HsaINT0118473 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115947 | ORC4
Description
origin recognition complex subunit 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8490]
Coordinates
chr2:147930399-147938213:-
Coord C1 exon
chr2:147938146-147938213
Coord A exon
chr2:147935699-147938145
Coord C2 exon
chr2:147930399-147935698
Length
2447 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CTATTTCTTTCATCTTTCAGGCT
3' ss Score
10.78
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTTCAGAAGTTTGTTCAAAGGAAAGCACATTCCGTTTATAATTTTGAAAAACCTGTTGTCATGAAG
Seq A exon
GTAAGATTTAGTTTGCTGTCATTTTTCTACAGACAAGTATATTTTTTACATCCAATTTGATTATGTATTAAAATTGCACTTTCATTTTTAAACATTAAGTATTATAGAGATTTTTTTCAAAACAAGAAAATTATCTAAAAATGAAATATTTTGGAAAAATCTGAGGAAGTGACCGGTTGTTTTAGTTTGTGGAGGTATACTGCCCTCTGCTGTCTCTTCAGAGCACTTGCATCCCGAAAACAACTATTCAGTATAGTGTGTGATATAACCTTTCCCTTTCCAACCCAAGGATTGGCTTTTATAATCTCAGCAGTAAAAGGAGAAAACAATGAAAATTAGAGCCATTAAGAAACTTAAAAGACAAAATCTTATTGGCCTGTGAGGGCATACAGAGAAAGTGTTATTTGGGGGCTGAGTCATGAGTTTTACAACTTCAGGACTTCATGTAGATTACCATTGTCCACTACAAAGATAATGTGAGCCATGTAATGTAGTTTTAAATTTTCTAGTACCTGTAAGAAAAATAAAAAGGTTTAATTTTAATTATATATTTAATGCAACATATCAAAAATGTGTCATTCTATAATCATTATAGAAGAACAGTAAGGTATTTTACATTCTTTTGAATTAAGTCTTTAACATTTGGTGTACATTATATTTAAGCACATCTCAATGGCCTAAATGTTTACTGGAAATTCTTGCTGTTTAGATTCCATAAAATGTATAGCTGAGAAAGTAAATTTACATTTTGAAATTGTTCTAAACATGCTCAGAATTTTCTAATAGAACTAAATATCCATTTTTAAGTTTAAAAAAAAATTGAGTCACACATTGAAGTGCTCAGTAGCCTAGCGTGGACAGTGCAGCTCTTGAAGATTTTAAGGAAAGAAACTTTTAAAACAGTGGATTCCCCAAGTCCATTGGCATCCCTTATAGGCCCTAGTAACCAGAATTTCATTTCTTGTAGCAACAAAAATGAGTACAGAGCATTGCCATTTCTTCAAAGAAACAGGAAAAGTATTTTACAATACTGGAGGGTTTTTTTCCCCTAATAGTCTTATTTTGTGAGAGCTGTGAAAATGGAAAGGTTACCCAAGTATTTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCCTGTCGCCTACGCTGGAGTACAGTGGCGGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAAGTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTACAGGCGTGCACCACTATGCCCATCTAATTTTTGTATTCTTAGTAGAGACAGTGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCATGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCTGCATTTAAATTCTCAATAATTTGTAGCTGCTCATTTCTGAATTTTCAATTATGAAGTATTTTGCTATTTAGAAATGTTTTAAATCTGCACAGTTCTATTCAGCTCTTAACACCTGCAGCCTCCAGTATTTTCTCATGTTCAGATATGAAGGTATCTGAGCTGTTTCTCTATCAGAAGAATTTATGTGATACATAGAGAATATGTTCCAGTGATGTTTTTTACAGTGAGTTGTAAGAATATAATAGAATCCTCAGGAATCTATTTCAGTGTATCATTATTTAATGGTTAGTATATCATGATTTAATGGTTTTTTTTTTCATAACCTAATAACGTACCTAACACAACACTCAAGGTTAGAAAAGATATAATAGGTGAATATTAAGGATAAGAGGAAGTAGACAAGAAAGAGCCCTATTAAGATGGGGAAGATGGAAGAAGGTTGTGACAGTCTCAGTCAGACTTCTTAGAGGAAACAGGAGCCTGTCCCTTCTCCTCCATGTCCATACTAGCCTGCTGAATCCTTTACTTACAGGATCAGCTGAATATGTCTAGTTGACTCAAGGGTCTTTTTCTGCCTCCCTCTGTTACAGCTGTGTTACCTTTTTACATAGCAAAGCAAAAATAGAGACAGACAAAATATAAATGCAAATCTGAGTAGCCTAGGGAATTGATCAGAAAGTCTTATCTGATTCTTAGGTTTTTACAGAGAACTGGAAACTATTTATTAAAGTACTAGGAGGAGCTATGATAGAGAATGAGGCTAGGAAGAAAACCATATTGTATATATTGAATTAAAGTTTGCCGTGTTTACATTCAACAATATATGGACAAGTAAGTGTGCACTGACACTGTTTTACCTGATAATATGAGTTTTCATGGGGTTGTGAGAGTTTTTTTAATCCTATTGATTGTTGTTACATTTTGCTTCCCAGTACTCTGTTCTGCAGCTGACCAAAATGCTAACTGTTCTCTGGGAGAGAACAGGAGAGTTGTCACTCTCCTCTCCTATTCAACCTAAACTATTTCTTTCATCTTTCAG
