HsaINT0100453 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000139793 | MBNL2
Description
muscleblind-like splicing regulator 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:16746]
Coordinates
chr13:98009736-98046374:+
Coord C1 exon
chr13:98009736-98009889
Coord A exon
chr13:98009890-98043575
Coord C2 exon
chr13:98043576-98046374
Length
33686 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
CTTGTCTTTCTCTTTAACAGATA
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAATTCTGAAATAATCAGCAGAAACGGAATGGAATGCCAAGAATCTGCATTGAGAATAACTAAACATTGTTACTGTACATACTATCCTGTTTCCTCCTCAATAGAATTGCCACAAACTGCATGCTAAATAAAGATGTAGTTCTTCTGGACAGACCACAACTCTAAGAAGCTAGTGCTGCTATCTCATATATGAGTATTAAATATGGTATGCTTAGTATATTCCAACCTAAGATAGTTAACTACCTGAGACCAGCTGTGATGTTTAAAGACATAAAGGATAAAGTTTACTTTTAAAGGGTTTCTAAACATAGTTTCTGTCCTAGGAATATTGTCTTATCTCCATAACTATAGCTGATGCAGAAAGTCCAGCCAGTTTACTCATTTCGATTCAGAATATTTCAAATTTAGCAATAAACAATTAGCATTAGTTAAAAAAGAAACATATTCCAAGGGCAGGTTCGATTCTAGCTCTAATTACTGTCATGTCATTTACCCACTGGATCAAAGGGTATGTTTCACTTCTTGACAATATAAATGCTGCAGCAAAGATGAGAGGTGAAGTAAAACCGATACCTGTCCTGCAGGTCTAAAATTTGAATGGAAATTCAAGCACAAGTACTGGGGACACATCAAAGTGTGGTGTTTGGTTTGCCTGGAGATGCCACGTTGAATCATGTGATTCTAGATTAACATTAAATAGATTGAAAAAGAAACTTTGCACGGTATGAGCTTCATACCCCACCAAACAAAGTCTTGAAGGTATTATTTTACAAGTATATTTTTAAAGTTGTTTTATAAGAGAGACTTTGTAGAAGTGCCTAGATTTTGCCAGACTTCATCCAGCTTGACAAGATTGAGAGGCCCATGCCAACAGTCTAATCTAAGAGATTAGTCTTTCAAACTCACCATCCAGTTGCCTGTTACAGAATAACTCTTCTTAACTAAAAACCTAGTCAAACAAGGAAGCTGTAGGTGAGGAGATCTGTATAATATTCTAATTTAAGTAAGTTTGAGTTTAGTCACTGCAAATTTGACTGTGACTTTAATCTAAATTACTATGTAAACAAAAAGTAGATAGTTTCACTTTTTAAAAAATCCATTACTGTTTTGCATTTCAAAAGTTGGATTAAAGGGTTGTAACTGACTACAGCATGGAAAAAAATAGTTCTTTTAATTCTTTCACCTTAAAGCATATTTTATGTCTCAAAAGTATAAAAAACTTTAATACAAGTACATACATATTATATATACACATACATATATATACTATATATGGATGAAACATATTTTAATGTTGTTTACTTTTTTAAATACTTGGTTGATCTTCAAGGTAATAGCGATACAATTAAATTTTGTTCAGAAAGTTTGTTTTAAAGTTTATTTTAAGCACTATCGTACCAAATATTTCATATTTCACATTTTATATGTTGCACATAGCCTATACAGTACCTACATAGTTTTTAAATTATTGTTTAAAAAACAAAACAGCTGTTATAAATGAATATTATGTGTAATTGTTTCAAACATCCATTTTCTTTGTGAACATATTAGTGATTGAAGTATTTTGACTTTTGAGATTGAATGTAAAATATTTTAAATTTGGGATCATCGCCTGTTCTGAAAACTAGATGCACCAACCGTATCATTATTTGTTTGAGGAAAAAAAGAAATCTGCATTTTAATTCATGTTGGTCAAAGTCGAATTACTATCTATTTATCTTATATCGTAGATCTGATAACCCTATCTAAAAGAAAGTCACACGCTAAATGTATTCTTACATAGTGCTTGTATCGTTGCATTTGTTTTAATTTGTGGAAAAGTATTGTATCTAACTTGTATTACTTTGGTAGTTTCATCTTTATGTATTATTGATATTTGTAATTTTCTCAACTATAACAATGTAGTTACGCTACAACTTGCCTAAAACATTCAAACTTGTTTTCTTTTTTCTGTTTTTTTCTTTGTTAATTCATTTAAACTCATTGAAAACATAGTATACATTACTAAAAGGTAAATTATGGGAATCACTGAAATATTTTTGTAGATTAATTGTTGTAACATTGTCTTTCTTTTTTTTCTTTTGTTTCATGATTTTGATTTTTAAAATTATTAGCACACAACTATTTTCAGCCCTTTAATAATGGAGCATCAAAAACATCACCTGTAACCCCAAGCAAATATAGAAGACTGTATTTTTTACTATGATATCCATTTTCCAGAATTGTGATTACAATATGCAAAGAGTCATAAATATGCCATTTACAATAAGGAGGAGGCAAGGCAAATGCATAGATGTACAAATATATGTACAACAGATTTTGCTTTTTATTTATTTATAATGTAATTTTATAGAATAATTCTGGGATTTGAGAGGATCTAAAACTATTTTTCTGTATAAATATTATTTGCCAAAAGTTTGTTTATATTCAGAAGTCTGACTATGATGAATAAATCTTAAATGCTTTGTTTAATTAAAAAACAAAAATCACCAATATCCAAGACATGAAGATATCAGTTCAACAAATACTGTAGTTAAGAGACTAACTCTCCACTTGTATGGGAACTACATTTCACTCTTGGTTTTCAGGATATAACAGCACTTCACCGAAATATTCTTTCAGCCATACCACTGGTAACATTTCTACTAAATCTTTCTGTAACACTTAAAGAATTCCCTCATTCATTACCTTACAGTGTAAACAGGAGTCTAATTTGTATCAATACTATGTTTTGGTTGTAATATTCAGTTCACTCACCCAATGTACAACCAATGAAATAAAAGAAGCATTTAAAAGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139793-MBNL2:NM_207304:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.567 A=NA C2=0.520
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)