Special

HsaINT0100438 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
muscleblind-like splicing regulator 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:6923]
Coordinates
chr3:152165409-152173366:+
Coord C1 exon
chr3:152165409-152165562
Coord A exon
chr3:152165563-152173330
Coord C2 exon
chr3:152173331-152173366
Length
7768 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTGCAATGCATGATGGGCAGGCT
3' ss Score
0.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAATTCCTCAAGCTGTACTTCCCCCATTACCAAAGAGGCCTGCTCTTGAAAAAACCAACGGTGCCACCGCAGTCTTTAACACTGGTATTTTCCAATACCAACAGGCTCTAGCCAACATGCAGTTACAACAGCATACAGCATTTCTCCCACCAG
Seq A exon
GTAAGGGGTGGGGTTTCTTAATAAATGAATCTGATGATCTACAGAGAGTCCTACTGTTAGAGCAGATAAACCACACCCCAAGTTTGTTTGTAATTATAGATGAGGTGTCAGGTAAGGTGGTCAATGATGGAAACTTATCTGAGGTATCTCATGTGGTTTTCCTTAAAAACTAAGGATTGTAGCTTAATGAAATGTGGATTAAAGATCAGTGGTATTTTATATATTTATTTGTGTTTGTGTAATTTGGAAATGAAATATAGTTCTCTTTTTTTCTCTTTCCTCAACACTTATATATGTCTGTCAAGCTATTTTATGATACTTTCTTGCTGTAAGACCCCTTTGCCTTCATTATTCCATAGAGTTAATTTAAATTATATAAAACAGCACTTTCAGTTTTGATTTTTATTTTTCAGCCTTTTTGTTTTCAAGGTCAAGAATGAAAACAACTATGCGTTCTAGAGCTCTTAAAAAGGGCTCTTATTGGCATCAATCAGTACACTGTTTAAAATTATGACTGTTCCTAAGCTAATATTGAAATAACCCTAAGTGCTCAGCAATGTTTAATTTATTATGGAGTTCTACATTTGTGGTTTCAGCTTATTTTCAATTTGGTAATGTATACATAATCTAGAATTATTCACACAGATTGCAAAGTTTAAAACACAGACTAGCTACTCATTTAATTACCTGGAAATTTACTCTTTTTATTCACTCTGAACTTACTTCAGAAAATACATATAAGCTCATTATTATCTGGAATTTTACTAACCAGAAACTCAAATCTCACTTTCCTCTTTATTGCTTCACCCTTATTTTCAGAATACCATGGTTTTAGAGACTTACTTAATAAAATTATTTTATTAATTAAATTAATGAGTAGATATATATGTCAAAAATCCAGCTCCCAATTTTATATTAGACTATACTGGCAGTATTTACAGTGTATTAGGTTCATAATGCTATAAGAGAATGTGAATTTATTTTTGATTCACAAAATAAATTATATGAGCTTTTAATACTAACCATAAGTTTTATACAGTACATATTTGAAAATCAGTCATCCATATGTAAAATAAATACGAAGTAACAATTAACTACAATATTCCACTAGCTGAAATAGCCAGTGCCCCAGACACGTGGATAAAATGATATTTGTACTTGTGAAATAGTATCTTTCAAATTGCAGTTTGCCCATATTGGAACAAAAACTAAATCATTTTGACCTGCAGCCTCACATTTCTCTTATGTTTTGTAATATTATAACTTTCTTCTCAACATGCATAGTTTTTCAGAAATTAATCTTTTTGCTCTTGTGCAAGTTGCTGTGTCCCTAGATTTTCGCTGCCCCCAACAAACAATCCATCAGTTTTTCTATAGTCAGATGAGCAAAGTTTCAAGGGATTATATGTAACTATCATAATCTCTTTGAAGAAATTAAAACTTATTTTTGTCAGTTTATTTTATTGGCTAAAACATTACCATGATAAATGACCGTTTCAGCTAGACCAGAGGTAGTGAGTTATCTCAATAGATTGTTCACAGTCAGTTACAGATTGAACTCCTCGTTCTACTCATTGCTGTCTTCTCACTGCTGCACTTGACTAGTCTTAAAAAATATGATAGTTTCTCTACTAAAGTCTAAAAAACAAATCTGTGCTATTTAAAGAAAGCTGAAAAAATCTGTTTTATCAAATAGGTTTCACATTAGTTTTTTCAACAACTCTCAAATGACTATAGTTTTTTTTCTAAATAAGTATAACCAATTACATGGTATGATGACCCTTACTTGTGACACTAGTGTCTCCCTAGAATAGCTTTTTGTCTGTGGATAGAGCCAAAGATGCTAGATAAAGTTCAAATTAGGGAAAATAATAAACTCATTCATAAATCAGAATCAAACTTGTCTCTCTGTGCTAGGTTAAGCATTGCTAATTTAAATAAAATCTGCATTAATTGAAATATGCTGAAAATTTTAAGATATATTTGCATTTATTATGATGCATTTTGCATCAGAGATATTCTATTCTTGATCAATATTTCTCAAATATTGGCCAGGCGCAGTGACTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGCTCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGGCCAGCGTGGCCAACATGGCGAAACCCCATCTCTACTAAAAATCCAAAAATTAGCCGGATGTGGTGATGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGTTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCTGGGAGGCGGAGCAGTGAGCCAAGATCACATCACTGCACTCCAGCTTGGGCAAAGGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCACACAAAACAACAACAACAAATATATATACACACACACACACATATTTCTCAAATATAATCAATATAGTGTGAAATTATTGCATTAGTAACATAAAATAACATTTATTTGCAACTCAGTTATAAGGGCCTGAAACAGCAAGTTGACCTTTATTAATCACATAATCAGAAGTAGGTAGTGACTCCATGATTATTTTAAAATATTTTCATTATATAATATATACCTGCATTCACAAAAATTGACGCTGTGGCATGAAAAGGTTAAAATGGATAGCTCTTCATTATTTCTGCCCCATCACTTTGTCAGACAGTCAGAAAGGAAAGAAGTCTAATGCAGGGAATGTATATGCAAAAGCCTCAGGGGCCAGGCAGGAAACACAAGTGAAGCAAGAATAAATTGGGAGCTGTGGGGTCTGGGAGGCACAGGGGAGCACAGGCTCAGTCTAAAGAGTATAGTCAATGTTCAGACTTTGCCTTTTGTTGCCTCAGAGGATTGTCTGCCTGGCAGGTTGTACTTGCTGTCCACTGCAAACCCTTTGTGGCTCCATTTATATCATAGTCTGTGTAAACCACAATTGATTGTGTATATGCCTCATAGGGTTGGTTGTAAGAAACCCGCACAACCTAACACAGTAGCCCTGACATACAGTGTTGCTAGGTCTTATGGTCTTATGATTTTTTCCCAGATACTCTAGACATTTGTATGTTTATATGTGAAATTTCTCAATATTTAAATTTTGGCAATTCAGTTTTTTAAAAACACCCTTTGAGAACTAAAGGAAATTCATCTTACCACACATTCACATGTAATCTCATGTCTAATACCTGGGAGAAAAGGAATTTCATTTTCCAAAGTTTGGTTGTTCTGCAGACAAATAATACAGAAGAATTAGATGATCAAGGAATCCGATCTGAACACAATTTAATAATTTGGAAGGTACACTTTTGAAGGCTTTATTGGAACTGGGAAGAAAATGGAATTCTTTTATTTTTTGCAGCTCAGAATTTTAGTGGTCTGTAGTCTGTTGTTTCAATGATAACTTCAGATGTGTAGATATATTTTATTCAAATTACAGTGAAGCATGGTTAGCTAAATTCTTAGAGCAGGTGGCTGCGTATAGAGTAGTTTGCTGGCAAAAGATCAGGGTTCAGTGACAAGCCAGCCAGCTAGCTAAGAAAAATTACTACATACTTTAACTTTTAAGAACAGAATTGGATTTAATATGGACATTACCCATCTAAGCATCATTCAACCATACATCCATCCATCCTCCTATCATTCTGTTCTCCCCTTTCCTTTCCTCTCTTTATCCTTTTTTCCTTCCTCCCTTCCTCTGTCCTTCAGTTTTCCATCCATCTATTCATCCCCCCATTTATCTATCCACCCATCTTTCCATTTATTCAGTCAATAAACATTGATTGTATGCCACATGGTATACCAGTATTTATGTGAAGGATTGCAAACTGATAGCTCAAGGGTAAAATCTAGTATCTAGAAATATTTTTGTTTAAGAGTGTTTAAATGAAAACTAAATGTAAATCCTTTAGATAGGACACATACTGTACCCTTCAGTTCCAAACGCTACAATTCCCTATTGCCTTAGGCCAGGTTGTTTCAGATATTTTGTTCAAAAGAGCTACGTTTTATTGAATGGTTGCTCTTGTTCCCTGCTGCACTGAGTGCTTTGCCTACATTATCTCATTTTTTTTCACAACGCCCAGAAGGTTGGCATTAATATTTTCATTTTACGAATGAGTAATTTGGAGCCTAGTAAGGTACAGTGATTTGTCCCAAGTTAAATGGCTTTTGTAAGGTTTAGATTTAAGTACAACTTGAACTCAAGTCAGGCTGACTTGGTTAGTCTCTCAATATCTATTACACGAAGACCTTAAAAATGATTTGGGAGAGTGGAAGTAGCCCTTACTGAACACCTAACTCCATGGTGTTTCACACCTTCCACCTCATTTAAAGATAAATATAAGTATTAGGTTAAATTCATATTGAAGTTTTGTCTTTTCAAATTTCGATATATACTTGTTTTAACCTTCCCCTTTCAGGACCAGATTGATTATTTGTAGATATTATGCATAATTTAGGATCTATTTATGTTATATATATGAGTTTTCACTCATGAAATTACGGCGTGTAAGAAATACCACTTTCCTTTACACCATTTCTTTTTTCGTTGAAATTAAGTCTAGCTCTGAACTGTGATCTCTATCTCCCTGGGTTGAGAGAAATAACAGGCATTACTGGGAATCCAGGACTACATGCCCCAGCTCCCTCTCTTTCCTGACCTTACCTCAATGTGAGGTCCTGTACAGTCTAGTATTCTCAGACAGGCTATGCATTCTTCATGCTTCAGTCACCGCTGCTCACTGCTGATGTGATCATTGTCTATGCTTGCAAGAGCTCTTAAGACAGGTACTCCAGGGGTTCTGTGCTTGCCTTGGATATAGGCTTCCTTGTCTATGCCCTCCAGGCTCCCATGCCCTTGAGGACCTGATGTCTGCAGGGCTATTGTGAAAGAACAGGCTACCTACCCAGCTACCTGTGGAGCTGCACACTGCCTGCCACTTCAATCTTGAGGAATTTTTTTCTCTGCCCTCCATCACCATTTTTGCTTACCTACCATCTTCAGAATCACACCTCTTGTCTCCCTCTCTAGCATATCTCCCTCAATCAGTGTTGGCTTATGAGTTTTAACAGTTCTGAAAATACATTTACTTTAAACAACTTCTATTTTGGCTTGTATTACAACTCTACCAAGAATAAGGCAACGAAAGGCCAGGAAACTCTTAGGTGGTGGTGTAGGTCTAAGGGCAGGGGTAGGCAGGGTTGTGTTTATGCAAAGAAGAGAAAAAGATTTGTCACATTTAGTATCATTAATACATATAATCATTTATAATTATGTATATTAATAAATTACTTATAATTAATAAAAATAAAGAAGGTACTGCTTGTTTGGATACCAATTTTGAGAATAATCCAACTGATTGTTAACTTTTAGTCTTAAAATGATATACACTATTTTTAGAAAATCTTAATCAGCCTAATACTTCTTATAATCAACCTAAATAGGACTGAATTATTACATCGAAATTCTAACTTCCAACTAAATCTTCATTACAATTCTTTTTCTCTCTTCTACTTACTTCCCTTCTACTCCAAGTAATTTTAAGTATGCATACATCTTATTTGTAAATTATCATCCTAGTTTTTCCTACATTTTCATACATATCAATTAAAATTTTTGATTTAAAAGGTCATGCAATTAAAATAACACATTTCTCAGAAGCACACCATTCTGCTCTGCAAATATCTTTGTAGGAGAAATTGGAAATTGACAAATACATTCACTTAAATTTTGCTTTGTGCTGAAAATTGAGGAAAAATTTAAATTGGCCATTTGCACATTATTAGTAGTAAATCAACCCATGTAAAGATGGAAACTATGGTCATTTCAAAAGTGATTTTCATTTTTGGTAAGTGGGTCCTACAGCATTATGTCCTCATATTTGTGAGTTATTGCACCCTGGCTAGTATTTTCATTGCTGCCTTATGTTTATTTGCTGCAAATCCCTCTCAAAACTGTGTGCATTGGTTATAATGCTAATGAGGAAGATAATTCAAACTAAAATTCAAATCATAATAGCTTTAGGATTTTAGAGAGATAGTATAAGGTTAACTCATTTTCAGCATGTGCAGACTTAATTATGCATGGGATGAAATACAGTAGGCAAGTCTCAGCCTAATAATAAATAATTGAAAAATATAACCTGTACAATATTTAAACTGGCTTTAATATTACTTAATTATCACATTATTCTTTTTCATTCATCATTTCTTTTCCAATTCTCTCACCCTACCATTAAGACAGTAATGATTTTATAAGATGTAGATCCGGTATTAAGTTTTGCTTGCTCTACTGTCTCAAATTATTATAACTTCTTTGTTATTACTGGCTTGTTTCTGTTTGTCTTTCACAAGTCTTTGACTCAGTAGTAGTAGCAAATGACAGAGATCTTCAAGTGTCTTAATGCTTGTCAATATAATATTATTCCACTTGATAGGATGTGTCCCCAGATACATTACAGAGTTTAATCGTTGATCACTCTGCCCACAGTCTAATTGTGATAACAAACTAATCGCAGCTGTTACAGAGATGCCAGTTAAGTAATCCGTGTTTCAGCTGAGTTTCTCAATGGCAGCTTTATTTTATAGGGCCATCTCTGACGAGATTCATTTGGCAGATATTTTTCTAACAAATGTTCGTCCCAGATGCTGCTAGTATTTAAACAGGATATGCTAAGATTTAGATAGAAATATAAAATCCTTGGATATTTTAAAACCTAGAATTCTAAAATAATCCCATAGAAAGAACAGTAGTTCTGCATATGGGAAAGTGCCTTGTACTTGGTAAAATAAGTTAAATTTTCAATATTTACATGTCAAAGAGAACAAGGACTATCTATATATGCAACATTTATTTTTGCTTATCATGGTTGAACAATTGTCAGCATCAGTGCTAACACCCCATATGTGATGTATGTATTTTCACTCTCTCCCACTCAAGGTTTTTATTGAACTCTAATTAGCAGTTTCTTGCGTGTGAAATTTTGTAGAACATTTGCTACTCCCAGAAGTCTTGAAGGTCTAAACCAGCAATGAAAACCACTCTGATTTCCTAGATACTGTGAAGTAAACCAATTTGATACTTATAAGAAATTATATTCCCCCTTAATGCTTTTCCTACATTTTAATTTCAAACTAAGGAAAGGCACAAATTTCACTTTTTTATGTATAATTTATTGCTTGGCATCCCTCCAAATACAAATCCTGTATGAATAATTACAACCCCTTTCATGTTTATATGGTTGCTGCTACAATGAACAGGAAAATAAAGCAAAAGGAATGAAAATGAATGTTTGGGTTTCATTATATTGTTAAGTCAGTTTTGTACATTGAATTATTTAGTATTTAATAATAAATATCTTTAGTAAGTTAATATGTGCCTGATATAAAGAAAATGTTAAGGCATTCATAAGTTAAAGTCAGAAATAGCAAAACGACCAGATGGTTAGTAATCAGATTAAAACAAAACAAATTACAATATTATTTTTAAAAGAATTAAGTGGATTTAAATTACTTCCAAAATACTTTTGTTTATAGGCAACAATTAAGAGAAACAAAGTGTACCAGCACACAGTTAAACTGGCTTTTATTCTTCACTTGAGACTAGTTCTAATTGATCACTGTGCTATTGTATGATTTGATTGTGCTGACAGTTACATGCCACTGTTCCCATAATAACAATTTTTCTTCTTTGTTCAAATGAATTTTCTAATTACACGTGTGATGGGATGTTTTAATTCTTTTCCCTTTTCAAATCCACCTTCCTGTTGCAATGCATGATGGGCAG
Seq C2 exon
GCTCAATATTGTGCATGACACCCGCTACAAGTGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000152601-MBNL1:NM_207295:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
  C1=0.394 A=NA C2=0.297
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development