HsaINT0103670 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000078403 | MLLT10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:16063]
Coordinates
chr10:21977420-22002879:+
Coord C1 exon
chr10:21977420-21977467
Coord A exon
chr10:21977468-22002700
Coord C2 exon
chr10:22002701-22002879
Length
25233 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
TAACATTTGTTTTTTTGCAGGTA
3' ss Score
10.8
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATTTATAACAGCAATGATGTAGCAGTATCGTTTCCAAATGTAGTATCTGGCTCGGGATCTAGTACTCCTGTCTCCAGCTCTCACTTACCTCAGCAGTCTTCTGGGCATTTGCAACAAGTAGGAGCGCTCTCTCCCTCAGCTGTGTCATCTGCAGCCCCTGCTGTTGCTACAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078403-MLLT10:NM_004641:14
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.392 A=NA C2=0.709
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)