MmuINT0096252 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036792 | Mbd5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2138934]
Coordinates
chr2:49278581-49298729:+
Coord C1 exon
chr2:49278581-49279783
Coord A exon
chr2:49279784-49298655
Coord C2 exon
chr2:49298656-49298729
Length
18872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATAC
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
GTCTTCGTACCTTCACTCAGGTG
3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGGATGCAAGGAGATGCAGCTCTTCTAAATAAAAGAATAAGCACTCAGCCTGGGCTCACAACACTTCCTGAAAACCCAAACCTTGCACTTCCACATTTCCAAGATACACCCTGTGAGCTGCAGCCAAGGATTGACCTTGGTCAGCCTATGAAGGACGGCCTCGTTATGGGTGGCCAAGGAGATGCCTCCGTAGACGCCATTTACAAAGCAGTTGTGGATGCAGCCAGCAAAGGAATGCAGGTTGTCATCACCACTGCTGTCAACAGCACGACTCAAATCAGCCCTATCCCAGCCCTGAGCGCCATGAGTGCCTTCACTGCCTCCATTGGTGACCCATTAAATCTGTCCAGTGCTGTGAGCGCTGTCATCCACGGGCGGAACATGGGAGGAGTGGATCATGATGGCAGGCTGAGGAATGCGAGAGGGGCACGGCTACCCAAGAACATAGACCATGGGAAGAACTCCAGCGAAGGAGACGGGTTTGAGTGTTTCAAGTCAGCGAGCTGCCACACATCCAGAAAACAGTGGGATGGGGAGCAAAGTCCCAGAGGGGAGCGCAACAGGTGGAAGTATGAGGAGTTTTTAGATCATCCAGGCCATATCCACAGTAGTCCTTGCCACGAAAGGCCCAACAATGTCTCTACACTGCCATTTCTAGCTGGGGAACAGCACCCGATACTGTTACCACCAAGAAACTGTCAAGGTGATAAGATTCTGGAGGAAAATTTCAGGTATAATAATTACAAAAGAACTATGATGAGTTTTAAAGAGAGACTAGAGAGTACTGTGGAGAGATGTACACACATTAACGGAAACAGACCTCGTCAGAGTCGGGGCTTTGGAGAGCTGCTAGGCACTGCAAAACAAGACCTAGTTCTAGAGGGGCAGTCTCCGGGTTCTTCAAATAGTTTGGAAAGTTCTCTGGTCAAAGACTACATCCATTACAATGGAGACTTTAATGCCAAAACCATTAATGGGTGTGTGCCTAGTCCCTCAGATGCTAAAAGCATTAGTAGTGAAGACGACCTACGGAATCCAGACTCCCCCTCCTCACATGAGTTGATACACTATAGACCAAGGACGTTCAACGTTGGCGACTTGGTCTGGGGCCAAATCAAAGGACTGACTTCCTGGCCTGGGAAATTCATAAGAGAAGACGACGTTCACAATTCATGCCAACAAAGCCCCGAGGAAGGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGAGCCCGAGAAGTTGAAGACTCTCACAGAAGGTTTAGAAGCCTACAGCCGCGTCCGGAAAAGGAGCAGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036792:ENSMUST00000047413:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.482 A=NA C2=0.884
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085512=PWWP=PU(46.3=9.5)
A:
NA
C2:
PF0085512=PWWP=FE(29.3=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types