Special

GgaINT1031164 @ galGal4

Intron Retention

Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr1:144576579-144592856:-
Coord C1 exon
chr1:144592762-144592856
Coord A exon
chr1:144579555-144592761
Coord C2 exon
chr1:144576579-144579554
Length
13207 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGC
5' ss Score
4.86
3' ss Seq
GCTTTCCTTTCTCTCCACAGATA
3' ss Score
13.77
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCCATGATGCACAACGCTACGGCCGCCACTGTCTCTGCAGCAACAACTCCTGCAACAAGTGTTCCCTTCGCCGCAACAGCCACAGCAAATCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016890:ENSGALT00000042993:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Annotated function
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]