HsaINT0100391 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000204406 | MBD5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:20444]
Coordinates
chr2:149246955-149260078:+
Coord C1 exon
chr2:149246955-149248163
Coord A exon
chr2:149248164-149260004
Coord C2 exon
chr2:149260005-149260078
Length
11841 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATAC
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
GTCTTCATACCTTCACTCAGGTG
3' ss Score
7.49
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGAATGCAGGAAGATGCAGCTCTCCTAAACAAAAGAATAAGCACTCAGCCTGGGCTCACAGCACTTCCTGAGAATCCAAACACTACACTTCCACCTTTTCAAGATACACCTTGTGAGTTGCAACCGAGGATTGACCCATCTCTTGGTCAACAGGTGAAGGATGGCCTCGTTGTGGGTGGCCCAGGTGATGCTTCCGTAGATGCCATTTACAAAGCAGTTGTCGATGCAGCCAGCAAAGGAATGCAGGTTGTCATCACCACTGCAGTCAACAGTACAACTCAGATCAGCCCCATTCCAGCTCTGAGTGCCATGAGTGCCTTCACTGCCTCAATTGGTGACCCATTAAATCTCTCCAGTGCTGTCAGTGCGGTCATTCATGGACGGAACATGGGAGGTGTTGATCATGATGGTAGGCTGAGGAATTCAAGAGGGGCTCGGCTGCCCAAGAATCTAGACCATGGGAAAAATGTGAACGAAGGAGATGGGTTTGAATATTTCAAGTCAGCAAGTTGCCACACATCCAAAAAACAGTGGGACGGGGAGCAAAGCCCCAGAGGGGAGCGAAACAGGTGGAAGTACGAGGAATTTTTAGATCATCCAGGCCATATCCACAGTAGTCCTTGTCATGAAAGGCCCAACAATGTCTCTACACTGCCATTTCTGCCTGGGGAACAGCACCCAATACTGTTACCACCAAGAAACTGTCCAGGGGATAAAATTCTAGAGGAAAATTTCAGGTATAATAACTACAAAAGAACTATGATGAGTTTTAAGGAGAGACTAGAGAACACTGTGGAAAGATGTGCACACATAAATGGGAATAGACCTCGACAGAGTCGGGGATTTGGAGAGCTGCTAAGCACTGCAAAGCAAGACCTGGTCCTAGAGGAGCAGTCTCCAAGTTCCTCAAATAGTTTGGAAAATTCTCTGGTCAAAGACTACATCCATTACAATGGAGACTTTAATGCCAAAAGCGTTAATGGGTGTGTGCCTAGCCCTTCAGATGCTAAAAGCATTAGTAGTGAAGATGACCTAAGGAACCCAGACTCCCCCTCTTCAAATGAATTGATACATTATAGACCAAGGACGTTCAATGTTGGCGACTTGGTCTGGGGCCAAATCAAAGGACTGACTTCCTGGCCTGGAAAATTAGTAAGAGAAGACGACGTTCACAATTCATGTCAACAAAGCCCCGAGGAAGGGAAG
Seq A exon
GTATACCAATCTTTATCCATTGTCAAATACTAACCTTTGTTCAGATATCAATTATTGCTTTTTGTTATCATCACTTTGGATTCTTTGGATTTGAAATTAGGATTCTTCATGACTCATTGAGGTCTCACAAGCTTCTGGAGCATAAAATGAAGAGGGGATGGTTATAGTCAACAAAATGTCGTATCAACAAGGGGTGAGTTGTAAAGCATTTATAGATCACACTAGGGCTCAGGGTGGCTGTAAGCCAGGAACCAGATTTCCAGAATTTAGTCAACTCTGCCTTCCCTCTCTACAGTTACCTAGTTCTTCATTTCATACACAGAGGAGGAAGGCAAGTGTCAATGACTGGGGAAAAAAATCTGGTAGCCTTTGGAGGTCCAGGAGTGTGGCAGGGGTAAGGACCCCCCAGGCAATGGTTGCGCCAGGGGACGGCATCTCCTCCATGTGCTTACATGTGGCACACACAGCTGGGAAGGGGGTACAGTCTGGGTGGAGTTGCAGCCATTTCTGGAAGCAGCAGGTAAAGTCTGAGTTCAGAATGATGTCTCCTTTCAGGAAAAGTTCTGGGCCTTTAAAACATATGGAAATGTTTAACCTCATAGTCTGGTTCTACTTAACACAATTAGATCACATAAATTAAATGAAAGCTTCTCCATGAAACTACCGTTCAATTTAAAAGAAATTAGTAGGGGTCTTCTGGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTCGGCCTTTACAATAATGGTGGAATTGGCTCACTAGGCAAGAAATATGCAGAGTGTTTAAAGTAGATAGAAAAATTTATATCTGACCAGGAGGAGATAATTATGCACATTCCCCCATATGATTAAAAACGTATAATTTTTCATCTTCTTAGGTAATAAAAATTACTCTTACAGGTATATGTTATTCTCGTAAAGAGTGTATTGTATAAAGCAATTTCAACTGTGCTCAAACTTTCACTGGCACTTAGGTTTAATGACAGGAAACCAAAAGCATTTTTGCCAGCACAATAAAGGGATTGTCTTTCTCCAAATGACTAGGAGGTCCTAAAACCTTGCTCATAATGCCTAATATATACTTGTCAGGATACACTCTGGCCATAATGTTTGTACATTTGATAAGAAAATGAATTCCATACCCCTATTCACAAAATATTTTATTCTCTATACTCTCTGAGTTCAGACAAACATTCTTTAGGTTGAAAAACCTAAATATTTTTGACAGTTTATTCAAGAAATAATTAGAAACAGAAAAAGTGGGCTTTTATGATATAAATGGAACTGCTACAAATACAAGATGTAGACATTGAACTGTTTTACAATGTCTGTGCAAACGAACTAAGTCTTTTTTATGTGCCATTTTACCAAAAGCTTAACTAAAAAAAAAGATTATGGCCTCCCTTCCCTGGAAGCATTCTCCCTGTCCTAAATGCCTTGTCTAAATATCTTTTTATGCCCTTAGGAGAATAAAGGCATGTACTTTTAACACATTTCACATTAAACAATGGTCTAGATCTTCTGATTAATCTGTGCTCGAAAACTCCTGAGACTGAGGTATTCACTGATGTTAGGGGAGATGTACTTTAAAAAAAAAAAACGAAGAGAAAAATATTTTTCTTCACTTAAATAAGCAAAGTAGTATGTAGTATTCATTCCACTATAAAGTAATATTTTTAAAATCCAGATTCTTCTTCCTTAATTTTGGCAATAGATGAATTATAATAGGAAACATAAAACTGTTGCTGTAAATTCATATATTCCTCCTCTCACTGGCTGACCTTGTCATTTTGGATTCTCAAGTAAAAACCTTTATATCAAGATATACTATATACTAAAAGTATTTTTAGTAATTCAGAGAATTTAATTTAAAGCACACATTTAGAGGTGAAAAACTGAAAACATGTAATAAAATATTAATGATAATACATGAAACATTTATCTATCATTTAAAAAGCAAGGTATAACAGCCTTAGAAGTGCTAAGGACTCAGCATTTTTAAAAACCTGTTCCTTTCAGGACCTACCACACTTTTGCACATAAGTAAACTAAGTACTACTTCATAAACATTCTTTTTTCCTCTATACAACACAAAACAAGACTTCCTAATACCTTATTTAGTGATGCTCCGTGAGTCAAAGTTCTCATTTTACAACACCAGAAAAGGTAAAAATTCAAACAGAGGTCTGTCTGACTTCAAGCCAAGTGTCTGATATATTAATGGCCCTAGTTCAGGAAGAAAAAGTAAAACTATGTTCAATATCTGTATAAGACAAAACGTGATGTATTTCAGAGAGATATCTAGTAGAACACTTTTTAAAATTTGTTACTCATTCAGGTGAACCAATTTTGATGTAATTTTATTTATGTAGAACTCCTTAATGCCCAAGAATGTTGGATAAAGCCTTACACACTAATAACTGGACTTCTGCTTCTAGAAAGGTAAGCATTGCCTTAGTTTACCTTCTGTACACTATGGCAATGCCTGACATTTTTAGAAAGTCTAAAGCAGAAAGGCAGAGACTAGGTCCAAATCTGTTTATTATAGTAAAACTTTTCTCATTCCGCCTTGCTAATGTGCAATGTGGGATCATTTTCCATAGTGTTTATCTTTGTAGCGTCTAGGAAGAAAAAAATTGCCAAACAATTTTCCTACATTATCACTTTAAACTTTCTTAGCTTCTCAGCTTTCATACTATTTCTATGTCCACCAAAGAATCCAAGATTCTGTCAGATCCCACCAGATAAAAATCTACGTTAACACAAGTTTTAGAATAGATTTATTACCCCTGACTCCACCCTACAACATATCATTTATTATTTTCAGTTACAGGCTTTGTTCTCAGCAAGCCACTCCAAATTCTTTATGGAAGCAGGCAAAATAGAAAATAAAGATAATTAATTGACAGGATAGAAGATTACTATTTCAAAACAAGCTGGGTGCCTCTCCTATTTTTAGGTTGCGTGAATGGTCTCTGGTCTAAGGAAGTCAATGCTGTGTGATCAGAGCACTGATAATTGCCAAGGGCTGAGACCTCCCCATTGTCAATACATTAATATTTTAGCAGACACTGTTGGTCATAATAGTAACTGACTTGGTCAGCTTATGATCTTAGAAAGGCCTTTTTGGTCTTTGGTGGGATAGTAAATGTAGCAGATTATTGATATGCATTAGTCATGTTCTGTAGTTTCTGAGATGATTTCCTAAAAGGTATGGTTTTTAGACATCGAATACTGTATAAACACAGTCTGCAGAGAACTAGAAAAAAAGCAGGGTGTAGCATAAAGAGGCATGGGTTTTGGGCACTCTGATGTGAGCCTAATCTTAGCTCTGCCAGTTACCTAAGTGGTCATAGTAGGTATATTAATCTCCTAGAAGCTGCAGGCTACTCACCCCTTTCAAGTGAGAATATTAATTTCTATTCAAAGAGATGCCTTAAGAATTCAGTGAAATACTGTAGATTATTATCTAGCACATCAAAGAGGTTCAGTAAACATTAACCTCCTATCCTCTGCCCTTTATGTTAGACAGTCTTATTAATTTAGATTCCACCATTATGGAATTGTGGTAATTTGACCTTAGTTATTGTTTACCTCTGCATTGTCCATGTATAAAGGATTTATTAACCAGGTTGAGAGTAAAGGATTATAAGGATTACAGTCAATGAATGAAATAGTTCATAACTATGTTTACAGCACATGTACAAATTGGCATATCTGATTATAAGCTAGTGTTAGCTGTTAATTTCAAGCAGGAGTTCCACTTGAAAGCGTTTTAAAGCACTCAGTTTGTTGAGTGAACTTGAAAGTTCCTCTTTCCTCAATGTTTCTAAAAAAAAACAACTCAGACTTTCTTCCTCTACCTTCCCACATAACTCTCTTTCACACGTAAAACAATATTAATTAGTGGAGATTTTTAACAGCCTGTGAAAAGTTGGGATGAATTGCCTGTATGTATTACTTTCCTAAGATTGAAGCTATGTGACAGCATTGGAGGACATTATGTGCCTTGTATTATACCACTCAGGAAGTGCTATCTCCTTCCTAATGTGTTTTTTCCCTTGGTTAACAATTTGTAATAAAGTACATTCTGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTGACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAATACAAAAGAATTAGCCGGGGGTGGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTGCGGAGGCTGAGGCAGGAAAATGCCGTGAACCCGGGAGGTGGAGCTCGCAGTTAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGGCTCTGTCTCAAATAAAAAAAATAAAATAAATAAAAAAAATTGAAGTACACTCTGGGAGATAGTTATACTTGTTCTAAATAACTGGTGCAAGTTTCTTTCTGAACCATGAACCCTTTACTGTTCGTGGCTCAGTGACCAGGAATAAGACCTCAGTGCTGTGCTCCAGTGCATAGCCAGAACCAGACAGATTCACTTCCAGATCTTGGCGTAATGTTAGGGAATTCTTGGGAAGAAAATGGCTACCTCTGACATTACACCTCTATGCCTTAATTTGCAAACATTTTTAAGCCTATGCAACAATGGAGGAAATGGTTATCTTTATGTACCTATTTCAATAACTATTTAAATTTAAAGAAAATGCTCTTGTTTTCTAAAATATATTTTATAATTGTCATCTGTCATCTTTAATTTTATGTTAACTAGCTTAAAAGGGTTGCCTCTCAAGCAGTAATAATCAAAAACTAAAATTTTTATTTTTTTCTGCATAGATCATTTTTACTTTTTGAGCATCCTCCCATTGGTCTTCATATATCATTGCTCTTACATTTAATGTATATTCTGACCCAAGCCAAATTTAAGAAATAATTTATTACTAGACTGGCACCAAAAGGTTTCTTTTCAAAGAAATGACTGTTCTTGGA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Seq C2 exon
GTGGAGCCCGAGAAGTTGAAGACACTAACAGAAGGTTTGGAAGCCTACAGCCGTGTCCGGAAAAGGAACAGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000204406-MBD5:NM_018328:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.529 A=NA C2=0.964
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085512=PWWP=PU(46.3=9.4)
A:
NA
C2:
PF0085512=PWWP=FE(29.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)