGGCATTGTGGCTAGGTATCACCTACAAACTACCCTAATGCAGTCATCATAATTTATCATTTTGACCAAACAGTATATAATAAATTGGGATTTTTGTTCTATAAATCATTGCTGTTCTGGCTTCATACTTACACTTCCATTCTCATCCCCCTTAAAGTCATTCTTGATCATCCTGTTTTCTTTCAACAG
Seq C2 exon
CTTCAGAAGATGATTCTGAAGAGGATGGAGACCATAACAGAACATTTGATATTGCCTAACTGCATATAAGACAAATGGATAATCTGTGAACAAGCGTTATTAAAACTGGCAATTACGTATGAGTGAATTTTGTGGGGAAATGTCTGTTGAATATATTATCTCTATAGAATGAATATATATATATAGTTCATATATACACTTTATGCATGTATATATATGTTCATTCTCAAGTGTTACTAAATTAAAATTCTGCTGGACCTTTAATATGGCCAGTGAATCTAATGTTTATAAACTGGTAATTAAAAGTATTTTTCTTTTAATGAGTGGGGAAAGTGTTACCCTTGTTTTAAATAAGCAATGTTGACAGCCCTTTTTTGTGTTCTGATTACTGTAGTTATATTTATGAAGAAAGGTTGGTGTTTTGGTCTGTTAGTGGTAAAAGTGGGACAAAATAGGCTTGCAAAATAAATTGCCAGATGGCACCTAATTATTTTTATTTTTAAAATGCCTTAAGTTGCAGTCTCAGTTTTATAATCATTTGCTTCCAGTGTTTAAAAAAAAAATAGGGAGAAAGTTAAGAGCATTATATTAGGTTTCCAAATTTAATTTGAATTCTAAATTCACTTAGCAGTAAAATCTAATTTTGTAAAAAAGTATATAAAAATAAAGTGTACAAATGATGGATAAATTTTTGTATTGATTCGGAAAATGCAGATTATATTTGATAGACCATAGTATGTAGTATGTAGATATTCCTCTTAGGAATATTGCAGCTGTAAATTATATCAGAATTGCTAGCCAAATGCTGTTTGTTTTAAAAAAAATTATTGCAATCTCGAGTTAATGAGATACTTTTAAGGCCCACATTCAGAGTTTAAAACACTGGTTTTCAATGGGTTTTTTAGTGTTGTCACTTCTTTATAGATAAATATGATATAAATAACCTGTTTGGATCCTGGTTGTTTTTAACTGTTCCTTGATAATTCTAAACCTTTATTTGATTATTTTTCACTACCTTTAGAGAAGAGATGAACATTACCTATTCACCATGACTAGATTTACACTGTGAAACCTGAGTTGTGTATACATCCATAACACTGTATATTTTCTTCATCAGCACCCTTAGGATACACTTTAAAATGCCTTCAGGTGGTTTCAGGTTAAATAAAGTCTATGTCAGACTACTTTTTCAGAATCTAAGTAGAAACTATGTAATTTCCAAATGTGAATCAACAGTTTGCTCACTTTCAGTCAGACTGTTGGTCTTAATGTAAAACTTTGGCTTGAAATAAAGTGCATACTGATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008755:ENSBTAT00000011533:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.074 A=NA C2=0.783
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]