GgaINT0050078 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012449 | MBD5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20444]
Coordinates
chr7:34186949-34193639:+
Coord C1 exon
chr7:34186949-34188157
Coord A exon
chr7:34188158-34193565
Coord C2 exon
chr7:34193566-34193639
Length
5408 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATAT
5' ss Score
7.84
3' ss Seq
GTGTTCATACCTTCACTCAGGTG
3' ss Score
7.58
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGAATGCAGGAAGATGCTGCTGCCCTGAACAAAAGAATGATCACTCAGATGGGAATGGCACCAGTTCCTGAGAGCTCCAACGCTATGCTTCCTCCTTTCCAAGAAACATCTTGTGATTTGCAGCAAAGAACTGAACCATCTCTTGGTCAACAGGCAAAGGATAACCTCAATGTCGCTGCTCAGGGTGATACATCAGTGGATGCGATCTACAAAGCAGTCGTAGATGCTGCAAGCAAAGGAATGCAAGTAGTGATCACCACTGCCGTTAGCAGTACCACACAGATGAGTCCCATTCCAGCTTTGAGTGCCATGAGTGCCTTCACAGCCTCAATTGGTGACCCGCTAAATCTCTCTAGTGCTGTCAGTGCAGTAATCCATGGAAGAAACATTGCTGTTTCTGATCATGAAGGTAGGATAAGAAACACTAGAGGAACGCGAGTACTGAAGAATTCGGAGCATGGTAAAAATTCAAGTGAAGGGGATGGGTATGAATATTACAAATCAACAAGTTGTAACACGCCCAAAAAACAGTGGGAAGGGGAGCAAAGTCCTGTCGGTGAGATAAATAGGTGGAAATGTGAGGAGTTTCTAGACCACTCCACCCATATCCATAGTAGTCCTTGTCACGAAAGGCCCAATAACATCTCCACACTGCCATTATTGCAAGGTGAGCAGCATCAGATACTGTTATCACAGAGAAACTGTCAAAGTGATAAAATGTTGGAGGAGAATTTCAGGTATAACAATTACAAAAGAACTATGATGAGTTTTAAGGAAAGACTGGAGAACACTGTGGAACGCTGTGCACACATAAATGGAAATAGGCCTCAGCAGAACAGAGGATACGGGGAGTTGCTGAACACTTCTAAACAAGACCTGATTCTGGAAGAGCAATCTCCAAGTTCCTCAAATAGTTTGGAAAGTTCGTTAGTTAAAGACTACATCCATTACAATGGAGATTTTAATGCCAAAAGCATTAATGGGTGTGTGCCTAGCCCTTCAGATGCTAAAAGCATCAGTAGTGAAGATGACCTAAGGAATCCAGATTCCCCTTCTTCAAATGAGCTGATACATTACAGGCCGAGGACGTTCAATGTTGGCGACTTGGTCTGGGGCCAAATCAAAGGACTGACTTCATGGCCTGGAAAACTAGTAAGAGAAGAAGACGTTCACAATTCATGTCAACAGAACGCTGAGGAGGGGAAG
Seq A exon