Seq C2 exon
GCTTTTGAACACTTGCAGCAATTAGAATTAATAAAGCCCATGGAAAGAACTTCAGGAAATTCACAGAGAGAGTACCAGCTGATGAAACTGCTTTTGGATAATACTCAAATTATGAATGCTCTGCAGAAATATCCCAACTGTCCTACAGATGTGAGGCAGTGGGCAACATCCTCACTAAGCTGGTTATGAATATAACCAGTGACTTCAACTTTGGCATTTCATTCATACTTCTGTAGAGAACGGAAAACTATTGTCCATTAACATGATATGCTAAACATTCTATAAACATTCTTGTATTTATGTGAGACTTGCCCATCTACTGTCTTGGCTGTGTCTTGCCTTTTAATCATGAACAGTTACATGATTTATAATTTCACTGATTGAGATTACTTTGTAAGTAGCTGTTCAGAAGAATAAAATATGACTGTTTTAGGGACTAGACCATGTGCTTTTTTAACACTTATATATATAATGGTCTATTTGAAGAGCTCACTTCAACCTAACAGCTAGATGTCTTTACAAACCTTAAACCAAAGGAGTAAAAAAAACAATGGTAAGCACTGAAGTATAATAAGTAACCTTTGGTACAGCAGGTTTGCTGCAGTGTTTTTTTCTGTCCACATGCAAATTTTGGATTCTATCCCAGACCCAGGTTTTCTAGTTCAGAAGACTAACCAGCTTAGTCAGAAGATGGTTCCATGGAAGAAAAAGGCCAAGGAGTTTGAAGATTTTTCTTCTAGACATCTCAAAATGTGGTACTCATACCATCCACATCAGAATCCCTTGTAGGATTTTCTAAAATTACAGATTGTTGAGCCTACCATAGGTCAAAAGGACTGGAATTTTCCTTCTTAACAAGTATAGTCATGGCACCACGTAACATTTTGGTCAATGACATTGTATAAAGGGTGGTCTCATAAGATTATACCATATTTTTACTGTACCTTTTCTATGTCTAAATATACAAATGTTTTACCATTGTGTTACAGTTGCCTACAGTATGATTACAGTAACATTCTGTACAGTGCTATAGCTGAAGAGTAATAGGCTAGGCTATCTGTATAGCCTAAGTGTGTAACAGGCTATATACATATCATCAGGGTCTGTGTAAGTATACTCTGTGATGTTCATACAGTGATGAAATCACCCAAAGACACATTTCTCAGAACGTAGCCCCATCATGAAGTGACGTGACTACCAGAGATTTCTGGAAAAGCACTCCCAAAAGTAATGAGATGTGTATGGCAATGTTAACTGAACCTGTTTGTATTAAAAAGTAAATCCCTATGAGGAATGTGGAAATGTCCGTCAAAGCATTGTCTTTTAAGTAAGTTCCAAGATCCATGAATTAACAGAGGCATATATTTAAAATGAAATTTAATGAGCACTTAGTGACTTCATTTGTTCAAGAATATTTGATTTCCTATTGTGTGCATGGGAGGTTTACAAAAGACAGACTGTCCCTATGCTTGTGCAGCTTACAATCTATTTAACTATTAGAGGCCCTGTGAGATGTAGGCAGTTATTTACAGATGAGAAAACTAACACAGCAGTGGCAATGCTGGGAATGGCCAACAGGCTTGGAATTCAACTCAGTTTAGCACCAAAGCCAGTGCTATTAAGACCTGAAGTTCAACAGTGGATTCCTTACCAAATAGTTTTTAAAGTATGCTCTAAGGAACAATGTTTTAATGAAATCTTGGATACAAAGTGGAATAAAAGGTTTCTGAGCATAAAGTAGCTCTTCAGTAGTTACAACCTATTCTTTTGCATACATAGCCTTTCCTTCCCTGCAAAAAGTTAAGCCTGCTAAGTATTCAGATCCCTGTCATTTACTTCTCAGCAGTCTCATTCAAGCTAAGGCTTGCATACTCAATCTGTGCCGTAGTCTACACATTTTTAGGGGATATTTCACCAAAATACTTGACATGGTAACATCACTATTATATACTAGAAGCAAGAATTTTACACTTATGCTCTAAGTGATCCTTTTAAAAATTTTCTGAACTATTTGAGGAAAGTATTATTTGTCTTAAAGGGTAACAGCCTCATGAAATGACTTGAGGATTCCAATTTCTTATTAGCTTAAGATGTCACTTAAAAGCTGACAGCCCTCATCTGTCTCATTGGCTACATAAGAGCTGCAGAAGATCCATCAATAACCAAGTATAAAGAAAGATTTTAAGACTAAGTACCAATTGAGGTAAACATGAAACCGTTATAAAGCAAATTAAAAAAAAATACATTAGGAAAAGTTACACAAATGAAGTGTACGCCTATTATATTCCCAAGGCATTTTTGTGGGGAGGAACAGTGCTGCTTGTTGGCCTTTCCATATTCCCTCATACAAAAATGCTAAAATCTATTCGCAAGAGTTTTGAGCTAACTTCGTCTCTTAAATTGCTTTAATTGTCATCAATAAAAACAAATATGAAAAACCCTAGTTTAAAAAGCGGTTCAAGAATAATGTAAACTTATACATATAGCTTATTTTCTTCATTTACTAGAGGAGGAAAAATAGAACCAAAAAATGCATGAACTCCTGCTTTTCAATCTGATTACCTCAAACTGAAAAGCAGGTGAAAGGAGGAATATTTCAGTGTGTTTTTACATCTGAATCCAAGGGATCCAAGTGGCCCAGCAGAAACGGAATTCTTGTTAAAATGACTGATTCTCGTGCATGTGAAAGGCTCTGGGGAATGAATACCTGTTTGGTCCAAACTTACTGTATCATAATGCTGTATATGTTGAAAACGTAATACCTGTTAATGTCCTAATGAATCACGTTTTGCAGAAAACACCGTAAGAAACACTTCAGTCTTTCTGTAGTTTCCATGCATATTTCACCATGGTTCGCACTCTGATCCTCATCTGGTTTAGAAAGCAATTCAGTTTCTTTCAAACCACCATAACCTAAGTGCTGCCCCATCCTTCACCTTTACCCTAGAAAATCTGAGAATCCATTGGTGTGTACTGTGTGACACAATGCCAACAAGCCTCTGGTTTCTAATACTGGCAGGACCAACACACATACTTTAGTGGGAATATAATCTGTTTAGACGATAATAGAGGGAAATGCCATAATTAACAAATCTCCCTTCACTCACCACTATCCTCATTCTTGCAGTTGTCAAGGTGTAAGCCTCACTGTAAGTTACAAAGCTACCACTCCCCTCTTTAAGAACACATAGCTTAGGATTGCCTTGGCGATGTGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTAAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTGTAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACAATATTGATTCTTCCTACCCAAGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTAGCTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTGTTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTTTCTAGATATACAATCATGTCGTCTGCAAACGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAACACTATGTTGAATACGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGCCCATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTATTATTTTGAAATACACCCCATCAATCCCTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGGTTGTTGAATTTTGTCAAAGGCTTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATGTGTTTTTTGTCTTTGGCTCTGTTTATATGCTGGATTACATTCATTGATTTGCGTATATTGAACCAGCCTTGCATCCCAGGGATGAAGCCCACTTGATCATGGTGGATAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTCGTTTTGCCAGTATTTTATCCAGTTAGAATGGCAATCATTAAAAAGTCAGGAAACAACAGGTGCTGGAGAGGATGTGGAGAAATAGGAACACTTTCACACTGTTGGTGGGACTGTAAACTAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGTGTGGCGATTCCTCAGGGATCTAGAACTGGAAACACCATTTGACCCAGCCATCCCATTACTGGGTATATACCCAAAGGACTATAAATCATGCTGCTATAAAGACACATGCACACGTATGTTTATTGTGGCATTATTCACAATAGCAAAGACTTGGAACCAACCCAAATGTCCAACAATGATAGACTGGATTAAGAAAACGTGGCACATATACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAATGATGAGTTCATGTCCTTTGTAGGGACATGGATGAAATTGGAAATCATCATTCTCAGTAAACTATCACAAGAACAAAAAACCAAACACCGCATATTCTCACTCATAGGTGGGAATTGAACAATGAGATCACATGGACACAGGAAGGGGAATATCACACTCTGGGGACTGTTGTGGGGTGGGGGGATGGGGGAGGGATAGCATTAGGAGATATACCTAATGCTAGATGACGAGTTAGTGGGTGCAGCGCACCAGCATGGCACATGTATACCTATGTAACTAACCTGCACAATGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAAAAAAAAAAAAAACATAGCTAAAGAAAAACTGCATATGCAAATCATACCGTATTCATTTTTTTATTTAACTTGGGGATGGAATGGGGATAGCATACATTTTATTTGTACAATATTTAACAATCACTTATCCAAGGTGGGGTTTTATGGGGATTTTAAGCTTTCTGTTAAAT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115947:ENST00000392857:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146291=ORC4_C=FE(11.5=100)
A:
NA
C2:
PF146291=ORC4_C=PD(22.4=68.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains