RnoINT0090020 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000019875 | Matr3
Description
matrin 3 [Source:RGD Symbol;Acc:3052]
Coordinates
chr18:28361283-28371996:+
Coord C1 exon
chr18:28361283-28361346
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr18:28370909-28371996
Length
9562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGC
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
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3' ss Score
7.77
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000019875:ENSRNOT00000026949:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.674
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]