RnoINT0090111 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000027596 | Mbd5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:RGD Symbol;Acc:1562961]
Coordinates
chr3:33472323-33491389:+
Coord C1 exon
chr3:33472323-33473531
Coord A exon
chr3:33473532-33491315
Coord C2 exon
chr3:33491316-33491389
Length
17784 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATAC
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
GTGGTTTGGTGTTTACTCAGGTG
3' ss Score
6.09
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGAGCCCGAGAAGTTGAAGACACTCACAGAAGGTTTAGAAGCCTACAGCCGAGTCCGGAAAAGGAGCAGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000027596:ENSRNOT00000034632:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.514 A=NA C2=0.907
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085512=PWWP=PU(46.3=9.4)
A:
NA
C2:
PF0085512=PWWP=FE(29.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]