GTATATTTATATATATCTGCACATATCTATCTATCTATCTATCTGTTTACATGCACGTGTGTCCTAATGCTTATACAAATGTGTATCCAACCTTTATCTCAGTTCTTTATTTTTTTCTTTGTCTTATTTTAATAGTATAAATTGTTTTTTCTTCATGCTATATCTTGCAGAACTGAATTTGTACCGTAGTTATCTATTGAGAAATTTCTGGCAGTGCTGTGAAACAGACCATATTTTGGCCTGACGATGCTTCCTTAACTGGTTTATGCACCAAAGGCTTGCAACACAAAAGATATCTTCAAGAAAAAATTGTTAGCCTAACAGTGTGTCTACAGCTGAACTATAGTTGTGTCCAAAAAAAACAGATTGAATGTGTAAGGAATGTGGAGGCATCAAAAAGTGGTTGAAACTGCAAAAAGGAAAAGTGTGATCTAATCGGAGTGAGGAGTCTGTAATAAGGAAAGCCTTGCTGAGTGACACATACACTCTGTGGTGAAATGCATGGGTACCTTTGTCCTGAAAGGAGGTCTGCAGTATCTTACAGCAGGGAAAGCATTTTAATTTGCTCTTTTGTTGTAAAATCCAGGGTTTTGAACACTAATTTTGAGCTTGTCAGAGAATGTATGATAATATTTCAAATTCTAGTCTCTGCTAGATGTATAAAATTATATTTCTGTGGTTTTCTGTTTCATATCTTCCATATGTAAATGTTTTCTAAGTGCCAATTTAGAAAAAAAGAAAAAAAAAGCAAATTTAAGAAATAAGTAAGGAGAAAAGAAAGGCCTCACACAACATTTTACCTCTGGCACAAAGAAAGCAAACCACTTGAAAATTTAATATTTTCACATAGTCATGCCTGGTGGATTGCATGACAACGGTCATAAAAATGTAAGAGTGGCCATAGTAGGTTGGACCAAAGTACTCCCTTACCCAAAAAGAGTCCAACAGGAGCTGTCCAGCAGAGAGTACAAGGACACGATGAGGAGCTCTCCACCATCAGCCTCTGCATCTCACCAGTGTGCAGCTCAAGAGCTTCTGAGCCCCATCTGCTATCTCTGTATTGTAACCATAGCTGCTCTCCCTGCACTGCCCATAGAGTTATTTGAGGCAGATGCACAAACATAATTTCCTCCAACAATCCCACGTGTTCTAGAGGAATTTGTAGTATAAGTAACTGGAGCGTTGCCTGGCCAGGATGGCTTCAAGCTTAGTTCAGCAGAACTTGGCTTCTTCCTTGATCTCCTTAGGCAAAGCATTTTCAGAGCTCCCGTTTGAGTACATGGAACAAAAATATTCACTTCAGAGCAGTCAGCATGCTTACTAACAGGACTGGCCTGCTGAACAGCTCGTTCCTTATAAAGGTTGGATCACCAAGTTACAGGTCACTCTTATTAAAAGTATTGGCAAATGAGATAGATCACAAACTGAGAGAGACTGAAACTGGAAAAACGAGGTGAGCAGTGCTGCTGTCCCATAGGAATGATGAATACATCCTTCCATTGCATGTGCGTTCAGAGTATGCATTTCTGTTAGCTTCACAAAATGAATTGCATATCCATATTTATGGGATTGTTTTGATACATTTTAAGAGCTCATTTTTGATAACGTTTATAAAGAGCTGTTTTTCCCTTTTTTTTTTCATTTGCATTCCTTAGCCGTTTTTAACTTTGCTCTCAATTTGTGGTTACCAGAATGTATGGTGGCTCTTTGTGCAAACACACTTCCTTCAGTTTTGTCTCTTGCGTGCATTATGTGAACATACTGTGTAACACAGTATTTAATGGCATAGATTTTATTGTATACGGAAGCACAAACAACAGGAAAGCAGTGTATGGATCCCTTCTACGCCACAGAGATGCATGCGTTGCCATCAAACGTGGGGATGCAGCAGAGGGACCGACTCAGTTCTTCGCCAGGAAGGCCCACGGATCACCTCTCACATCAGAAGGCCTTTCATTGAGTAATAACTAAACGTGTATATGTCTCCTTCTCTCCAACAAGAAGTACAGAGTGAATGACTGCTCGGAGGTCAGGATTTTAGGTTGAATTGTGGGATAGGGGGAGATATGACAGAGAAAAATGTGAAAACGGGTATGTGCTGTGCAGGAGTTGTGTCTCCAGCTGAACAAGGAACTCTCATGCACAGTGGCTATCTATGCAAGTGTCCACACGCTCTGTAGCAATGTGTTCAGCCTCGTCCTACGGGTGTTTGGGCAACCTGCTCTGAAAAAAATAGTCTGCACTCCAGAAAATCCAGAAATGTGGTCATTCGTGGTGGGAATTGGTGGTAGCAGCAGTTCTGGAAACTATATTTTCAGAGGAGCTGTGTTGAATAATCTTTTAAAGTATTTGTGTAATCAGGTGTTAACTTCCCTTATTGTCCTGTGTGGAAGCAGGAGTTGGACTCGCTGGTCCTTATGGGTCCCTTCCAACTTGGGATATTCTATTCTACTGTACCGCTGCTATATCTGTGTTGCAGGGTATCACTGTAAGTTATGTTCTCTGTTCTTGAAATCATACTTTGATTTGATCTTTATTTTCATTTAGAAAAATGTGGGCATTAAATGTAATGGTACTTCCATGTGCAGAGCAGCTGGAGTGGTGCATTAGTGCATGTCACAGGTATGACCCTATGGGGCCTCCCATCAGTTCTGCTCTGTGTTCCTGAGCAGAGCTGTCTGGGAAGGTACTGCTGCTTTTCTTCTGGGGATTTTTCCTTTTTGCTGCAATAGATGTACGTAAAATGGCCCAAAAGCAGCATTTCAACAGAGGGGTTCACAGTTGCAATTATTATCCACTATTTTGTGCCCTGGAACCACGCTGACAGTCAGCCTCTTCTCTATGATAGCACAGCTTAATTTCTCTCAGATTTTACAGCTAATTACTACCTGATGCTAAAGAGTTCACAGTAGGAAAAACAAGTTTTGGTGCTTCGTGACAATTTGGCCTCTGAATGTTCTTTATAGACTGGCATACAACGTTGGGCTTTTATCAGCCCATATAGGTATTTCCCTAGGGAAGCTGAGCTTTTCTAGCGCTAGAGATAATAATAGGTGTGATTTATCAGTGTCCTGGAAATCCAATCTGTATGTATTATTTAGTGTTGTAATGGGTTATTGTAAATGAAGGCGTGTGATATGATTAATCCCAACGTATCTGTTACAGTTGCTGATAATACTGTGTTCCATTAGCCGTGTGGTACTGCTTCAGAAAGCGCTGGCAGGTGGGGGTGGGTTTGTGTCTGTTTTACTGTTGTGCTATCATAAAACTCCAATGAGGAAGATGTTCTTTTTTTGTAATGTAGCACGAGTCCTTTCTTAATCAAACACAGTACTAATTCTTCATGCAAACGTGTACATTTGAACTTCCTTACATACCTAATGGCAGACATGTACAGCACTCTGCAGTTTGTCCCTTACGTACCTGTCTATGCATACCCATATGGATGCCTACATTTCACGGCTAAGGATGCCGTACAGCTTGAGTAACCATGACAGCACTGTCTCATGGTGCAGTTCCAGCTGTAAAGCATCAGAATGATCGCATTACCACCATTTAATTCTGCTCAGTTTGAAAAATGTGTTTTTCCATAGCAGTTTTTGCAAACGTGCTACGAGATGAGGGGCTAAACCTGAGCTCAGGTAGGAGCGCTGCCTCTGCCAACTGCATGGCAGTGCGGGGCCCAAAGCAGATCCCACCTGCACCCAGCCTGCTCTCACCATGCATGCTTTCTGCTCTCCCGTTTATCCATAAAAACCCTGCAGCTTTCCAGCAGACTGTGTATGCATTTGTGCTTTGGCAAAAGTCAGGTTAGGAAGGGAATGATGTCAGGTGTTCACAGCCTCACACTGAAAGTAAGCACAGTTTTAAGGGAGAAGTGCCACAGTCTGTGCTTAGCGAGCCCTGTCTCGTGGGAGCAGAAGCATTGCCTCCCTGTGTGCAGACCTCACCAGGAACTGCGGGTCCTTAAGGCTGCTGTGGCTGCTCTGTTTCCCAACTTTGTTATCAGATGTGAGTTCCAAACGTGAGATTTGCTCTCAACGTGTGTTTTATTTGCCATTGTTTCCAGGCGTTTTGACAACTTGCTCACTCATTAACATCAGATTGTCACATCGAAAATGAGTGTCATTGTGAATATATAAATTATTTAGTAACTGAAAGGCTGAGTTTCAAGTCAAGTTGCGTTTAAATTAACGTTCAGGGTTGTATATAGACATGCTTAATAAATTTGTATTTATGGATTTAATTTGCTTTGTGTCAAAAGACAGGGTGTGCTGCTTAATGAAACAAATGCTCTGTAAGGTTCTTGTGAAGTTATGCAAATAAGTCAGCAAAATATAATGCCGTGACAAAGAAGGGGTTTATCAGTTCATTTCCTTTTAAGTGATGTGTTTTAAACATCTCGGGTTTTGTTGTTTTTAAAAGCAGAAATGGCTGTGAACCAAATCTAAGCAATACCAAGAGTTGAATGGAATCCTGTTTTGATGATAAGGTCCCGCAGACGATGCCATTCGTTTTCTTTCATGTCTGTGTTGTTTGCAGCAGCACTGCCTGGTGCCTTTGGTCAGATGCTGTGGTTTATTGCTCAAAAGATAACAATTCTGGTTGATTTTGAGAGAACTGAAGTTTGCAGTTACAGTGCCTCCAACACCAGCTCAGCAGCCCTGCACGGCACAGCCCGGCTTTGTTACCCACTCAGCTGTGCTTAAGGACAAAATATTGGACAGACCTTCCCCAGGTTGGGTGAATCAGTCGGCCACTGCGAGCGCTGGTTGGAAGCCATTCAGTCAGCATGCACAACCAGCTCTCGTTGCTCCCTCCCCACCCCACCGCAGTCTCCTTAAGGCCAGAAGCCTTCAGCTGGAGCGTGTGCTGCAGCCCTTCTGCAGCAGGGACGAGCGTGGGTGTGCCAGCAGCGCTGCTGGGCTGGGGCCCAAAATGTGAGGGCATGTCAGACCTTCCTGTCATGGTGTCTGTAAGAATGTACCACGTGCATTGGGCACAGTGCTGTTGTAACACATGTGAGGAGCTCCAGAGATATCAGGTGCATCTGTGGAGTGAGAACGGAACGTGAGGCTTCAACAGCAGTGTTTGTATTAACGCTGTAAAGACAAACTATGTTCTGAAGTATTACTTTCCCTCTTAGTCTTATTTTCCTCCACGCTGTGTTTTCAGTTCTTATACTTGTATCGGTAGTGTGGATACAGAGAGAAATTCTGCTGTATACATACATGCCTGAGGGGGTGTGCATAGCTGTACATTGATTTCTTCTTTGCTGGGACGGTTGTGTCTTACGGATGCGGTGAACTTTAGGCTCCGCAGTAATGCATGTCTAGCAGTAAAGTAAAAGCAGTGTTTGATAATTGCAGGTCTGGGTAATGTGGTTTGGTGTTCATACCTTCACTCAG
Seq C2 exon
GTGGAGCCAGAGAAGTTGAAGACACTAACAGAAGGTCTAGAAGCTTACAACCGAGCCAGGAAAAGGAACAGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012449:ENSGALT00000020351:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.514 A=NA C2=0.920
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085512=PWWP=PU(46.3=9.4)
A:
NA
C2:
PF0085512=PWWP=FE(29.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]