MmuINT0096309 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022139 | Mbnl2
Description
muscleblind-like 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2145597]
Coordinates
chr14:120803860-120830920:+
Coord C1 exon
chr14:120803860-120803954
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
24202 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGC
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4.86
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAATTCTGAAATAATCAACAGAAATGGAATGGAATGCCAAGAATCTGCATTGAGAATAACTAAACATTGTTACTGTACATATTACCCCGTTTCCTCCTCAATAGAATTGCCACAAACTGCATGCTAAATTTAGTTCTTCTGGACAGACCACAACCCTAAGGCTAGTTCTGCTATGTCATATATGAGTATTAAATATGGTATGCTTAGTATACTCCAGCCTAAGATAGTTAACCACCTGAGACCAGCTGTGATGTTCGAAGACATACAGGATGAGGTTTTCTTTCACAGGGTTCTGAGCATAGTTTCTGTCCCAGGAATATTGTCTTATCTCCATAACTATAGCTGATGCAGAAAGTCCAGACAATATACTCATTTCGACTCAGAATATTTCAAATTTAGCAATAAACAGTTAGCTTTAGTTTTAAGTACCTATTCCAAGGGCAGGTTCGATTGTAACTCCAATCACAACCATTTCATTTCCTGACTGGATCGAAGGGTATGATTCACTTCTTGAGGAGACGGACAGTCGCAGCAGAGAGAAGTGAAGTAAAACATACGCCTGCCTCGCAGGTCTAAAGTCTGAGTGGCAGCTCAAGCACAATTGCCAGGGGACACATCAGAGTGTGGGGTTCGCTTTGCCAGGAGATGCCGCACTGAATCATGGGATTCTAGAATAACATTGCATAGATTGAAAAAAAAAAAAAAACTTTGCACGGTATGAGCTTCATACCCAACCCAACAAAGTCTTGAAGGTATTATTTTACAAGTATATTTTTAAAGTTGTTTTATAAGAGAGACTTTGTAGAAGTGCCTAGATTTTGCCAGACTTCATCCAGCTTGACAAGAATGAAAGGCTCATGCCAATAGTCGAATCTAAGGGATTGGTCTTTCAAACTCGCCCTCCGGTTGCCTGTTACCGAATAACTCTTCTAAACTAAAACCTAGTCAAACAGGGAAGCTGTAGGTGAGGAGGTCTGTATAATATTCCAGTTTAAGTACGTCTGAGTTTAGTCACTACAGATGCAAACTGTGACTTTAATCTAAATTACTATGTAAACGAAAAAAAAAAGTAGATAGTTTCACTTTTTAAAAACTCCATTACTGTTTTTGCATTTTAAGAGTTGGATTAAAGGGTTGTAAGTAACTGCAGCATGGAAAAATAGTTCTTTTAATTCTTTCACCTTAAAGCATATTTTATGTCTCAAAAGTATAAAAAACTTTAATACAAGTACACACATATTATATATACACATACATATATATACTATATATGGATGAAACATATTTTAATGTTGTTTACTTTTTTTAAATACTTGGTTGATCTTCAAGGTAATAGCGATACAATTAAATTTTGTTCAGAAAGTTTGTTTTAAAGTTTATTTTAAGCACTATCGTACCAAATATTTCATATTTCACATTTTATATGTTGCACATAGCCTACACAGTACCTACATAGTTTTTAAATTATTGTTTAAGAAATGAAACAGCTGTTATAAATGGATATTATGTGTAATTGTTTAAAACATCCATTTTCTTTGTGAACATTTTAGTGATTGAAGTATTTTGACTTTTGAGATTGAATGTAAAATATTTTAAATTTTGGTATCATCGCCTGTTCTGAAAACTAGAGGCATCCAACCATATCATTTTTTTTGATTGAAAAAAGATCTGCATTTAATTCATGTTGGTCAAAGTCTAATTACTATTTATCTTACATCATAGATCTGATAACTGTATCGAAAAGAGAAATCACATTCTGAGTGTAATCTTGCATAGTGCTTGTGTCGTGTTTGTTTTTAATTTGTGGAAAGGTATTGTATCTAACTTGTATCACCTTGATAGTTCTCATCTTTATGTATTATTGATATTTGTAATTTCCTCAGCTATAACAATGTAGTTACGCTACAACTTGCCTAAAACACTCATACTTTTTTTTTTCTTTACTTACTCATTTAAACTCATTGAGAAGATAGTAGACTAAAAAGGTAAATTATGGGAATCACTGAAATATTTTTGTAGACTAATTGTTGTAACTGTCCTTTCTTCCTTTCATTTCATGATTTTTATTTTAAAAATTATTAGCACATAGCTATTTTCAGCCCTTTAATAACTGATCATCAAAACATCACCTGTATCCCCCAGCCAATATAGATGACTGTATTTTTTACTATGATATCCATTTTCCAGAATTGTGATTATAATATGCAGAGTCAAATATGCCATTTACAATAAGGAGGAGGCCAGGCAAATGCATAGATGTACAAATATATGTACAACAGATTTTGCTTTTTATTTATTTATAATGTAATTTTATAGAATAATTCTGGGATTTGAGAGGATCTAAAACTATTTTTCTGTATAAATATTATTTGCCAAAAGTTTGTTTATATTCAGAAGTCTGACTATGATGGATAAATCTTAAATGCTTTGTTTAATTACAAAAACAAAATCACCAATATCCAAGACAGGAAGATCTCAGTTCAACAGCTCCGGTAGTTAGGGAACTAACTCCACTTGCACAGGACTTCATTTCACTCTTGGTTTTCAGGCTATAACAGCACTTCACAGAACTATTCTTTCAGCCATACACCACTGGTCACATTTCTACTAAATCTTTCTGTAACACTTCTTAAAGAATTCCCTCATTCGTTATCTTACAGTGTAAACAGGACTCTAATTTGTATCAATTATATGTTTTGGTTGTAATATTCAGTTCACTCACCCAATGTACAACCAATGAAATAAAAGAAGCATTTAAAAGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022139-Mbnl2:NM_175341:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.438 A=NA C2=0.120
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: