MmuINT0113505 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026761 | Orc4
Description
origin recognition complex, subunit 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1347043]
Coordinates
chr2:48758372-48764853:-
Coord C1 exon
chr2:48764786-48764853
Coord A exon
chr2:48761120-48764785
Coord C2 exon
chr2:48758372-48761119
Length
3666 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
CTTTGTCTTTTCTCTTGCAGGCA
3' ss Score
13.42
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTTCAGAAATTCATTCAAAGAAAGGCCCATTCTGTTTATAACTTTGAGAAACCTGTGGTCATGAAG
Seq A exon
GTATGGTTTGATTTGGTTGTATTTTTCATCAGATCCAGCGATTTTTTTTTTTTTTTTTTAACTTGCTTCAAAACTCTTTGAACCCTTGAGTATTTTATTATAGGAATTTTTTCAGCAAAATGTTATAAAATGAACTGCTTCAATAATTCTGTAGCTAGCCCGTTTTACAGTTTGTGAAGATATATTGCCCTCTGCTGTCTGTTCTTAGCACTTGCCCACTGAAAAGGAACTAACCCTCTGCAGTCCACAAGTTGGCAGTTACAAGATGTCAAGTTTATTATTTAGGGTAAGATGTCAGTTTACAACTTTAAAATGACATCCTAAAATATACTCCTTCACTACAAAGAAAATGTAAATCTCATATAATTTTACATTTTCTATAGGCATAGGAAATAAAGGTCAAAAAATTGTAACAGTATAACCCAATTGATGAAAAATATTTTCAAATTTATGATAAAAGTATTTCCTGAACTATTTTCCTTTGTGTCTTTAAAATTTGGTATATTTATAAAAAGTTACAGCAGATTCCATTTTAGTAAATGTACATTAGAAATTCATTCTTTTAAACTCATTTAATATGTAGCTAAAAAGACTGATTTATATTTTAAAATTATACCAACTATATTCATTTTTCTAAGTAATTTAGTCTAAGCACTTTAAGCTTATATTTATTTAATGGAAATTAAATTAAACAGGACACATTTCGAGGTCCTGTTTGTCCAGTGTTGTTGGCACAGTGTGGTTCTGGGGACCATATGGAAGCAAAGGCCTTTTTTTTTTTTCTTGTAAAGCAATACAAGCTTGGGCCTTGGGTATTCCTTGTACAGCACAGCTAGAACTTCATTTTCTGTAGCAGTTGTTAAAAAGTGAGCAGAGTCTTGTATTCAGGCCACAGCAGTCCTAGCATCCTGAGGGTAGATCCTTCTCATTGTTGCAGTTTTGGAAAGGGCATCTGCACGTGTCTGGGAATAATTTGTAGATGCTCTTTGTACATTTTAATGCATCTTGGAAATATGTTTTCAGTGTTGTTAAGCTACACCTGAAGAATTTAATATTTTCTCATTATTCAAGGTTTTTTCCTCCCAGTAAGAATTTTTATGATAAACAGAATATGTCCCAGTGATACTTTTCACAGGGAACTGTGAGAATGCTCAAGAATCTACTTCAGTGTGTCCCGATTCTAATATTTCATCAGAGTATAGTTTTTCCTTCTTGTCTTATTAACATTCTTAAACAATTATTAAGTGATGCATGAGTTGTAGAGTAAGAGGAACCAAACAATGAAGAGCTCCATTAAGGTGCTAAGAAGACTGGGGGTTAAACAAACATGGTCCCCTGTCCCACCCCCTGGTCTTTGCAATCTTACAAGGTCCTTTGCTTACATGATGAGCCCAGTAGGCTTTTTGTACTCTAGGGTCTTTCTTACCTCTTGTACTATAGCTGTTAACTTTTATCTTTTTAAAATTTTATTTAATTTTTTATTGAAAGTAGTTATTTTCATGCATCTATCAGTCATGGATTCCCTTCTTTCAGATTCTTCTCACCCACGAGCCCCTCTTTTTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACAAAAAGACAGGCAAATAGAAAAGAAAAGCAAGAATAAAACAGCAAACTAACAGCAGAAAGAGAAAGAAAGAGCATCGGTAGAAAGCATTCACACAGGCACACAAAAAGAACCCGTGAATACAAAATTGGAAGCCAGAATACATAAGCTAGAGAAGAGAACGGTACGGGAGAAAATGCTGAAACAAAGCCATATGAAACTGACCCCTACACATACACACACACACACACACTAAATCTTTTGGGTTTATTTTGTATTGGCTATCCTTAATCCTTATGGTCCATATCCTTAAGTATAGTTTGTATACCCAGAGAGATTGGAGAACTATTTTCTCCTTTGCAAACAATTGTAATTGGAGGTAGCTTCTTGGTTAGAGCAAGGGAGTCTAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAATTCCCCATCTCAACACTTGAGACCCCATCTGGTTTGGACAGTGGTTTTGCCTCCTTTTTCACAGAGTTTCCTTGATCCTTGAAGTGGAAGGCTCTGATGAAAAACTTCCATTTAGGACTAAGTGTTTGAAGGTCTCTCATTCTGCACATGTTCCAGTTGTCTCTATTAGTTCCCATCTGCTTTACTGATATCTAGGCAGCACACTGTTCTATTGGGATATCTAGCTGTACCATCTCATTCCAAAGTCTTATCAGATTAAGGTTTTAAGATCAAACTAATAGACAAAGGACTGGAGCTACAAAGCTCAGGTGGAATCCATGCTGAGCATAAGTAAGATTTAGGTACAGTACTAATCACCCACCATTGGAAAAGTCCAAAAGGAATCTATGATATACAGTCTGCCTAGAAACAAAACCTCATGATTAAGGTTCAGGTAAAATTAATATTTGCCTGATTTACATTGAGCATTATGGGGACATATATCAAAACATGTTCTCCAAATGTACAGTTCTTATGGGTTTGATAAACTTGTGTCTGAGGGTGGGGTAGGGCTATTCTGTTTAGTGGTGCAAGGTAAGCACTTTATCCTGCTGAGCTCAATTCCCATTCCTAAGGATGATTGTTAACTCTATTGGTGACCTTTCCATTCTATTCCTTTTTTCCTCTGTGTGTCATGAGCAAAGTTGGAGTTTATTAGGAAAGAGATTTTAGCGTCAGATCTGCCCTGGTGACACACAGTTTTAATCCCAGCACTTCAGAGGCAGAAGCAAGTGGATCTCTGAGTTGGAGGCCTGGTCTATAAAGCAAAATCCAGGACAGCCAGGACTATACAAGGAAAGCCTGTCTTCAAAACCTTAATGGATGGGCGAATGAAGAAAAGATCTGAACATAAATTCAAGTGTGAATGGTAGAGAGAGTACTTAGGAAAAAGGCAGTTCAGATGTGCTGATTTCTCCTCCCTCTTTTCCACCTGCCACTGTTTCACAGCAATAACTATCCTCTGGGTTTAACACGTGTCCCCTTACATCTAAGCTTTGTCTTTTCTCTTGCAG
Seq C2 exon
GCATTTGAGCACTTACAACAGTTGGAATTAATAAAACCCGTGGAAAGAACTTCAGTAAATTCTCAGAGAGAATACCAGCTAGTGAAACTACTTTTGGATAATACTCAAATTATGAATGCTCTACAGAAATACTCCAACTGCCCTACAGATGTTAGGCAGTGGGCAACATCCTCACTAAGCTGGCTGTGAAGATTTTAAGTACATTTCTGTGAAGACCTTAAAGTACTGTTCTTTATTTAATAAGATACGCTACTACATTGCTTTGTTTATAAATAGTTTATGGGAAATTTGCACTTAGTATGTTTTGAATAATGACCACGCATGGACACAGTTTCATTAATTTAAATTGCACCACACAAGTAGCAGTTCATAAGAATAAAATGTGCTTATTTTACGCATGGTCCATAAAATGATTTGATACTCTTTTAAAGTGTATGTGGTCCATTAGAAAGGTTAATTCCAACAAAGCATTTAGTTTACAGATCATAATCCTAAGCAGTCAGGAGAGAAATACGAACAGAAATTACATGAGGAATATTCCGGCTAGATTAGGCGCCTGTGGATATTGGAGTTGGGTTGATTTTCCTGAATTGGTTCCTATAGGATCCTCCAATTTTGGATCTTCTACAGATCCCCCAGTGTTCTAGTTTAGTAAACTGGCCCATTTGGGCTGAAGAACTTGTGTGGAAAGAGTCCAAACAACTCATCATTTTCTTCTCTGCATATCTCACCACAATTGTAGGATTTTTTTTTCCATGTACATTCTTTGTATATGTTCAGAAGGGATCAAAATTGCCATCTAACAGGTACCTTAAAGGATTCCTGGGCATCTACTTCCACAACTAATACGTATTCCACAGTGTTGGCTGTTGGCTTCAAAAAAAGGAATTCTCTTAACATGCTATGTTGGTCAGCGTCCACCTCCTAAGCTCATAGGCAAAACTCACAGGTTAAAATGGAATTTAATCTCAGAGATCCTTTGTTCAAGAATATTTGATTGCATATTTAGTTGTAGTAAGATTTTATAAAATACATAATCCTTTGTATGTGCAGTTTGTAAAGTATCTGCAGAATTAAATGCTCTTATTTACAGATCAGAAAACTAACACCAGTGTCAGGATCACAGTATGGGAATGACTGATGTGACCTTGAATGCAGCTTGGTTTGACTGACATTAAAGCCAGTGTTAAAAACTAAAGCTTAGCAACAAATGTTTTACTATTTTTACAGGATACTGTAAGGAATAATTTGACTTTTAAGAAATCTTAAATATAAATTTTCTGTGCATTAATGTAGTACCTCATAGTTAAAACTTTCTTCATTCACAGCCTTTCCCTTTCACAGTAAAACATGCTTAGCTTTCTGTGTCTTTCTTTTAGTCATGATAAAAATGAAGCTGTAATATCAAGGTCATACAAGTATAAACATATATGTCCAATTTTTAAACTACTTCCACCTTACAAGTTGTTCAAAATACATTATTAGATAATTCTAAAGTGAGAAAAATTAGATTCTAAAACACAAATCACAAGAACGTTTGATATTGAAGTGTCTGGCTTTAACATGTGATTCCACAAGAGTAGAAGCAAGAAAGGTATATACTTTTAGGAGCCTAAAAAACATTTCCAAACTAGCCCAAGCTATCTCAACTACAGGAGCGGAGGGGGACGAATGATTGTGAACACAAAGTCTGACTTGAAGATTCTCTGCAATGAAGAGAATTCATTCATTCACTCTGCTCAAGACTCCACTGGGCCAAGAGATGGAAGAACAAACAAAAAGGACTTTCCATGTAGCCTTCCTCCATGTGGCCTAGTGAAACATGGATCTTGTTTAAAAGGCATCTGATTTTATGCAGACACGTGTCTGAAAAATTAAAATCCATTGTCCAAACTTCCATACATTAGGTAACGTCTTATAATGTAAGGACATGGTATCCACTGCCCTAAAGATTTAGACATCCATCACAGACTCTGCAGTGGTGTTTCTACTCCAGTGAGGTACTTTCTACCATGGTGTGCCTTTTGCTGTGAGTGACTTAACAGTGCAGGTTCTTGTTGCCTTCACTGTTAACCCTGAGAGCACATAATCTGATGCATGTGTGACTAAGAATAAGCCTATGGTCATGGGCAAGAAGGGCCAACATAGACACTTGGGTAGAAATACAGTCTGATCAAGCAACGGTGTAAGGAAAAGTCCCTAATTCACAACCTCCTTGATCTTATGACCCTTGAAAACCTCAAGACCGAAGCCTGACCATAAGTTGGAAAGCTCTCATTACCCTCTTTAACAACATAAATTCATAGCTAAAGAAAAACTGCATGTGCAAATAATACCATATTCATTTTTTATTTAACATGGGGATGGAATGGGGATAGCATACATTTTATTTGTACAATATTTAACAATCACTTATTCAAGGTGGGATTTTATGGGGATTTTTTTCATTTTTAGCTTTCTGTTAAATACTTGCAGAAAAAAAAAATAGCAAGTACAATATGACAGTAGTACAACAACCTGTGCCCAAAACACTGACAAGAAATACAGAGTAAAGCTAAAATAATTGTTTACCAATATTTTGAGAGGTAACAAATAGGGAGATACGGGTTGAGACTGCATAAAAAACGTACTGCTGGTTGAATATCTGAGGTAAATGATGTTTAATCAAGATGCTACTTGTATCTTTGTCCATAAATTGTAAATAATTTTATGCACATTATACCAAATCTTCCTAAAAAGTAATTTTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026761-Orc4:NM_011958:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146291=ORC4_C=FE(11.5=100)
A:
NA
C2:
PF146291=ORC4_C=PD(22.4=68.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: