HsaINT0117841 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000122417 | ODF2L
Description
outer dense fiber of sperm tails 2 like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29225]
Coordinates
chr1:86346824-86352984:-
Coord C1 exon
chr1:86352859-86352984
Coord A exon
chr1:86352209-86352858
Coord C2 exon
chr1:86346824-86352208
Length
650 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTAAGT
5' ss Score
8.46
3' ss Seq
TGATACTGTGTTTTTTCCAGGAT
3' ss Score
10.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGCTGAAGAAATAGAGAAAATGTCATCTAGAGAGAGTGCTTTACAAATTAAAATATTAGATCTGGAAACTGAGCTTAGAAAGAAAAATGAAGAACAAAATCAACTTGTTTGCAAAATGAACAGT
Seq A exon
GTAAGTATTAGCATGGCTTAACATATTATAAAAGATAACATTTAACATTCTTACCATGTAGAAAATACAAAGTGAGTGAATCAAGTCTATTGTTTTACTGATAATATTAAAAATAACAAGCAATATAAGACATAACAAATAAAAATGTTATGATATGCCAAATAATTTATTATTCTGCCTCTTTGGATGGCATGTATTGCATTGCCATCAAATCTCATCAGGCACTTTCCCTACATATTACTTTTGCAATGACATCTGCTTAATGAAAATTACAGATATAATCTACTTGATTTCATCCTGATATGAATTTTTCATTTTTTAAAGATAAACACAGTGTAAACTATTATTACAAGTGAGTTTTATATCTGTCTTGAATAATGAATATTTTGTTTTAGAAAGTTATAATTTTGTAGTAAACATTCAGTATTGTTAGATATACATGTGAGATGGATGCTTTAGTCCACTCAGCCATGAAATGAAAATACCAAAGTGACTGTGCTTAATTAGTCTTCTGTTTTTTTTCCTGAATACTCATGAAACAGTCAATTGGCATAGAATATTCTGAAAGCTAGCATTACTCATGATTAAATTACGTAATAACTGTCTACTAGATAATGACATAGAGAATAATGATACTGTGTTTTTTCCAG
Seq C2 exon
GATCCAGAGACTCCATGAAATCTATTTTTTTAATTCCCAAGTGTCTAAAAAGTTGAAAACCTAAAAGATTCAAGAGTTAAATGATTTTTGGCATGCACAATTTGATTTTATTGCCATCAAAAGTTTCATGACAACTTAGTCAGAACAAAACGTCGATCACCTTTAATTTAGCACAGGCCTTCCATTTATTTCTAAACTTTTTTTTAACTCACCATTTGACTTTCTGATATTGTAAAATGTGTGTGCTGTTTTTTTGTGTAATTGAAGCCTCTGAAAAAATAAATGAGGTGGGTTTTGCTGTAATGTCCCTAGTACTTGGCTAAAGCTAGTAAAATAAATAGATCCCATTCACAATTGCCACAAAGAGAATAAAATACCTAGGAATCCAAATTACAAGGAATGTGAAGGACCTCTTCAAGGAGAACTACAAACCACTGCTTAAGGAAATAAGAGAGGACACAAACAAATGGAAAACATTCCATGCTTATGAATAAGATGAAACAAGATCATGAAAATGGCTATACTCCCCAAAGTAATTTATAGATTCAGTGCTATCCCCATCAAGCTACCATTGACTTTCTTCACAGAATTAGAAAAAACTACTTCAAATTTCATATGGAACCAAAAAAGAGCTCACATAACCAAGACAATCCTAAGCAAAAAGAACAAAGCTGTAGGCATCACGCTACCTGACTTCAAACTATACTACAAGGCTACAGTAACCAAAATAGCATGGTACTGGTGCCAAAACAGATATATAGACCAATGGAACAGAACAGAGGCCTCAGAAATAACTCCACACATCTACAACCATCTGCTGTTTGACATACCTGAGAAAAACAAGAAATGGGGAAAGGATTCCCTATTTAATAAATGGTGTTGGGAAAACTGGCTAGCCATATGCAGAAAACTGAAACTGGATCCCTTCCTTACACCTTATACAAAAATTAACTCAAGATGGATTAAAGACTTAAGTGTAAGACCTAAAACCATAAAAACCCTAGAGGAAAACCTAGGCAATACCATTCAGGACATAGGCATGGACGAATACTTCATGACTAAAACACCAAAAGTAATGGCAATAAAAGCCAAGATTGACAAATGGGATCTAATTAAACTAAAGAGCTTCTGCACAGCAAAAGAAACTATCATCAGAGTGAACAGGAACCGACAGAATGGGAGAAAATTTTTGCAATCTATCCATCTGACAAAGGGCCAATATCCAGAATCTACAAAGAACTTAAACAAATTTACAAGAAAAAAAACCCCATCAAAAAGTGTGCAAAGAATATGAACAGACACTTCTCAAGAGAAGACATTTAGTCAGCCAAAAAACATATGAAAAAAAGCTCATCACTGGTCATTCAGAGAAATGCAAATCAAAACTACAGTGAGATACCATGTCACACCAATTAGAATGGTGATCATTAAAAAGACAGGAAACAACAGATGCTGGAGAGGATGTGGAGAAATAGGATGCTTTTACACTGTTGGTGGGAGTGTAAATTAGTTCAACCACTGCGGAAGACAGTGTGGCGATTCCTCAAGGATCTAGAACCAGAAATACCATTTGACCCAGCAATCCCATTACTGGGTATATACCCAAAGGACTATAAATCATGCTGCTATAGAGACACATGCACACGTATATTTATTGTGGCACTATTCACAATAGCAAAGACTTGGAGCCAACCCAAATGCCCATCAATGATAGACTGAATAAAGAAAATGTGGCACATACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAAGGATGAGTTCATGTCCTTTGCAGGGACATGGATGAAGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTAACACAAGAACAGAAAACCAAACACCGCATGTTCTCACTCATAAGTGGGAGTTGAACAATGAGAATACATGGATACAGGGCAGGGAACATCACACACCAGGGCCTGTCAGGGCGTGGGGGGCTAGGGGAGGGATAACATTAGAAATTCCTAATGTAGATGACGGGTTGATGAGTGCAGCAAACCACCATGGCACGTGTATACCTATGTAACCAACCTGTACGTTCTGTACATGTATCCCAGAACTTAAAGTATAATAAAAATTAAAAAAAATAAAGATCTGATGTTTTGTTAAACCTGATAAGTTTTGTACTAGTAAAATTCTAGAATTCTAAGCATAGATTTAAACATTGCTGAAAAATGAGTTTGTGTGTTTTATGCCTTCCAGGGGACAGTTAAGTGGGCAGTATTTATTTAATATACCTGCTTCAGCCCCATTTGAATTGTAAGCACTCTGAAAGCATGTCTCATAGTCGTCTGTATCCCTGGTGTCTCCCACAGTGCCCTGCTTACCTGCAGGCCTTTTTGTATTTTCTGTCCAAGTACCCTAATAGGGTGGTGCAGAATGGATGTACAGATCTGTGGATGACCTCAGCAGCTTAATCCAAGGCACCCCTCGGGAAGCCTGAAATGTCTTTGAAGTCTTATGTATTATCCTAAAATCCATTGACATTTTATATTCTACCCTACAAAATAAGTATGTGTTACTATTTTTCTTTCCAAATTGTTGAGTAAAACTCATTGTATTCATCCTGTGACTTTGTACTGCCCAGCCTAGCTCATTGTTTTTTACCTGCCTCATTTCCTGAGCTGGGCATTGCTCAGTTTCAGAAGGTATCAGGTGTCATTGAACACCTGATATGAAGGATGTAAAAGTTCTCTCTTTTCTATCTAGGTGTCTATATTTTAATTGGAGGCTAGATGATATTTGCAACCTGTCTTTATCTAAAGCATTGTCAGTGAACTCACCTACTTAGGAATTCATATGCACCTTAGTTAAAAAAAATGTATTGTGGTTTTAAATTTTTTCCTCAACCAGTGTAATATGAAGAATTCTTTTTATTTTTTAAGAGATTCTAAGAAAATGTTCACATTATCAAAACTAGAATTCTATCAACTTTTAAGACATTTAATTATTTTGGAATAAAATGTGAATTTTTAGACAGAAAATGGCAAAAACTAGTATGAAAATATATCATGTTACATGTGAAATTATGACAGTTGTTAACCTATTAAGTTAATCATGTTAAATATGTAATAATTTGGGGCTAAATGAATGTATATTATAAATTATATCAGTGAAGATCAACCATGTGTGTGCTTTAATTATTAATTTTAAAGAGTGAGCTCTAAGAATGAACACATCAGATGTGAGTATTATTTTAAAAAATCAAAAAGAATTATCTAGTTATTGTATATATGTTTTTAATATTATGACTCTGGTCCTTTGGAATGAATGCTATTATTGCTTATCTGTATTTTTTTCCTTTTTTCTTTAGAAAGCACAACATCAGGAAGTGTGTTTGAAAGAAGTACAAAATAGTCTTGAGAAGTCGGAAAATCAAAATGAGAGTATTAAGAATTATTTACAGTTTCTTAAAACTTCTTATGTAACAATGTTTGAATAAATTGTCAAATTTATTTTCTCTAAGTAGTAGATTTTTATTATGAGTCTAAAATGTGATTGGGTAAAAAAATAAATATACTACCAGTTACATTTTATGATTTATGAGTGGTAGTATTAGAGGTTTTTATGTAAAGATTTTTGAAACATAATTTATCTAACTGAAACTTTAAAATAGGATAGTTGTTACTATTCCTGTTTGCTGGATAATTCTTATTTATCTTTGGTTTAATTTCTTTTAAAATTAAATTGGTTGTTAGAATATTTTTCTCACACATAGACATGGAAGTCAGATTCATTCTTTGTGATGTTTGTAGCCACCATTCAAGTGAATTTGTAGTAAGTCTTGGTCAATATGATTTTAAATAATATATATAATTGTTTTATATTATGATATATAAATGTAAAATATTCTGAATTTTAATTTTTAATAATGGTGTAATTACATACTTTCTAAAGCTACTAAATGTCTCAATATACTACACTTAATATTGTTTCAAGTATATGCTGAGTTGCCATTATAATTTCTGTTAGGTTTTAAGTATACAATTTTAAATCATCGCTATTAAGTACCAACTGCTAATGACAGATGAAAACGTGGTCATGCATTATTTCTTTATAAAGAATAGATATTCAGGCTGTCTTCAATTTGTACTCTCTTTTATTCGTTTTATACTAATGATTATCTGATATTATTATTATTTTAGACATTCTAGAGCCCCTTAGTTAAATAAAAGATTAAAGGGGAACAGCTTATCCCACCCTTTCCATGGCCAACTCATGGGGATGATCAAAATAAGCACTCTTAACATCAAGAAGCTTTAAAATAAGGTCTTTAGTATTGGGATAAAGTTGTCCAAGTTGAAAAAGAACTTGTTTGCTATAATCTCCCACTGTGTGTGCCAAGGCAGGATACTCTAAAAGGGGATGACGTGGTTTACAAAGGATCAAGTAATAGTGACTCCTCTTGGACAATGACTTGAGAGCTGTTAATTCAGAGGAACACTCAGGTCTTAAAAGATCACTAAAAAAGGCAGGTTGTGAACTACACAGTTCCAGCCTATGAACAGAAATATCTCTTTAAGATGTTTTATGCTTTTTTTCTGATCAGAGATGGGGGCCTGGTCCCCTCTGATCCCCTCACTTTTAAGACTGTCATATCATTCACAGATGCTTACTTTCTAGTGATCCAGTTGGTTCGTAGTATTTTTCTTAAAATAGCAAAATACAGAGTGTCAGAACTGGCCACATTTTTTACCCAACAATTGCTAACAAGATTAGTGTCATTTTAAAAAAAATCTTAGTACTCATCATACTAAAAACATGCTTGACCCTTGCAGCCCTTTCTTTACCTCCTAATGCAAAGGGAGCCTTAAATGCCCACATGAAAGGAAAGCAAAGCTCTTGAGTTTTACTCACTAAACTGTAAGCTCCTTAAGGGCCGAAATGTATCTTAGTCATATAAATATCTGGGCACTCAGTTGATGTTTGTGGATAGATGGACAGATGTTGAAAGAGGCAGGTATTCGTACTCCTGTTTTAGATATGAAAAATGTAAGCAAAAAGGATTAATTACCATGGCTGTGGTATGAAACTTGTTTAAAGTTGGCATTTAAATTCAAGTCTGCAACATTAAAGTTCTGTGTACAGAGCCGTTTTCCCACTGTAGCAGCAGCGCAGCAGCAGCGCTGCTATGATTGATTAAGCACTTGCTATGTGCCAGAGTTAATAATTGTGATAATATATTAACTCATTTAATTTTCAGGAAACTAAGACATGGAAAGGTTAGGTAACTTGCCCAAGGTCGCACAGCTAGTAAGTGGCAGACATCCAGAGTCTCTGCTCTGCTCTTAACTCTCACCATACTACCTCTGTATCCATTTCATAAATAAAGATAGTAGTTTCTTATAACAGTAATGCATTTGTCTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122417:ENST00000359242:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.347 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF059116=DUF869=FE(20.7=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGAAGAACAAAATCAACTTGTTTGCA
R:
AGGGACATTACAGCAAAACCCA
Band lengths:
347-997
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development