HsaINT0117835 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000122417 | ODF2L
Description
outer dense fiber of sperm tails 2 like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29225]
Coordinates
chr1:86386915-86396262:-
Coord C1 exon
chr1:86396033-86396262
Coord A exon
chr1:86387080-86396032
Coord C2 exon
chr1:86386915-86387079
Length
8953 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGCGTAAGT
5' ss Score
9.39
3' ss Seq
AAATATTTCCTAGCTTTCAGCTT
3' ss Score
0.8
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGCAAGCAGGTCTAGGAATTCGCCTGGTTCCCACCTCGCGTCCCTTGCCTTCCTTCCTAGTCTACCCACTGTAGTGCCCCCTGCGTCCCGCTCCCTCCTAGCCGACTCAGAGCACAAGAAGGATTGCCACGGTTTCCATTGCAGCAGCCGTGGCGCCTCTGACCCTTTTTTTATATCGCGGCGACGGCGGGCTGTCGTCACGACGACGTGCGGACGCAGCGGCGGGGGC
Seq A exon
GTAAGTACGCCTTTTGGGTTGGGGGCGACTTTGTGGGGAGCCTAGCTGCTGCTGGGCGTTTACCGCGGGAGCCCTTAGCGGTCTGGAGGTGAGGGCAGTGGTGGGTCCCGGAAGTAAAAGGCCCTCGCGCCCACCCAGCCCCCTCCGCGCAAACCCTCCACCTCCCTCAGGCTGACTACCTGGCCTGGGAAAAGGGCGGCGAGACTCACTCTTAGGAAGGGTGTGGTCCCCGGGACATCAGGGCAAATGTTAGCGTGAGGTGGGCTTGTGCAGAACGAAGTCCTGACCGGGCCGTTCCTGGATATGGTTGCATTTCTTTCAGAAATAGTGACCTCTTAATCATTGGGCTGGTTTTTAATCGCCCATCATGTGATATATCAGATTGTAGGAAGCCCTGGGGGCTTCGTAAGTGAGGTATATTACAGGAATCCTCAGGAAATAATTCCTTCTCCAGGATTCCTCTAGGTTCCAGCCCCTATAGGCGACCCCTGTAGTGCGGGATTGACCTAGGGTCGTGGAGAGTGCTAAAGGCCGACTTGTGTTCAGTCCCAGCTCTGCCACTGAACCCGCTGTGTGGCCTTGTCTAGGTCACTGAACCTTCCTGGATTCCTTACTGATAACTGTAACAGTAATCATCACTTTGGGGTGGTTGTAATACGAGATTAAGTAAACGCAGGGCCATTAAGGTGGCACCGAATGTAGGTGGTTAGTGAGTGGTGGTGCTTGTTGTTTACTGAGAATAACCATACTGGGGCTGCTGTTGGGGATAAAATCTATTTCGAAGACAGTTTCCTCATCACGCAACGCATAGTACGGTTTCAAGTGTTTTTGAATGAATGAGGTTCTTGGAGTTTTAAGTGCAACTGAGTTAAGGTTAAAGAAACAAACCGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTTAGGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAACAAATACAAAAAGTTATCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCCGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCCGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGCGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAGAAACAAACTGCAGAAAACCTGTCTGCTTTTGAAATTAGTTTGATATTCTGCTTATAGTAAGAATGTCATGATCATGTTTATGATTTGCTTTTTGCTTCTCTTTTTCATCTTCTTATTTCACAATGGATGTGTATTTATAGTGTAGTTTTTCTATCCCAAAAGTTCCTTGTGACAAACTTTAGAACAATGGAATTTAGTGATCTGGTCGCGGTCTGCTCTCTCTCTTTAGAATTGTAGTCTGTGCTTTTAGCTAGCTCATTCATCACTCATTTCCTTGTCCAGAACAGTTTTCATCTTTTGAATCTAAATTGAACTTATGAGTATTAAAACCTGACTGAATAAAGGCAAGTTTGTGTGTTACTTTTTGCTTTGTAGATTTTTATATTTATGTTTTAGTATCTCATGGCTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGCCGCAGTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACGTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCACCACCACGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGCGGTTTCACCATCTCATGGCTTTTAATTCAAAACTGAGTTCCACCAATTCCTTACTTGTAATCTTGGACAAGCTATTTAACCCTTCTAAGATTTAATTTACTTATTTATAGCTTTTTAATAACAACCTTGTGAAGCTTTTGTGAGATGATGTTTATAAGGTCAGTCAGTGCTCTGCTCAGTAAATGGCAACAGCTGTCGTGTTGAAGGAAAGGAATATGCTTTATGTTTGTCTGGTACAGGATGGTGACTTTATTTGGGATTAGACAATATTCTGAACATCTTTGGCCAGGTCTTTTTCCGGGTAATTGGGCTCTATATGGACACTCAAAAGTGTCCGAGTTTAAACAGTAAATAATTTAGTCACCCTAACTTATATTTGAGAACCTAATCTATGCTCCCCACTGTGTTAGGTAATTTTTTAGGGCAGAGAGTGATGCGTATTATTTGTCCTCACAGTTAATAGCAAGTTTAAAAGAGAACTAAAATATGAGCATTTATGGAGCAGTTAAATTCTAAACTATATGATTCTGAAAATACTTTTGTTTAGAGTTCTTGATGGGCTGGAGAAATCAGGGCAACACTTTGAGAAGGAAATGGAATGTTGGCTTTGAAGTACATGCCGTGTTTACAGAACAGTCACTCTTGCTGTCAACTCTTCTTCCTATATTATCCAGTCTGCAGCCCATCTTTTAAATATACATCCTTCTTTTTTCATTGGAGAGAGGGATTACTAATTTGTTATCTAATCTAATCTCTCTGTATCAGAAAACGTTTTTTCCATTTTGGTAGCTTTTACGCATAAGATTTATTTTCCAGCTTTTTGCCTGTTTCCAAGATTCCTATCCTTTTTTTTTTTTTCATACAATTACCTCTCTAGTAAACGTTTGACTAGTGTCCAGAATAGTAGGGGGAAAAAAAGAGGATTCCTGTATCTACTTTGTGTTCCTTGCTGAATATGCCATGGTGACTTTTTTCAGTAGAAGCTGTGTTTGAAGCCAGTGGAAGTTAGTTTTCTAAGAATTTGTGTTTGGCAAAACAAAATGTGCAGGTTTCATATGCTATTCTCTTCAGAGATATTGTTTTAAAATACATATTCATCTGAAGTTAGTTAATTTACTTAGTCTGATCTAGGTGTTAAGGAAGGTCATGGACCATGATTTTCCTTTTTCTCTGACCATGGCTAGCATCATGGTCCCTGAGCAGTTATCCCCAAATGCTTGCTGTTGGCCACAGTGGAACATAGTTTAGTGAATGTAGCTGGATCAGCATAGCCTACAAGCACTCCTGGAAAAAGCTTTAAGTACATGTCCTCTTGGCAGTAGACTGGCAAAATTGTCTCTGTATAGGAAATTTAAATCTTTAAACATTTTAAAATATTTTAAAATTGCTCATCTTTAAGGATTTTTAAATGGTTTTTTAAAATTTTTTATTTCCATAGGTTTTTGGGGAACAGGTGGTATTTGGTTACATGAGTGAGTTCTTGAGTGGTGATTTGTGAGATTTTGGTGCACCCATCCCTGAGCAGTGTACACTGAATTCCAATTGGTAGTCTTTTATCACTCACCCCCTTCCCACCCTTTCACCCTGAATCTCCAAAGTCCACTGATTCATTCTTACCCCTTTGCATCCTCATAGCTTAGCTCCCACTTATAAGTAAGAACATATGATGTTTGGTTTTTTATTGCTGAGTTACTTCACTTAGAGTAATAGTCTCCAATTCCATCCATGTTGCTGTGAATGCCGTTAATTTATTCCTTTTTATGGCTGAGTAGTATTTTATCATGTATATATTATATATATATGTATATCACAGTTTTTTTACTCATTGTTTGATGGACATTGTGTTGCTATAAACATGCATGTGCAAGTATCTTTTCTATATAATGACTTCTTTTCCTCTGGGTAGGTGGCTAGTAGTGGGATTGCTGGATCAAATGGTAGCTCTACTATTAGTTCTTTAAGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGCGGTTGTACTAGTTTACATTCCCACCAACAGTGTAGAAGTGTTCTCTTTTCACTGCATCCATGCCAACATCTATTATTATTTTTTGATTATGGCTGTGCTTGCAGGAGTAAGGTGGTATCACATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATCATTAGTGATGTTGAGCATTTTTTCATGTTTGTTGGCCATTTGTATATATTCATTTGAGAATTGTCTATTCATGTCCTTAGCCCACTTTTTGATGGGATTTTTTTTCTTGCTAATTTGAGTTCATTGTCGGTTTTGGATATTAGTCTTTTGTCAGATGTATAGATTGTGAAGATTTTCTCCCACTCTGTGGGTTGTCTGTTTAGTCTGCTGACTATTCCTTTTGCCATGCAAAAGCTCTTTAGTTTAATTAAGTCCCAGCTATTTATCTTTATTTTTATTGCATTTATTTTTGGGTTCTTGGTAATGAAATCTTTGCCTAAGCCAATATCTAGAAGGGTTTTTCTGATGTTATCTTCCAGAATTTTTATAGTTTCAGGTCTTAGATTTATATAGTTTCAGGTCTTAGATTTAAGTCTTTGATCCATCTTGCGTTGATTTTTGTGTAAGGTGAGAGATGAAGATCCAATTTCATTCTCCTACATGCGGCTTGCCAATTATCCCAGCACCATTTGTTGAATAGGGTGTCTTTTCCCCACTTTATGTTTTTGCTTGCTTTGTCAAATATCAGTTAGCTGTAAGTATTTGGGTTTATATCTGGGTTCTCTATTCTGTTCCATTGGTCTATGTGCCTATTTTTATACCAGTACCATGCTGTTTTGGTGACTGTGGCCTTATAGTATAGTTTGAAGTTGGGTAATGTGATGTCTTTTCACCTAGTCTTGCTTTGGCTATGTGGGCTCTTTTTTGGTTCCAAGTGAATTTCAGAATTGTTTTTTCTAGTTCTGTGAAGAGTGATGATGGTATTTTTATGCGAATTGCATTGAAATTGTAGATTGCTTTTGGCAGTATGGCCCTTTTCACAATATTGATTTGACCCATCCATGAACATGGGTTGTGTTCCATTTGTTTGTGTTATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTTTATAGTTTTCCTTGTAGAGGTCTTTCACCTCCTTGGTTAGGTATATTCCTAAGTATTTTATTTTATTTTGTTTTGTTTTTGCAGCTATTGTAAAAGTGGTTGAGTTCTTGATTTGATTATCAGCGTGGTCAC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Seq C2 exon
CTTATGTGGAGAAGTCGCTGTGAAGCCACCTATAAATCCATTTACTGAATTTATGGAGAAGGCTGTAAATGATGGAAGTCATTCAGAAGAACTCTTTTGCCATCTTAAAACTATATCAGAGAAAGAAGATTTACCACGGTGTACCAGTGAAAGTCATCTCAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122417:ENST00000359242:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.105
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development