BtaINT0105368 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012907 | ODF2L
Description
Bos taurus outer dense fiber of sperm tails 2-like (ODF2L), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075993]
Coordinates
chr3:57817816-57826114:+
Coord C1 exon
chr3:57817816-57817899
Coord A exon
chr3:57817900-57825945
Coord C2 exon
chr3:57825946-57826114
Length
8046 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
ATAATGAAAATATTTCCTAGGTT
3' ss Score
4.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAAATTTGGGCTTGGGCGGCGGAGGGTCGGTTACCGCGGGTGGCTTTAAGGGTCCCGGGTTGGGGCCGTGGCCGTGGCCTTG
Seq A exon
GTGAGTTACGGAAGTGAAAGCCCCTCGCGTCCACCCAAAATTAACCTCAGCCCCTTTCTGCCTACACCTCCCACTCGCAGCCTGGGCTTGGGAAAGGCAGCGAGGAAGGGTGTGGTCCCTGAACAGCCTGGCAGATCGTCGTGAGGCGGGCTTGTCCAGGACGGAGACGTAATCCAGAAGGCCCTGGTAACGGCAGCGCTTCTTTAGGAAACACTGCCCGTTTACGTATTCGGCTGATTTTGAAGTGCCCCGCTATATAATAAGCCAGACTGTAGTAGGCTCCGGGGCTTGTTTAGTAAAGAATACTTCAGGCCTCGGGAAATCATTTCTTTTCCAGGGTCCTAGATTTCCAGCCTCTATTCTTTGAAGGGTGTTGTTTGGACAAGTCACTAACTTCTCTGGTTTCAGTTGCCTTATTCGTAAAATGAGGGATAAGTCACTTTCGAGTGGTTGTAATAAGATTTAAGTTAACCAATGTCAGGTTTTGAGTAGGTGGTCGGTAAGTGGTGCTTGTTTAGTGGGAAAACCATAGCCAGACTTTGGCTGGTGTTGGGGAGAAAGTATTGCAAAGACAAAGTTTCCCTATCACCTCACACACAGTTAGGTTTCAGGTGTTTTTGGATGAATGAGGGCTTCCTTGATGGTTCAGTGAATGAGGTTCTTGGAGTAGTTTTAAGTACCACCTGGTTGGTTATGGTTTAAGGAATAGACTGCAGAAAGCCTGTCTACTTTTAAAATGAGTTTAATACCCTCCTGCTTACAATAAGATTGTCACGGTCATGTTTGTTATGGTCCTTAACAGCCAGGTATCCATTTTCTTGCTTCTCTTTTTCTTATTTCAAAATTGATGTGTATTAGTAAGGTAGTTTTTGCATCGGAAACTCCCAAAGGTATGAGAAAATGGCTTTGTTTACACCGCTGCTAATCACTGCTTAGTTTGTGCAAATGATTGAGACCCTAGAAGCTGGGTATAGCAATGAGGTTAACAGAACATCTATTCCCTTGGGCACAGTTCTGTTGAAAGTCAATGATTGTTCCCCTGGGCCCTGGCTTAGTAGAACTCAGTCAGTTTTTTACAACACTGAAGATGATTTGTAATAATTCTGCAAGAATGATTTTTGAAAGAATTATTTTGAAGTTGAGTTGATTCTGTACGGATAACTCTGAGAAGGAAAAAATAATACATTTATTTTTTAAAGGTTTTTTTGATATGGACAGTTTTTGAAGTTTTATTGAACTTGTTACAATGTAGCTTTTGTTTTATGTTTTGTTTTTTTTTCGCCATGAGACATGTGGGGTGTTTGCTCCCTGAGGAGGAATTGAACCCATACTGCCTGCTTGGAAGGTGAAGTCTGAATCACCGGACAGCCAGGGAAGTCCTAATACACGCTTTTAAACGATTTTCTTCAAACTGGTCTAAGTTAATTTTTGTATTTAACGGAATAAGCAGTCATTTTCTGCAACTTAAATATTGAGCATCCATTCAGATGGTCATGAGTAAATGAGGGGTTACATTTGATCATTTCCATACTGATCTTTTGCTTTTCCTGTATTCTAATTCCTTCATTGTTTTCTGTGGGGTTTTGTTTGTTTGTTTTAATCACCAGCAGGAGCAACTTTTGATTTTTTCAAACATTTTTGTTGCAATTTCATCTCTCTTGAGAGTATTTCTACTCTCCTCCATATGCCTAGTCTGTTTTCCAAAACACCACTGGGTTTATCTTTAAAAGATGCACTTCTGATCTGGCATTCTCCTGCTTAAAATTATTTAATGGTCTGTCTGAACCTTTTGGAAAAGAAACTCAAGCTCTTGAACTTTGCATAGAATTACTGCTTTCATGTGTCCAGTCAGTCTCATCATTTGCCAAGTGCCCTTTCAAATCATGTTCTGTCATGATTCCTTGTTCTTGCTGGTACTTTACTCTCTATCTGGAATGCCTTTTTCTTTTCCCTCTTGCCAGCCTCAGATGTGTTCTGCTGGACTCTACTGCGGATTCACCTCTGGGAAGTCTCCCAGGATCCTGCTCGTTGCTTTCAGGGTACCCAGTGAGTCCCTTATAACCTTTAGCACACTGGATTTTAGTTGTCTGCTCTCGGTCTTCTCTGGGGCTTCCTAGGTGATGCTAGTGGTAAAGAACCTGACTGTCAATGCAGGAGACATGACACATGGGTTCAAGCCCTGGGCCAGGAAGATCCCCTGGAGAAGAGCCTGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGGACCTGGCAGGCTGCAGTCCATAGGTTCGCAGAGTCGGAAACAACTGAAGTGACTTAGCACGCTCACAGTCTTCTCTCGATTTAGACTTGCCTGTGCCTTCAAGGAGCTCAGTCTTACTCATCCTTTATTTCCTTGTACAGAACAGTTTTCATTTTTAAAATATAAACTGAATTTATAAGAGTATTGTTAAAATACTTATAAAAGAGAAGTTTGTATGTTACTTTCAGCTGTGTAAATTCTTACATTTTATTATCTGCTGGCTTTTGCTTCAAAACTGAGTTCCACCACTTCCTTACTTATAAACTTGAGCAAGCTGTTTAACCTTTCTAAAACTTGGTTTCTTCATGTGTAGCTTTGGGATGTTAATAGAAACTGTGTAGGATTTTTGTGAGGTGATGTTATAAGGTTATAAGTTAATGCTCTGTTGATAAATGGCAGCATGTCCTCATGCTGTTCATGTGTTGAAGGGAAAGAAAATGTTTTATTTTATCTGATAAAAGGATACTGATTAGTTAGGGTGAAATGGTACTCTGAAGACTTTGGTCCAGTCTTCTGGGTAATTAAGTTCTCTATGAGGCCCGCTTGATCCCTTAAGTGTTTCAGGTTGAATAATAAATTATTTGCTCACCATCACTTATATATTGGATTCTAACCTATACCTCTCACTGTATTATGTAATTTTTGAGGGTAAAGAGTGATGAGTATATTGCCCTAACAGATTTAGTAGCCATTTAAAAATTTTATCCTTCATAGAGCAATTAAATTCTAAACAGTATAATTCTGAAAATATTATTAGATGTTTAGGATTCTTGGTGGACTGAATCAGTCAGAGGAATATTTTGAGAAGGAGGGAGGACTTGGGCCTTGAAAATATGTATGTATTCTTTATTTACAAATCAGACACTCATCCTGTCAACTTTTTTCTTGATATTATCCAATCTGCAACCCTTTTATTTTCAAATTCCTTTATTCATTGGACAGAAGCATTAGCTAATTTTCAAAGTTAATCTCTCTATATTTAAAAAATGTTTGTTTTTTTTTTTCAATTTTGATAGCTTTCACTCATAAGATCTGTTTTCCATCTCTGGCTATTTTTACCCTGCCTAATCCCAAATATCTTTTTTTTTTTGCTATGGAGTCCAAAAAGCTATACAATTACATCTCTAGTAAACTTTTGACTAGTGTTTAGTGAGGGAAATGAGTAGCATTTCTGTATCTACTTGGTGTTCTTTGCTGAATATTTCGTAGTGAATATTTCAGTATAAACTGCATGCTTTTGTTTGACCCTAATGGGAACTAGTTTTCCAAGGGTTAGTATTTGGCAAAACAAAATGAAATATGCAAGATTCATATACTTTTCTCTTCAAAGAGATAGTTTTGAATGCATATTTGAAGCTGATTAGTTTGTATAGAACAATATAGGTGCTATGGAACATCATGGACTGTGATCTTTCCTTTCTGTGATCATGGCAGCATCATGGTCCCTGAACAGCCATTGCTCAAATGCTTGTTGTTGGCCAAAATGGAACATAGTTTAGTGAATGTAGCTGGGTTGCCAGAAACCCATGACCACTCCTGGAAAAGGCTTTAAATATATGCCTTTTGGATAGAAGACTGAAAGTCATTTCTATATAAGAAATTTAATTCTTTAAAAATGTTTTAAAATTGGTGTTCTTTAGGGATTTGATCATTAAAAGTGTGGGTGCAGAATATGTGTCTTTGTTTCACCATGAGCAAATTGGACAAAAGTTTAATACATTTGTAAATTGGCATTTATTCTACACAATTGATAACATTTCCTTCTGAAATATCTGCTTTTTTTCCATGCAAGAATACGTTTGATGCACCAAGAAGATAGCTTTTTTTTAATAAAGGCAAGACTTTTTATGTTAAAGAAAATTATTACATTTTTCAGCATACAAATGTTTCTGCTCATAGTATTATAACAACACAAAAATAGTGGAGTACCTTGGAACCTCTCAACCATATTTTGAGAAGTTTCTGTATTCCTATATAAGTGAATAATCCTATATTCATTTCCCACAAAGCTAAGCAAGAACTCATTTAAAGTACTAATACCAAGCTGAATATTTTTTTTAATATTTCTTTTTCTTTACTTATGTGGCTGCCTTGGGTCTTAGTTGCCACATGTAGGGTCTTCGTTGCTGCATGCAGGATCTTTAATTGAGGCATTTGGGATCTGGTTCCCTGACCAGAGATTGAACCCAAGCCCCCTGCATTGAGAGTGTGGAATCTTAGCCACTGGACACAAGGGAGTTCTCAAACTGAATCTTACCTCATAAAATGTTTTCAATAAATTGAGGATCCTTATCCTCTTATACTGATTTGTAAACTTTTGTTTTAAATATATGAACTATTGTTCTTTTAGTGATCCCCTAAAAGATGAATCCGGAGAAGGCAATGGCAGCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCACGGACAGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCATGGGGTCACTAGAGTTGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGATGGGAAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTTGGACACGACTAAAGTGACATAGCAGCAGCAGCAGCAAAAGATGAATCAAGGGGTGAATAGTTATAAAAAGCGTCAGTCTTGATTCATCATAT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Seq C2 exon
GTTTCAGCTTATGTGGAGAACTTGCTGTGGAAGCCACCGATAAATCCATTTAATTTATGGAGGAGACTGCAAATGATGGAAGTCATTCAGAAGAACTCTTTTCCCATTTTGAAAGTAGATCAGAGAAAGAAGGTTTACCACAGGATGCCAGTGAAAGTCATCTCAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012907:ENSBTAT00000017157:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.947
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]