BtaINT0090412 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018313 | MBNL2
Description
Bos taurus muscleblind-like 2 (Drosophila) (MBNL2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001099710]
Coordinates
chr12:78409734-78445751:+
Coord C1 exon
chr12:78409734-78409887
Coord A exon
chr12:78409888-78444068
Coord C2 exon
chr12:78444069-78445751
Length
34181 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
TTTGTCTTTTTCTTTAACAGATA
3' ss Score
12.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTTCCCTCCTGGTGCTCTTCATCCTTTACCAAAGAGACAAGCACTTGAAAAAAGCAACGGTGCGAGCACCGTGTTTAACCCCAGCGTCTTGCAGTACCAGCAGGCTCTCACCAGTGCGCAGCTGCAGCAGCACACCGCGTTCATCCCGACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAATTCTGAAATAATCAGCAGGAACGGAATGGAATGCCAAGAATCTGCATTGAGAATAACTAAACATTGTTACTGTACATACTATCCTGTTCCCTCCTCAATAGAATTGCCACAAACTGCATGCTAAATAAAGATTTAGTTCTTCTGGACAGACCACAACTCTAAGAAGCTAGTGCTGCTATATCATATATGAGTATTAAATATGGTATGCTTAGTATATTCCAACCTAAGATAGTTAACTACCTGAGACCAGCTGTGATGTTAAAGGACATAAAGGATAAAGTTTACTTTTAAAGGGTTTCTAAACATAGTTTCTGTCCTAGGAATATTGTCTTCTCTCCATAACTATAGCTGATGCAGAAAGTCCAACCAATTTATTCATTTCGACTCAGAATATTTCAAAGTTAGCAATAAACAATTAGCATTAGTTAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAGAAAGAAAAAAAACCTATTCCAGGGGCAGGTTCAATTCTAACTTCAATTACTGTCATTTCATTTTACCCACTGGATCAGAGCTGTGTTTCACTTCTTGACAACACGAATGCTGCAGCAGAGATGAGAAGTGAAGTAAAACCGTGACCTGTCCTGCAGGTCTAAAATTTGAATGGAAATTCAAGCACAAGTTCTGGGGACACATCGAAGCGTGGTATTTGGTTTGCCTGGAGACGCCGCATTGAATCATGTGATTCTAGAATAACATTAATAGATTGAAAAAGAAACTTTGTACGGTGTGAGTTTCATACCTAACCAAACAAAGTCTTGAAGGTATTATTTTACAAGTATATTTTTAAAGTTGTTTTATAAGAGAGACTTTGTAGAAGTGCCTAGATTTTGCCAGACTTCATCCAGCTTGACAAGCATGAGAGGCCCATGCCAACAGTCTAACCGAAGGGATCAGTCTTTGCAACTCACCGTCCGGTTGCCTGTTACCGAATAACTCTTCTAAACTAAAAACCTAGACAAACAAGGAAGCTGTAGGTGGGGAGATCTGTATAATATTCTAATTTAAGTAAGTTTGAGTTTAGTCACTGAAAATTTGACTGTGACTTTAATCTAAATTACTACGTAAACAGCAAGTAGATAGTTTCACTTTTTAAAAAATCCATTACTGTTTTGCATTTCAAAAGTTGGATTAAAGGGTTGTAACTGACTACAGCATGGAAAAAAAAAATAAGTTCTTTTAATTCTTTCACCTTAAAGCATATTTTATGTCTCAAAAGTATAAAAAACTTTAATACAAGTACATACATATTATATATACACATACATATATATACTATATATGGATGAAACATATTTTAATGTTGTTTACTTTTTTAAATACTTGGTTGATCTTCAAGGTAATAGCGATACAATTAAATTTTGTTCAGAAAGTTTGTTTTAAAGTTTATTTTAAGCACTATCGTACCAAATATTTCATATTTCACATTTTATATGTTGCACATAGCCTATACAGTACCTACATAGTTTTTAAATTATTGTTTAAAAAACAAAACAGCTGTTATAAATGACTATTATGTGTAACTGTTTAAAACATCCATTTTCTTTGTGAACATATTAGTGATTGAAGTATTTTGACTTTTGAGATTGAATGTAAAATATTTTAAATTTTGGCATCACCGCCTGTTCTGAAAACTAGATGCACCAACCATATCATTTTTGTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018313:ENSBTAT00000030532:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.159 A=NA C2=0.300
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development