HsaINT0100289 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr5:139293453-139308327:+
Coord C1 exon
chr5:139293453-139293575
Coord A exon
chr5:139293576-139307238
Coord C2 exon
chr5:139307239-139308327
Length
13663 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCGAGT
5' ss Score
2.92
3' ss Seq
AATTGCTTATTTTTCTACAGAGT
3' ss Score
7.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGTTGACAAACAGCCTTTTCGGGAATGGGACTCGAACTCGTAAGCCACGTCTGTTCCTCCATTTCCCGCCTCAGCTGGATGACGGAGAGGGATCTCCGGGATTAAAGAACAACGACCGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000280987:ENST00000394800:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development