RnoINT0105059 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014059 | Odf2l
Description
outer dense fiber of sperm tails 2-like [Source:RGD Symbol;Acc:1593831]
Coordinates
chr2:250995517-251002374:+
Coord C1 exon
chr2:250995517-250995682
Coord A exon
chr2:250995683-251002211
Coord C2 exon
chr2:251002212-251002374
Length
6529 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTAGGT
5' ss Score
3.34
3' ss Seq
GAATAACACACGTCTCCTAGCTT
3' ss Score
0.6
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCTGGGTAGATGCAGTCTGTCCGCCGCTGCCTGTTCTGGTGACTCCTCGACTTCTCGTCCCGCGGTCCCTGCCTTTCCTTCTGGCCATCTTCTCTTCCTTCTGCGCTCTCCGCCTGCCGAGGCGACCCTGGGCCGGGCAGACCTTAGAGAGCCCTACAGCCATT
Seq A exon
GTAGGTAGTGGCGGCGGTGGGGGATGACGTCAGGGCGACGGGCGAGCGCGAGTCGGGGCGGGCTCTGAGGGCGGGCCGCGGGTGACCCTGGGCACCCGGAAGTGAAACCCGGAAGTGAAACCCGTGGTGCGCACCCTCCCTGAACAGTGGGTCTTTGATGCTCAGGTCCTCCACTTTTCACCAAGAGGAAAGCGGACATTCTGCCCCTGCTTCCCGAGCTGTGGTCTCGGGACGTCGGGGAGAAGTTAGCGGGAGGAGGGGTCCGGGGTTTGGGTTGTTTCGGAGGTAGTGTTTTCCTAATCTTGAAAATGACAGTCCAGTTCTCGTCATGCCCCGAGTCATGCCCCTTGTCTCTGGCACTGAGTATGTCAGATAAGTAACCGCAACCTAACTGGCTGCTATCGGTGACGCTAAAGGCCAAGTTTCTCTGTCACCTGCCTTACAGGGTGTCAAGTGTTTGAGGATAAGAGTGCCTGGTTTAGGTAAAGGATCAAACTGTAGAAATCGTGCCTGCTTTTAAGCTTTACTTCATACCTTTGATTATGGTAAGACTGGCCACATTTGTAATTTTAAATACCCAAATACGTTATTATTGTTGTTTTCTGCTAATTGTACAACCGATGTGTGTTAATAGTTTAGTCCTTGTTTTTCAAGCACCTCAAGACCTGAGCAAATGACCTCAGCTTTTATCGGTCACTTTTGTTAACTCCGTACAAATGGGAGTCAGGATGAGTATAGAAAACATCTGCTGGACTGCTTTCTGTCAGAGGCCACTAGTACCCTCAACCCCACATCCTCTGGTTTAGTAGTTCTCAATTTATGACTGAGAGGTTGTTCTGTAAAATAAGTTCTGATAACTCAGGCTTGTAAGTGGCTGTAAGGTAGGTTGGTTGATTCAGGATAACTACTTTAAGAAGGAGAAACTGGGAGAACGTGAAGACTGCTGAGAAGGCCCAGCTAAGCAAGCCCGATTGGTTCTAAGTTTAAAGGGGGTGGGATAAAGTAAGACTAGTCCAGTGGTTCTACTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCACATTACTGTGACTTTGGTCAGTAAAGGTTGTTCTCTTCTTACAGAAGAGGAAAACAAGGCCCAGTGTGGCTAATGACTAAGTGATTGTCTAGATCCTGTCAACATTAAGAATTAAGAAAAGATGTTCTGTGAGTCCTGTCCAGTAGTCTGTGCTGGTTCCAGGCCAGACTAGAATGCTTAAGTTCTGTTTGCTCAACTTGTTCTCAGATTAGATAATGAAGAAGAATAAGTTTCTCTGTTTTAAAAAAGGAGTTTTCTAAATTAATTGTGGTACTTGAAGGGATAGTGTAGAAAATTAACTCACATGTAGACCAATCCATGCTTCATGGGCAAATGAAGTGTAATGTTTACATATGACCTTTGTACTAAATTCCTGCTGTTCCAGAATTCTCATTCCTATGTGATGTCCATGTCTCTATTACTCACGAGAGCATTTTAGTTGATTTCGTTAAAATATGAGAAAATGCACTGACATTTCAGCTTATCTCTGTGTTCTAGTTTATTTCTTTATTGCTGTGCTTGAAACACTGGCTGGAAGCAACTTGGGAGAACGTGGTTCATTTTCACTACAGGTTACAGTCCATTCTGAGGGAAACCAAGGCAGGAGTTCAAGGAAGGAACCAAAGTACAGACCACAGAGGAATGCTGCTTGATACCTTGTTCCCCTTGCTTCGTTTAGCTTGCTTACTATACAACCTGGAACACCTGCCTGGGGTGACAATGCTCACAGTAGGCTGGGTGTTTCTAAGTCAGTCATTAATCAAGAAAATGCCCCTACAAACATGGTCAAAGACCAGGCCGATAGGGACAGTTCTTCAGTCAAGATTCACTCTTCCATAGTGACTGATTTGTGTAAAGTTAACAAAAAGGGTGACAACTGACACCCATCTACTTGACACACAAACACATTATCATTAAACCATAACCTTTCCTTTCTTGTTTATCCTCAAGATCTTTTGCTAACATTGCTATATAAAACACAGAATAACTTTAAAACCCCCATAGTCTTTAAAAGTCGAAACACTTTAAAAGTACATGGTTTCTTTAAAATCCAAACAACTTATATATTTTCTTGTTACAAGAGCACAGTAACAATCAGATAAAACCAAAACCAAACTCTGATAACATACGTAACCCAATCAATGTCTGCTGTCCGGAACTCATTGATGATTGGGCTTCAGAGCACTTAGTACAGCCTCACCTTTCCAGTTTTGCCCTGGGAAGCTTTCTTAGGTCAGCCGTGAACCACCCCTGCTGCTATCCTTGATGGTCATCCCTGGTCCTAACAGTGTCCTGGTCTGCAGTGTCCTAAGGTCTCTATTACAATTGAGGCTGCACTCTAACCAGTGGCCTTTCCTGTCCTTTCGTTGCACGAGTCCTCAGTTTCTTCCCATGGTGCTTCAATCTTTGTGCCTCCATTGTGACTGAGGCTGCACTTTCTCCAGTAACATCTCCTGGGTTTTCCTTAGAAACTCTTGCCTAATGGTTCCAAGCCTTAGTTTGTGTTTATTGCCTCTTCAGTCCTGAGGCCTCCACTATGATGGAGGCTGCTCTGTCACCAGTGGCTTTCGGGCCTCTGTGCTGGGACTCCAGTCCTGCTGTTTGGTGCCAAACCACAACTGCTCTCTGTGATCCCTTTACTCCTTCAAAACCAGTACCATGTGTGAAAATCTTAACAAATTACTAAGTTTAGCCACCAGCTTAAGGTACAGCCTTGGTCTCCCTGGACCATAGCTTCCAGGGGAATTCACCCCTGCAATGCCGGCCACTTGGTAATTATAGCTAAGTTTGCAGCCTCAGCTAACCAGCATCTGCTGTGAAGCAGAGGCTTTGTTTCAGTGCTGGCTGGCCTCCTGTTGACTCTGCAGCCCCAGGTGACCAGAAGCCACAGATTCTTATTCAAGTTAGCCTCTCTGAATCATAAATGTCCCTGTCCCTTCCCCACCCAATCATTTTGGTAGCTTTTACTTAGAAATCTGTTTTCCTGCTTTGGTCATTTTGCTTACCTGTTTCTAAGTTTCACATTTTTTCCCCCCACTGTGGAGTCTAAAATGCTGTGCAGTTCCTTCTTTGATAGTTTTGGCTCGTTTCCAGAATACAGAGAACGGCATCTTTCTTAATCTGCCTTGTGTTTCTCACTGAGTGTCTGAGTTTTGGATGTTGTTAATAGAGCCTGCACGCTATTGTTTGAAGTCACTGAAGTTTGATTTTCAGAGATTGGTGTTTAGAAAAACAAATAAGAGCTTATGGAATTCTGTGCTTTCTCAACCAGGAGAGTAGTTTTTAACCAACATTTGCCTAAACTGGTCTAGGTGCCATGGTCTTTCTCTTCTAATGTCCTTGTTTCTGAGCATCCATCCGTTAACACGCTTATTGATCAAAATGGAACACAGTTCTGTGGTTATAGCTACACCAGCAATGCCATGATCACCTCTGACAGATTAAAAATTAAGACTACTGATATTTAAGAATTTGCTCAAAGTGTGTAGGATGGGCCTTTGTTCTACTACTGACAAGTTGTACAAAAGGGCAGTGTCTGTCAGTTGGCCATACCTTGCACATCACTGAAAACTCTGGCAGAACCTCAGTTTCTACACAAAAATGCCTTTAGTAAACAGAAATGAGAGGATATTTTATAATGATGGGATTTTTTATAGATTAAAGCAAAGTATAGCATTTTTGTTCAGCATGCAAATAGTGTTATATTAAGGAAAAGTGTTATACCTGCTCATCTACTTTTGGTTATAGAATTGGCACAGCACAAAAACAGTGGCATGTCTTCAGACATGTGCATAATCTTTGTGTCACAGAGTATGATTTCTTATAACTTCTGCGAGAATATGTGAAGCTCACCCGGGTCTCTGTCTTGTGTTTTGAGGAATCTCGGATGATAATATCATAGAAGTCATTCTTAGATCCCATCCTGCTTTCGTTTCTCTTGCTATGATAAAATGCCTCAACAGAGCAGTTTTAAGAGAGGGACAGTTGTTTGACTTACAATTCAGATTACAGCTCCTCATTGCAGCCAAGACAACAGGAGCTGAAGCAATCAGTCACACTCATAGTCAGGACCTGAGGGAGACTGAATGCACACATGCTTCTCTTTGCTCTCTGTTTTATTTAGGGCCCAACCCATGGAATAGTGACGTGTACACTCAGGATGGTTCTTCCCACCTTAGCCCAACTAAGCAAATCCTGACAGGCATACCCACTGCCCAGTTAAGGCTGTTTCTCATTGAGACTGTCTTGCCAGGATTCTAGATTGTGTCTAGATGATAATTAATCACAGGTCCCCATTTCTACTACATTTTTACATTATTTACCATTTTAGATGTTGTTAATATTTGTAGGTGATGAAGCAAAAAAATTTACTTTATAATTTCTGATAACATTTTAGAATAGTTTGTGTATTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCCATATGCACCAATAGCCCAGAACATACATGAGAACTCATTTAAATCACTGATACCAATGATTTTCATCTTATAAAATACTTCCTAAGAATGGAAGATCCTTAACTTCTCATGCTGGTTTTACGTTTCACTCCTAAGTATAGAGACATTGTTCTTAAGCCCTTGGAAAGGTCAGAAAGGGAGGGAGGGGATGTGGAAAGCAGTCATTTATCCTGTTTGCTGAGATGCTGAGCTTAGCTATTCCAGGCATTGCCAATTCTCTAGAGCTGTAGGTGTTTAGGATTCAATTGTAAATAGGACATTCTTTCTTGAGATTCCAGCCTGTGGAGAGAGAAATATTTAAACGGGTGAGTGAGAAAAAGATGAATGCTAATACCCCAGAGGGGCTGTGGCATTTACAAACCAAGCAGACCCGCCGCCAGGGAGCGACTTCGCAGAGCCTGCTCCTCCTTAGCCTTCCTCAGTTGGCTTTTCCTGTGACCTGTGTATTTCAGGCTCT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Seq C2 exon
CTTTCAGCGTCTGTGGGAAGCTGTTGCTGAAGCGCTGTAAGAGAGTGGCGGAGTTGATGGAGAAGCCTACTAGTGATGGAAGTCATTCAGAGGGCCTGTTGTCCTACCTCTTACAGGAGAGAGGACCTGACCTACTATGTGCCCCTGAGAAGCACCGCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014059:ENSRNOT00000018905:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.357
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]