DreINT0093684 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000000394 | matr3l1.1
Description
matrin 3-like 1.1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030616-40]
Coordinates
chr14:24797796-24802743:-
Coord C1 exon
chr14:24802624-24802743
Coord A exon
chr14:24798694-24802623
Coord C2 exon
chr14:24797796-24798693
Length
3930 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
GCTCCATTGTGTTTCTGCAGACG
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCACGTTCGCGGTTGTTTCCGCTTTCACGCTGTGCGCATTTGCCCCACTGTTTGATCGTGTTTCGCTTCGTGAGACGTAAAGGATTTTTAACTCGAGGGTTGGAAGTAAGAAAAAAAT
Seq A exon
GTAAGTAACAACACATTGCGTTCGAATAACAGATACAATATTAAGTCGTTTATGTTTTAATGAAGGTCTATTTAAACCTGAGCTACAGAAATCACGTTAACAACGGTTCCAAGGTTGCGGCGTAATTTAGGCCTCATCGTGCACGATTACTCTCGTGCTTTCAATTCATCCTCACGTTTCGTCCATAGATGTTTTAATCGATTTTAGTTTATTTTTGGTAAATATTTGTCCACATCAAATGTTACTACATTATGCAGTTAGCGTTGATTGCTTTGACTCGCGTTCACGCGCAGCGGACATTTTCTTTCAATATTGAAAGCGTTGTGCTGATTTGCTGTGAGCCATTAACTTCAGTAACGTTACTCAGTGGGTTTCTGTTTATTCTCTTTTCTTCGTCTGCACTGAAACCGATAGTGCCAGTTTCATATCTTCTCTTTTTATGGTGCCTCAAATTCATATTTGTCCACAAGGTTTAATACCCCATTTAATTTGGCAGCTCTTACTTGCCCTGTAACGAAATTTTCGCTTTACTAATGCAAAATTTCCAACTAAATCAATCTTCATACATCATCATGGAATTCTGCAAATTATGCTAAAAAAATCTTCAAATCGTAATCATCTGAAGCTGCTTAAATTCTTTGCATCATGGTGTTCTTTATACCTCTCCACCATCCTTTTTGCTCTTGCTAATGGTTTGCATTTCATTGCAGTTCAAATAAGGATGCATGTAAGCAGACCCACTTGTACAATGGACTTCCACTTATTCCTGTTTCTAATGCAAGAACGCTAATGCTTTCCACTTTTTTAAGTGGCCTTTATTCAGGAAGTTTAACCAACCTTCCAAACCAACCAGCTATGAGGAGAATGACAACGTTGCACACTTCATTCGAAGCAAAAGTGTTTGAAAACCAGTAAAAATGCCCAAAATTCTTTAGAGAATTAAACTACGATCCCATTGAGCATTGCAACGAGGAGGCAATTTAAAATAATAGATTAAATGTTTTTAGTATTGCTATTATGTTGCTTGTAAATAAACATTTCATTTTTCGTTTTTATATTTTGGGAGAACTTTGCCACATTTTGACTACACATAAACAAAACAAAGCTGTTCAACACTACCTTTACACAGCACAATTCAATGATTTACAGTGGTTCACTAAAGACCTAACTGCAGCAGAAATTTCTCAATGAAATATAAAGATGACAATTTTCTCATTAAATTTATTACACATTTTGCTTCTTACTCATTTAATATTAAAAGAGGTCATTTGTTTTGAAGAATTGTGGGTGACGTTTAAAAACCCCTAATTCAGGCAGTAGGTCACAGTGTGTCTTTATTGCTTTATGCATTATCAAACAATTCAACCGTCAATTTTTGGTGAGAACATATCGGCTTTTTGTTTACTGAGCCTAAAAGTTGCCCTCTATAGAGGTAAGGTGTAGGTTGTTTTCAATCAGGATCACAAAATTCAGAAAGAGGGCAGGAAGTAAAAAAAAAAAAAAAACTGAATGGGAGACATAGAGGAAAGTCTGCATTTTTGCGATTTATTTATACCAGATTTTAAAGGATGTATAAAGAGACCACGCATGTTGGGCATGATCCTAATATGAAGAAGGCCGTGTTTTCCACTGAACTTAAATATCATCGAGGTGGTGGATACTGTAGTAATGTACTGTTACTATATACTATAGATGATTACTTGAATTAAACTGTTGTAGTAATTATGTTGTTTCTGTGGTACGACACTACTATAGTAATAAACAAATTATTCAATAGGCTTTAGTTTCTATAATTATGCACCATCACAATACAGCACAGTTTACACTGTTACAAAATTACAGTTAATCAGTTTAGTTATGCAGTATTCTGTAGCACTCATTAACAAAGAGTTGTAAACATTATACACTTTACTATATGGTTCAAAAACAGGTTTATTATAAATTACTATAGTTTTTTGTCTATATTTGCAGGCATCTTCCAGACATCACAAAATAACAGATGAAAGCATACCAAATCGTGGATGCATAGTCTACATAATTATTTAATAATTTTTTTAGGGGGGGAAAGTGCTCCACAATAATAACCATGTAGTTTTGTCGCAACTCGCAAAGGTTGCATTTTTTTCTTTTTTCGGTCGATTAACTTAACATCAACAAACATTCACTGCTGCTGCACATCTCAATGTTCAGGTTCTGACGAAACGCCAGTAAAGACTTGCATTATTGCAAAACAAGACTGATATTTCATTACAGTGATGATAACATGGCAGGGTACATTATTTATATTCTCCTGGATATAAAAGTGTGGTGGTGTTTGTATCTGATTTTTAATCAAAACATTAACATATTTAAACACATAGCTAGGCCTGTATAATATTTATTGGTGCTGTGAAATGAATTATAAAAAAAGTTATACGAAAAGATTTATACACTGATGTATTTGAATGTTTATGAATTATGAATGTTCGTTACTTTTCGTCTTTTCTACCTTTTTTCAGCCAAATTCTTGAAGTTTCCCTCCTTTATTAGCAAAAACATTTGGGAGTTTTTAAAAGCTGTTGATTTCATTCATTTCTTATTTTGATTTAAACAACTATAAACAAAATAAAACAGAAACATTTTGATGTTCTGATAGTGATTCCTATGAACAAGAATCACATCCTGTCCTCCATCTGAATTTCACTTGTCATCAATGACCCCATGTGAAAACAACCTATACAGTAGTCAACATCTGAAGTTGATTCAAATCGTTAATCAAAATTGTTCTCACAGCCATTGAGCAACACGCATTCTTGTCTTTGAACAATTTTGAAAAATATTTTTGATCCACTTCAAACGTTGACTACTATAGATCAAGGCTAATATTACTCCAGTTATCTATTTGCTCCAACAAGAAGAAGAACAAAAATCATATAAAAATACTTTAAGAAATTCATAAAAGTTTGTCAGTCTTCGATGGCTTCTACCAGTGATGCATGACTGGAACTTTCTTCAGTCACATAGGCCTGCACCTAGTTCATTTAGCTGGTCCTGTCAAAGTGAAGCTTATTCTTTCGTTCATTTACAAAAAAACCTCTTCCCTGCATGGTAAGTTTGATAATCAGCTGATTTTTCTCTGGTTTCTTTCTGAAAAGTGTCTTAAAACGTGGACACTTTCACCATGTCAATTCAACTTTCTGAAAACAACACCATTGAGAAACAGAGCTGACCCACCTTTGTGTCATTTGTTTTATGTTCAATAAAACTTTAAAGATAATGAGCTTTTCAGATTTGAACCCATGATGTCCCTGTTTTTTTTTTCTTATTTTCAATTGTATCGATTTACTTTTCTATGACCTTCAATTTCAAGTGGTAAGAATACACTTTTCTTTGGATGAAGAGACAAAACTTGTTCTGATAACTTTGTGCTCTCTTTGCACTCTTTATTTTACTTGAGCCAAAAGATTGATGGCTTGTATATTGTCAAGACCCTTTGATATCAAATTCTGTTTGTGGTTAAGTACTAAATTGATTGGCCTTGTTTCTCCAAAATTAGTTCATGGATTTCTGATTTGTAGTTTTAGGTCAACTCAGAGGCATGAACACAATCTCTCCTTTTTCTCTTCTGATCAACTTTCCCTTTCTTTCCCATCCACATTTAAGGACCTAAATTATGACTCCAATATTTTCTTCCTTCAAAGCCCTGTTGTAAGTTCCAGTTAAATATTAAATATGCTCCTTGTGGTACTTGTAAATCACGTTTTGCTCTATATGGCCAGTGTTCCAAGCTGTCCATTTGTACCTTTGTCATTGTAAGTAAGGCTTTTTTTTTCTTTTACCTTTGTTATGTACATTGTATGGATTTGTGGAGCTCATTGTCTTGCTTTCCTATGCCACTGCTAATCATTTCGTGAGCATGCTAGAAATCATTGCTCCATTGTGTTTCTGCAG
Seq C2 exon
ACGTGTTTCATTCTGGAGGAGCTCTTTTCTCGATCCAGGCTTAAATCCACGGATTGTCCTTTTGGGGACTTTTTGATTCGCTTTATTCCTCTCTTTTTCCACTCATCTGGAGCACCGTCATTTCAAGGCCATGTCTCAGAAATTGACCAGCGATGATCTTCAAAAAGGCTTTGCTGTTGGCCGCGGGCTTTTGGCTGCTGCTGAGACTTTGAACTTTAGCATGGGTGAGACGCACTCTGACCACTTTGGCTCGTCTTCACAGTCACGTGGTGGCATGTCTGGCTTGGGTGGAGTGGATGGCAAAGACCATGAATCTCAGCTTTCCCGCCGAGCAGGCAGCCACATTAGCAATACTATGAAACTGTTTGCCAGCCTAGGTCTGTCACCAAGTGATCTGGATGCACTGGCACAGGTTCCAGAGGAGAACATCAGTGTGGAGACTTTGCCCCATCTTATTATGCAACTTAAAAATCGCAAGATGGAAGCTGGCCGCCGAATGTCTGGTGATATCTCTACCCATTCTTCCGAGACTTCATACAGAGGTGGCCGAGATACCTGGGGTGAAGGGCAGGGTGGACGATTGGACCGTTCCAGTGGCCAGTCACAAAGTCGTTCCCAAGGCAACTTCAGTTATTCTTCCATGCAAGACACTTCCAGTCGTGGATACGACATATTAGATTACGGCAGCGGTAGTGGAAAAGACCGCCAATATTCTGAGCTTTCCCATGACTCCTACCGCAGCCTTGGTATGTCTTCATCATCAACATCTGACGATATGTTCATGCAAAGAAGAATGGGCGCCCCGTCTCAGGGAAAAGTGCAGGATTTCTTGGGAGTCAGGCCGCTCATGTTTCCTCATATGTGCACCCTTTGTGATTTTGATGTGCACTCTGTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000000394:ENSDART00000144168:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.641
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]