HsaINT0117835 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000122417 | ODF2L
Description
outer dense fiber of sperm tails 2-like [Source:HGNC Symbol;Acc:29225]
Coordinates
chr1:86852598-86862025:-
Coord C1 exon
chr1:86861716-86862025
Coord A exon
chr1:86852770-86861715
Coord C2 exon
chr1:86852598-86852769
Length
8946 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGCGTAAGT
5' ss Score
9.39
3' ss Seq
ATAACTAAAATATTTCCTAGCTT
3' ss Score
2.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTGGGGCCGCCGTTGCCAGAGAAGCCACTAGCCGGTTACTAGCTGCGCTTTTGTTCCACTTGAGCGGGCACTCTTCTGCGGCAAGCAGGTCTAGGAATTCGCCTGGTTCCCACCTCGCGTCCCTTGCCTTCCTTCCTAGTCTACCCACTGTAGTGCCCCCTGCGTCCCGCTCCCTCCTAGCCGACTCAGAGCACAAGAAGGATTGCCACGGTTTCCATTGCAGCAGCCGTGGCGCCTCTGACCCTTTTTTTATATCGCGGCGACGGCGGGCTGTCGTCACGACGACGTGCGGACGCAGCGGCGGGGGC
Seq A exon
GTAAGTACGCCTTTTGGGTTGGGGGCGACTTTGTGGGGAGCCTAGCTGCTGCTGGGCGTTTACCGCGGGAGCCCTTAGCGGTCTGGAGGTGAGGGCAGTGGTGGGTCCCGGAAGTAAAAGGCCCTCGCGCCCACCCAGCCCCCTCCGCGCAAACCCTCCACCTCCCTCAGGCTGACTACCTGGCCTGGGAAAAGGGCGGCGAGACTCACTCTTAGGAAGGGTGTGGTCCCCGGGACATCAGGGCAAATGTTAGCGTGAGGTGGGCTTGTGCAGAACGAAGTCCTGACCGGGCCGTTCCTGGATATGGTTGCATTTCTTTCAGAAATAGTGACCTCTTAATCATTGGGCTGGTTTTTAATCGCCCATCATGTGATATATCAGATTGTAGGAAGCCCTGGGGGCTTCGTAAGTGAGGTATATTACAGGAATCCTCAGGAAATAATTCCTTCTCCAGGATTCCTCTAGGTTCCAGCCCCTATAGGCGACCCCTGTAGTGCGGGATTGACCTAGGGTCGTGGAGAGTGCTAAAGGCCGACTTGTGTTCAGTCCCAGCTCTGCCACTGAACCCGCTGTGTGGCCTTGTCTAGGTCACTGAACCTTCCTGGATTCCTTACTGATAACTGTAACAGTAATCATCACTTTGGGGTGGTTGTAATACGAGATTAAGTAAACGCAGGGCCATTAAGGTGGCACCGAATGTAGGTGGTTAGTGAGTGGTGGTGCTTGTTGTTTACTGAGAATAACCATACTGGGGCTGCTGTTGGGGATAAAATCTATTTCGAAGACAGTTTCCTCATCACGCAACGCATAGTACGGTTTCAAGTGTTTTTGAATGAATGAGGTTCTTGGAGTTTTAAGTGCAACTGAGTTAAGGTTAAAGAAACAAACCGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTTAGGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAACAAATACAAAAAGTTATCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCCGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCCGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGCGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAGAAACAAACTGCAGAAAACCTGTCTGCTTTTGAAATTAGTTTGATATTCTGCTTATAGTAAGAATGTCATGATCATGTTTATGATTTGCTTTTTGCTTCTCTTTTTCATCTTCTTATTTCACAATGGATGTGTATTTATAGTGTAGTTTTTCTATCCCAAAAGTTCCTTGTGACAAACTTTAGAACAATGGAATTTAGTGATCTGGTCGCGGTCTGCTCTCTCTCTTTAGAATTGTAGTCTGTGCTTTTAGCTAGCTCATTCATCACTCATTTCCTTGTCCAGAACAGTTTTCATCTTTTGAATCTAAATTGAACTTATGAGTATTAAAACCTGACTGAATAAAGGCAAGTTTGTGTGTTACTTTTTGCTTTGTAGATTTTTATATTTATGTTTTAGTATCTCATGGCTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGCCGCAGTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACGTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCACCACCACGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGCGGTTTCACCATCTCATGGCTTTTAATTCAAAACTGAGTTCCACCAATTCCTTACTTGTAATCTTGGACAAGCTATTTAACCCTTCTAAGATTTAATTTACTTATTTATAGCTTTTTAATAACAACCTTGTGAAGCTTTTGTGAGATGATGTTTATAAGGTCAGTCAGTGCTCTGCTCAGTAAATGGCAACAGCTGTCGTGTTGAAGGAAAGGAATATGCTTTATGTTTGTCTGGTACAGGATGGTGACTTTATTTGGGATTAGACAATATTCTGAACATCTTTGGCCAGGTCTTTTTCCGGGTAATTGGGCTCTATATGGACACTCAAAAGTGTCCGAGTTTAAACAGTAAATAATTTAGTCACCCTAACTTATATTTGAGAACCTAATCTATGCTCCCCACTGTGTTAGGTAATTTTTTAGGGCAGAGAGTGATGCGTATTATTTGTCCTCACAGTTAATAGCAAGTTTAAAAGAGAACTAAAATATGAGCATTTATGGAGCAGTTAAATTCTAAACTATATGATTCTGAAAATACTTTTGTTTAGAGTTCTTGATGGGCTGGAGAAATCAGGGCAACACTTTGAGAAGGAAATGGAATGTTGGCTTTGAAGTACATGCCGTGTTTACAGAACAGTCACTCTTGCTGTCAACTCTTCTTCCTATATTATCCAGTCTGCAGCCCATCTTTTAAATATACATCCTTCTTTTTTCATTGGAGAGAGGGATTACTAATTTGTTATCTAATCTAATCTCTCTGTATCAGAAAACGTTTTTTCCATTTTGGTAGCTTTTACGCATAAGATTTATTTTCCAGCTTTTTGCCTGTTTCCAAGATTCCTATCCTTTTTTTTTTTTTCATACAATTACCTCTCTAGTAAACGTTTGACTAGTGTCCAGAATAGTAGGGGGAAAAAAAGAGGATTCCTGTATCTACTTTGTGTTCCTTGCTGAATATGCCATGGTGACTTTTTTCAGTAGAAGCTGTGTTTGAAGCCAGTGGAAGTTAGTTTTCTAAGAATTTGTGTTTGGCAAAACAAAATGTGCAGGTTTCATATGCTATTCTCTTCAGAGATATTGTTTTAAAATACATATTCATCTGAAGTTAGTTAATTTACTTAGTCTGATCTAGGTGTTAAGGAAGGTCATGGACCATGATTTTCCTTTTTCTCTGACCATGGCTAGCATCATGGTCCCTGAGCAGTTATCCCCAAATGCTTGCTGTTGGCCACAGTGGAACATAGTTTAGTGAATGTAGCTGGATCAGCATAGCCTACAAGCACTCCTGGAAAAAGCTTTAAGTACATGTCCTCTTGGCAGTAGACTGGCAAAATTGTCTCTGTATAGGAAATTTAAATCTTTAAACATTTTAAAATATTTTAAAATTGCTCATCTTTAAGGATTTTTAAATGGTTTTTTAAAATTTTTTATTTCCATAGGTTTTTGGGGAACAGGTGGTATTTGGTTACATGAGTGAGTTCTTGAGTGGTGATTTGTGAGATTTTGGTGCACCCATCCCTGAGCAGTGTACACTGAATTCCAATTGGTAGTCTTTTATCACTCACCCCCTTCCCACCCTTTCACCCTGAATCTCCAAAGTCCACTGATTCATTCTTACCCCTTTGCATCCTCATAGCTTAGCTCCCACTTATAAGTAAGAACATATGATGTTTGGTTTTTTATTGCTGAGTTACTTCACTTAGAGTAATAGTCTCCAATTCCATCCATGTTGCTGTGAATGCCGTTAATTTATTCCTTTTTATGGCTGAGTAGTATTTTATCATGTATATATTATATATATATGTATATCACAGTTTTTTTACTCATTGTTTGATGGACATTGTGTTGCTATAAACATGCATGTGCAAGTATCTTTTCTATATAATGACTTCTTTTCCTCTGGGTAGGTGGCTAGTAGTGGGATTGCTGGATCAAATGGTAGCTCTACTATTAGTTCTTTAAGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGCGGTTGTACTAGTTTACATTCCCACCAACAGTGTAGAAGTGTTCTCTTTTCACTGCATCCATGCCAACATCTATTATTATTTTTTGATTATGGCTGTGCTTGCAGGAGTAAGGTGGTATCACATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATCATTAGTGATGTTGAGCATTTTTTCATGTTTGTTGGCCATTTGTATATATTCATTTGAGAATTGTCTATTCATGTCCTTAGCCCACTTTTTGATGGGATTTTTTTTCTTGCTAATTTGAGTTCATTGTCGGTTTTGGATATTAGTCTTTTGTCAGATGTATAGATTGTGAAGATTTTCTCCCACTCTGTGGGTTGTCTGTTTAGTCTGCTGACTATTCCTTTTGCCATGCAAAAGCTCTTTAGTTTAATTAAGTCCCAGCTATTTATCTTTATTTTTATTGCATTTATTTTTGGGTTCTTGGTAATGAAATCTTTGCCTAAGCCAATATCTAGAAGGGTTTTTCTGATGTTATCTTCCAGAATTTTTATAGTTTCAGGTCTTAGATTTATATAGTTTCAGGTCTTAGATTTAAGTCTTTGATCCATCTTGCGTTGATTTTTGTGTAAGGTGAGAGATGAAGATCCAATTTCATTCTCCTACATGCGGCTTGCCAATTATCCCAGCACCATTTGTTGAATAGGGTGTCTTTTCCCCACTTTATGTTTTTGCTTGCTTTGTCAAATATCAGTTAGCTGTAAGTATTTGGGTTTATATCTGGGTTCTCTATTCTGTTCCATTGGTCTATGTGCCTATTTTTATACCAGTACCATGCTGTTTTGGTGACTGTGGCCTTATAGTATAGTTTGAAGTTGGGTAATGTGATGTCTTTTCACCTAGTCTTGCTTTGGCTATGTGGGCTCTTTTTTGGTTCCAAGTGAATTTCAGAATTGTTTTTTCTAGTTCTGTGAAGAGTGATGATGGTATTTTTATGCGAATTGCATTGAAATTGTAGATTGCTTTTGGCAGTATGGCCCTTTTCACAATATTGATTTGACCCATCCATGAACATGGGTTGTGTTCCATTTGTTTGTGTTATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTTTATAGTTTTCCTTGTAGAGGTCTTTCACCTCCTTGGTTAGGTATATTCCTAAGTATTTTATTTTATTTTGTTTTGTTTTTGCAGCTATTGTAAAAGTGGTTGAGTTCTTGATTTGATTATCAGCGTGGTCACTGTTGGTGTATAGCACTGCTACTGATTTGTGTACATTAATTTTGTATCTTGAAACTGCTGAATTTATCAGTTCTAGGAGCTTTTTGGAGGAGTCTTTAGGATTCTCTAGGTACAGAATCATACCATCAGCAAACAGCAACGGTTTGACTTCCTGTTTACCGATTTGGATGCCCTTTATTTCTTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTCCAGTACTATGTTGAATACAAATGATGAGAGTGGGCATCTTTGTTTTGTTTCAGTTCTCAGAGGGAATGCTTTCAACTTTTCCCCATTCAGTATTATGTTGGCTATGGGTTTGTCATAGATGGCTTTTATTACATTGAGGTATGTCTCTTGTATGCCGATTTTGCTGGGGGTTTTAATCATAAAGCGATGCTGGATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTATTGAGATGATTGTGTGATTTTTGTTTTTAATTCTGTTTATGTGGTGTATCACATTTATTGACTTGTGGATGTTAAACCATCCCTGCATCTGTAGTATGAAACCTGCTTGATCATGGTGGATTATCTTTTTGATGTTGAATTCGGTGAGCTAGTATTTTGTTAAGAATTTTTTTTTTCTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCAGACTGGAGTGTAGTGGCATGGTCGTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCATCTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCACGATCCACCCGCTTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCTTTTAAGAATTCTTGCATCTATGTTCATCAGGGATATTGGTCTGTAGTTTTCTTTTTTGGTTATGTCCTTTCCTGGTTTTGGCATTAGGGTGATACTGGTTTCATAGAATGATTTAGGGAGGATTCTCTCTTTCTGTATCTTGTGGAGTAGTGTCAATAGGATTGGTACCAATTGTTCTTTGAATGTCTGGTAGAATTCAGCTGTGGATCTATCTGGTCCTGGACTTCTTTTTTTGTTGGTAATTTTTAAAATACCATTGCAGTCTCACTGGTTGTTATTGGTCTGTTCAGGGTTTCTCATTCTTCCTGATTTAAGCTAGGAGGGTTGTATCCAGGAATTTATCCATCTCCTCTAGGATTTCTAGTTTATGTGTGTAAAGGTGTTCATAGTAGCCTGAGTGATCTTTTGTATTTCTGTAGTGTCAGTTGTAGTATCTCCCATTTCATTTCTAATTGAGCTTATTTGAATCTTTTCTCTTCTTGATTAATCTTGCTAATAATGTTCTGTCAGTTTTATTTATCTTTTCAAAGGACCAGCTTTTTGTTTCATTTATCTTTTGTATTTTTTTTTTTTTTCAGTTTCATTTTGTTCTGCTCTGATCTGGGTTATTTCCTGCCTTCTGTTGGGTTTGGGTTTGTTTTGTTTTTGTTTCTCTAGTTTCTTGAGATGTGACCTTACATTGTCTGTTTGTGTTCTTTCAGACTTTTCAATGTAGGCATTTAAGGCTATGAACCTTTCCCTTAGCACCACCTTTGCTGTATCCCAGAGGTTTTGATAGATAGTGTCACTCTTATCATTCAGTTTGAAGAATTTTTAAGTTATCTTTAAAATGATTTGATCCTTAAACATGTATACAGAATATGTGTCTTTGTTGCACCCAACACTGACAAGTTGTACAGAAGTACATTTGTCAGTTAACAGTATATTCCACATTACTGAAAACATTTTATTGTGAAATGTCTGCTTTTCTATACAAGAATACATTTGGTCCAATAAAATGATAGCATTTCTTATAAAGCAGGACTTTTTATGCTAAATAAAATTATTACATTTTTGTTCAACACTTATTTTTTGTTACACAATTATCACAACACAAAAGCAGTGGAGTGCCTTGGAATCTCTGAACAATATTTGTCCTGGAGAAGATGACTGTTGATAATTTTCATGGAAATTCCTGAGACAAATAGTTCTCTTCCTTGTGTGTTGAGAAATCAGTAAATGTAATGTAGATTCCATTTTAGAATGTTAGGTAGAAAGTCATTCTGAATTCCTATTTTTACAGTGTGTTGATTTTATTTATTTGTTTACCCTTTAAGATAAGTGGCAGTTACCAATTATAGGTGATGAAGCAGAAAAATTTTATGACTTTATCTTATGATAAAACTTTTAGAAAAGTTGTGTATAAAATACCGATACCAAACTAGTGTTATCTTGTAAAATATTTTCTACAAATTGAAAATTTCTATCTTCTTACATTGTTTTTTAAACCTTTATTCCAAATATGGGAACCATTTGTCTTTTAATGATCCCTGAAAAGACAAATCAAGGGGTGAATTTAAAAAAAAAGGCAGTCTTTAGTCATTATATTCTTTAAAAGCTCTAAGCCTTAATGTTTTCGTTCAATTATTGCTTAGCTTTTACAAGGCTTGTAGGTGCTGAGGATTCAAATATAAAAAAGACATTCTTTCTTGAGATTCCAGTCCACAGAGAGACAAATATGACAAATATTTAAACAAGTAAAAGGGTTGGTACCAGTTGCTTTCTGTATGGGGATAGCTATTGCAACTGAATGAATTAGTAGATGATGGTTCTCTTGATTGCAGTGACTTATCCCGAGCATATTCTTCTTAACTTTTAGGTTTGGTTTTTTATTTTATTTTGTATACTTGTAATTCTTCTAGTTTATAGATAGCTCGAAATATTGTTATACCATTGTAATAGATGTTGCATATTTGCAGCATTCAAGGGAATCATCCTAGACTATCTGTTGGTTACTCAGCAGTTCTTTTTGGACTTCACTTTCTGGTATTTAAAAAATGTGACCATACTTCATTGGCCTGTTTCCTAAATATTTGTCTCTATAGTATATAGAACATTCAGATAAAATATATACATTTTATGGACACTTTGGAAGGTTTCTGAATGGCTAATTTAAATAATCTTCAACCTGTAATTTCACTTCTACTCTAAGTGTTAAAAATTCTTGAATATAATATGTTTTGTAATACAGACATATAAAACTAAATTACAAGGAGGTAAATATCCAAAAAAATGTAGAAAACCTTAAATATAACCTTTGATTTTGTGTAAACATAAAATGAAGTCAGGGAAGACATTACCACATATTGTTAGAGTTGGGAAAAGAGAGCCTTAATGGTTGCCAAAGCTCTAACTCATTACTTAAATTGGAGTAGTTTTGAAGAAATTAATATTCACATTTTTAAAGTGACATCTACAGGTGTGAGTAAAAACAATTAGATTGGTAAAATTTGGAAGTAATGTCATCTGTCTGGTCTTTTCACTATCACCAATAATATTCTAGATTGAGTTGGGAATAGAAGTAAGTGAATTTAATTTTGAAAAGTCTACTTGCAATTGAGTATCCTATCCTTTGTAGCTATTGTTGCCAAGTACTTTGAAAAGTTGAATTTCTACAGATTTAGGCATAAATAACATACATTTCTTATGGCATGGGCCTAATAAGACAGACTATAGGTAACCCATGGTTTTTATATTTGTTTTATAGTCCTGCTGGGTTCAAATATTGTAATACTTCAAGAAATAGACTAATAAAGATTTTTACACTCTTGTGATTATTTAGGAATTATCAGGCCTTTTGGAAACAGTGTATGGAAATTGGCAATTGTTGAGTGGTTGTGCTATGAAATTTTGATACAATTTTGAAGTACTATAACAATGAGTAGCAGTTATACTTCTTATTTTGTCTTTGAAATGTTATTCTTTTACACATCCTTATAACCTTTATTTTTTATGAGAGAGTAATGACAAAAAAACTCTATTGAAATAAATTTAATAACTAAAATATTTCCTAG
Seq C2 exon
CTTTCAGCTTATGTGGAGAAGTCGCTGTGAAGCCACCTATAAATCCATTTACTGAATTTATGGAGAAGGCTGTAAATGATGGAAGTCATTCAGAAGAACTCTTTTGCCATCTTAAAACTATATCAGAGAAAGAAGATTTACCACGGTGTACCAGTGAAAGTCATCTCAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122417-ODF2L:NM_001184766:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.105
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF101334=RNA_bind_2=PU(3.2=2.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)