DreINT0093804 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018460 | mbnl2
Description
muscleblind-like splicing regulator 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9582]
Coordinates
chr1:2057873-2070067:+
Coord C1 exon
chr1:2057873-2057967
Coord A exon
chr1:2057968-2066386
Coord C2 exon
chr1:2066387-2070067
Length
8419 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGC
5' ss Score
4.86
3' ss Seq
TTGTTTGTTTGTTTGTGCAGATC
3' ss Score
9.66
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCCATGATGTACAGTGCTACGCCTGCTACTGTCTCTGCAGCAACAACTCCTGCCACAAGTGTCCCCTACGCAACAACAGCACCAGCCAATCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018460:ENSDART00000124534:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.971 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]