MmuINT0096178 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037236 | Matr3
Description
matrin 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1298379]
Coordinates
chr18:35721812-35732589:+
Coord C1 exon
chr18:35721812-35721946
Coord A exon
chr18:35721947-35731496
Coord C2 exon
chr18:35731497-35732589
Length
9550 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
AACTGCTTATTTTTCTACAGAGT
3' ss Score
7.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGCGCTCTCGCGAGATTCATCTCTGGTTCTGTCGCCACCTCCTGCCAGCGCCGTTGCTGCGGGGGATTGTGGGAGCCTCCGCGTCCCGCTCGCTGAGAGAGGTATCTCTCCTTTTCCCTCTCCCTTCCCCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037236-Matr3:NM_010771:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.682
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: