Special

HsaINT0100453 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
muscleblind-like splicing regulator 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:16746]
Coordinates
chr13:98009736-98046374:+
Coord C1 exon
chr13:98009736-98009889
Coord A exon
chr13:98009890-98043575
Coord C2 exon
chr13:98043576-98046374
Length
33686 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
CTTGTCTTTCTCTTTAACAGATA
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTTTCCCCCTGGTGCTCTTCATCCTTTACCAAAGAGACAAGCACTTGAAAAAAGCAATGGTACCAGCGCGGTCTTTAACCCCAGCGTCTTGCACTACCAGCAGGCTCTCACCAGCGCACAGTTGCAGCAACACGCCGCGTTCATTCCAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAATTCTGAAATAATCAGCAGAAACGGAATGGAATGCCAAGAATCTGCATTGAGAATAACTAAACATTGTTACTGTACATACTATCCTGTTTCCTCCTCAATAGAATTGCCACAAACTGCATGCTAAATAAAGATGTAGTTCTTCTGGACAGACCACAACTCTAAGAAGCTAGTGCTGCTATCTCATATATGAGTATTAAATATGGTATGCTTAGTATATTCCAACCTAAGATAGTTAACTACCTGAGACCAGCTGTGATGTTTAAAGACATAAAGGATAAAGTTTACTTTTAAAGGGTTTCTAAACATAGTTTCTGTCCTAGGAATATTGTCTTATCTCCATAACTATAGCTGATGCAGAAAGTCCAGCCAGTTTACTCATTTCGATTCAGAATATTTCAAATTTAGCAATAAACAATTAGCATTAGTTAAAAAAGAAACATATTCCAAGGGCAGGTTCGATTCTAGCTCTAATTACTGTCATGTCATTTACCCACTGGATCAAAGGGTATGTTTCACTTCTTGACAATATAAATGCTGCAGCAAAGATGAGAGGTGAAGTAAAACCGATACCTGTCCTGCAGGTCTAAAATTTGAATGGAAATTCAAGCACAAGTACTGGGGACACATCAAAGTGTGGTGTTTGGTTTGCCTGGAGATGCCACGTTGAATCATGTGATTCTAGATTAACATTAAATAGATTGAAAAAGAAACTTTGCACGGTATGAGCTTCATACCCCACCAAACAAAGTCTTGAAGGTATTATTTTACAAGTATATTTTTAAAGTTGTTTTATAAGAGAGACTTTGTAGAAGTGCCTAGATTTTGCCAGACTTCATCCAGCTTGACAAGATTGAGAGGCCCATGCCAACAGTCTAATCTAAGAGATTAGTCTTTCAAACTCACCATCCAGTTGCCTGTTACAGAATAACTCTTCTTAACTAAAAACCTAGTCAAACAAGGAAGCTGTAGGTGAGGAGATCTGTATAATATTCTAATTTAAGTAAGTTTGAGTTTAGTCACTGCAAATTTGACTGTGACTTTAATCTAAATTACTATGTAAACAAAAAGTAGATAGTTTCACTTTTTAAAAAATCCATTACTGTTTTGCATTTCAAAAGTTGGATTAAAGGGTTGTAACTGACTACAGCATGGAAAAAAATAGTTCTTTTAATTCTTTCACCTTAAAGCATATTTTATGTCTCAAAAGTATAAAAAACTTTAATACAAGTACATACATATTATATATACACATACATATATATACTATATATGGATGAAACATATTTTAATGTTGTTTACTTTTTTAAATACTTGGTTGATCTTCAAGGTAATAGCGATACAATTAAATTTTGTTCAGAAAGTTTGTTTTAAAGTTTATTTTAAGCACTATCGTACCAAATATTTCATATTTCACATTTTATATGTTGCACATAGCCTATACAGTACCTACATAGTTTTTAAATTATTGTTTAAAAAACAAAACAGCTGTTATAAATGAATATTATGTGTAATTGTTTCAAACATCCATTTTCTTTGTGAACATATTAGTGATTGAAGTATTTTGACTTTTGAGATTGAATGTAAAATATTTTAAATTTGGGATCATCGCCTGTTCTGAAAACTAGATGCACCAACCGTATCATTATTTGTTTGAGGAAAAAAAGAAATCTGCATTTTAATTCATGTTGGTCAAAGTCGAATTACTATCTATTTATCTTATATCGTAGATCTGATAACCCTATCTAAAAGAAAGTCACACGCTAAATGTATTCTTACATAGTGCTTGTATCGTTGCATTTGTTTTAATTTGTGGAAAAGTATTGTATCTAACTTGTATTACTTTGGTAGTTTCATCTTTATGTATTATTGATATTTGTAATTTTCTCAACTATAACAATGTAGTTACGCTACAACTTGCCTAAAACATTCAAACTTGTTTTCTTTTTTCTGTTTTTTTCTTTGTTAATTCATTTAAACTCATTGAAAACATAGTATACATTACTAAAAGGTAAATTATGGGAATCACTGAAATATTTTTGTAGATTAATTGTTGTAACATTGTCTTTCTTTTTTTTCTTTTGTTTCATGATTTTGATTTTTAAAATTATTAGCACACAACTATTTTCAGCCCTTTAATAATGGAGCATCAAAAACATCACCTGTAACCCCAAGCAAATATAGAAGACTGTATTTTTTACTATGATATCCATTTTCCAGAATTGTGATTACAATATGCAAAGAGTCATAAATATGCCATTTACAATAAGGAGGAGGCAAGGCAAATGCATAGATGTACAAATATATGTACAACAGATTTTGCTTTTTATTTATTTATAATGTAATTTTATAGAATAATTCTGGGATTTGAGAGGATCTAAAACTATTTTTCTGTATAAATATTATTTGCCAAAAGTTTGTTTATATTCAGAAGTCTGACTATGATGAATAAATCTTAAATGCTTTGTTTAATTAAAAAACAAAAATCACCAATATCCAAGACATGAAGATATCAGTTCAACAAATACTGTAGTTAAGAGACTAACTCTCCACTTGTATGGGAACTACATTTCACTCTTGGTTTTCAGGATATAACAGCACTTCACCGAAATATTCTTTCAGCCATACCACTGGTAACATTTCTACTAAATCTTTCTGTAACACTTAAAGAATTCCCTCATTCATTACCTTACAGTGTAAACAGGAGTCTAATTTGTATCAATACTATGTTTTGGTTGTAATATTCAGTTCACTCACCCAATGTACAACCAATGAAATAAAAGAAGCATTTAAAAGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139793-MBNL2:NM_207304:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
  C1=0.567 A=NA C2=0.520
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]