RnoINT0090155 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010737 | Mbnl2
Description
muscleblind-like splicing regulator 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1591755]
Coordinates
chr15:105772309-105797932:+
Coord C1 exon
chr15:105772309-105772403
Coord A exon
chr15:105772404-105795143
Coord C2 exon
chr15:105795144-105797932
Length
22740 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGC
5' ss Score
4.86
3' ss Seq
CTTGTCTTTTTCTTTAACAGATA
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAATTCTGAAATAATCAACAGAAATGGAATGGAATGCCAAGAATCTGCATTGAGAATAACTAAACATTGTTACTGTACATACTATCCCCTTTGCTCCTCAATAGAATTGCCACAAACTGCATGCTAAATTTAGTTCTTCCGGACAGACCGCAACCCTAAGGCTAGTTCTGCTATGTCATATACGAGTATTAAATATGGTATGCTTAGTATATTCCAGCCTAAGATAGTTAACTACCTGAGACCAGCTGCGATGTTCAAAGACATACAGGATGAGGTTTTCTTTTACAGGGTTCTGAGCGTAGTTTCTGTCCCAGGAATATTGTCTTATCTCCATAACTATAGCCGATGCAGAAAGCCCACCCAGTATACACATTTCGACTCAGAATACTTCAAATTTAGCAATAAGCAGTTAGCTTTAGTTTAAGTACCTATTCCAAGGGCAGGTTCGATTCTAATTCCAATCACCACCATTTCATTTCCTGACTGGATCATAAGGGTATGATTTCACTTCCTGAGGAGACGGACACTCGAAGCAGGAGACGGGAAGTGAAGTAAAACACGCACCTGCCTCGCAGGTCTAAAATCTGAGTGGCAGTTCAAGCACAGTTGCCGGGGACACATCAAGAGTGTGGGGTTCGCTTTGCCAGGAGATGCCACACTGAATCATGGGATTCTAGAATAACATTGCATAGATCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGCACGGTATGACCTTCATACCCAACCCGACAAAGTCTTGGAGGTATTATTTCACAAGTATATTTTTAAAGTTGTTTTATAAGAGAGACTTTGTAGAAGTGCCTAGATTTTGCCAGACTTCATCCAGCTTGACAAGAATGAAAGGCTCATGCCGACAGTCGAATCTAAGGGATTGGTCTTTCAAACTCACCCTCCGGTTGCCTGTTACTGAGTAACTCCTCTAAACTAAAACCTAGTCAAACAGGGAAGCTGTAGGTGAGGAGGTCTGTATAATATTCCAGTTTAAGTACGTCTGAGTTTAGTCACTACAGATGCAAACTGTGACTTTAATCTAAATTACTATGTAAACAAACAAACAAAAAAAAAAGAAGTAGATAGTTTCACTTTTTAAAAAATCCATTACTGTTTTTGCATTTTAAAAGTTGGATTAAAGGGTTGTAACTAACTACAGCATGGAAAAAAATAGTTCTTTTAATTCTTTCACCTTAAAGCATATTTTATGTCTCAAAAGTATAAAAAACTTTAATACAAGTACATACATATTATATATACGCATACATATATATACTATATATGGATGAAACATATTTTAATGTTGTTTACTTTTTTTAAATACTTGGTTGATCTTCAAGGTAATAGCGATACAATTAAATTTTGTTCAGAAGGTTTGTTTTAAAGTTTATTTTAAGCACTATCGTACCAAATATTTCATATTTCACATTTTATATGTTGCACATAGCCTACACAGTACCTAGTTTTTAAATTATTGTTTAAGAAATGAAACAACTGTTATAAATGGATATTATGTGTAATTGTTTAAAACATCCATTTTCTTTGTGAACATTTTAGTGATTGAAGTATTTTGACTTTTGAGATTGAATGTAAAATATTTTAAATTTTTGGTATCATTGCCTGTTCTGAAAACTAAAGGCATCCAACCATATCATTTTTGTTTTGATTGAGAAAAAAACTGCATTTAATTCATGTTGGTCAAAGTCTAATTACTATCTATTTATCTTACATCATAGATCTGATAACTGTATCAAAGAGAAATCCCATTCTGAGTGTAATCTTGAGTAGTGCTTGTATCGTGTTTGTTTTTAATTTGTGGAAAGGTATTGTATCTAACTTGTATCACTTCCATAGTTCTCATCTTCATGTATTATTGATACTTGTAACTCTCTCAGCTATAACAATGTAGTTACGCTACAACTTGCCTAAAACACTCAGACTTATTTTTTTTTCTTTACTTACTCATTTAAACGCATTAAAAAGATAGTAGACTAAAAAGGTAAATTATGGGAATCACCGAAATATTTTTGTAGACTAATTGTTGTAACTGTCTTCTTTTTCTTTCTTTTCATGATTTTTTATTTTAAAAATTACTAGCACATAGCTATTTTCAGCCCTTTAATAATTGAGCATCAAAACATCACCTCTATCCCCCAGCAAATATAGATGACTGTATTTTTACTATGATATCCATTTTCCAGAATTGTGATTATAATATGCAGAGTCAAATACGCCATTTCCAATAAGGAGGAAGCAAGGCAAATGCATAGATGTACAAATATATGTACAACAGATTTTGCTTTTTATTTATTTATAATGTAATTTTATAGAATAATTCTGGGATTTGAGAGGATCTAAAACTATTTTTCTGTATAAATATTATTTGCCAAAAGTTTGTTTATATTCAGAAGTCTGACTATGATGGATAAATCTTAAATGCTTTGTTTAATTACAAAAACAAAATCACCAATATCCAAGACAGGAAGATATCAGTTCAACAGCTTACTGAAGTTAGGAAACTAACTCCACTCGTATGGGAACTCCATTTCACTCTTGGTTTTCAGGATATAACAGCACTTCACAGAAATATTCTTTCAGCCATATGCCACTGGTCACATTTCTACTAAATCTTTCTGTAACACTTCTTAAAGAATTCCCTCATTCGTTATCTCACGGTGTAAGCAGGACTCTAATTTGTATCAATTCTATGTTTTGGTTGTAATATTCAGTTCACTCACCCAATGTACAACCAATGAAATAAAAGAAGCATTTAAAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010737:ENSRNOT00000014300:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]