Special

HsaINT0118634 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000070882 | OSBPL3
Description
oxysterol binding protein-like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:16370]
Coordinates
chr7:24859794-24870524:-
Coord C1 exon
chr7:24870387-24870524
Coord A exon
chr7:24859858-24870386
Coord C2 exon
chr7:24859794-24859857
Length
10529 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAT
5' ss Score
7.25
3' ss Seq
CTGTCCTTTGTTTCCATCAGGTC
3' ss Score
11.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATATGTGGCAGCCTTTGCCATATCAGCGTATGCATCTAGCTACTACCGAGCTGGAAGCAAGCCATTTAATCCGGTTCTTGGAGAAACATATGAATGTATTCGGGAGGACAAGGGCTTCCAGTTTTTTTCAGAACAG
Seq A exon
GTAGATGTACACCATTTTTTGCTTGTTGGGAGGGGTTGCTTATGTCTCCCATTAAATGTGCTTCTGAAATATTTATCTTCCACCTTTCACTGGCTTCAAAGCAGCCGAGATAATTACAGTGCTTTTCAACATAAAGGGAGGGATCGATTTCCCTTCCACTGAAGCCAAGCCACCACCCAGGGGCATAAAGTTACCACCCGTAATTCTGCACACTTGCTTGGCTACATGCATTGCCGGTGTCCTTTCTCTTTAAAATCATTAGCACAAGGAATTTTGAAAGGATGAATGTTGGCCCAAACTTCAATTTAGAGGTTTAACATTGCTCCCTAACACACTGACATCATTATTCCAGAGCATGAATGCCCCCAGCAGAGTGGGTAGCGCCAGATAAATGCGTTATTCTCAATTTTGATTTGAGAGGAATCATTCATTCATGTATTTATTCATTCACATCAATAAATTATTTCTAGAACGTATACCATGTGCCTGCCACTGTTCCAGGTGCTAGGATATTGCAGTGGGGTGGGGGGTGAGGGGTCCGGACAGGAGTCCCTGCCCTCATCTGATGGATGCACAACCTTGTACTCATGCAGCCTAAGGTTCCATCACACTCTTGCCATAGAAGTAGCATAGAGTAATACTCAGGCTTCAGACAGCCCAGGATCCGTCCTACCTCAGTTCTACCTCTTACTAGCATGATAACCCAAGGCAAGTTACATAGCTTCTCTGTGCTTTAGTTTGCTCTTGAGAGTGGAGAGGATGACAGTTATATGTACCTCACGTGGTTTTGTGATGATTCAATGAGGCACTGTCTGCAAAGCACTTGGAGCAGCATCTGAGACATGAAGATACATGTTATATGAGTGTTTGCTGTCATTATTGATGCATGCCAGCAGAGTTTATAATGGTGGAGTGTTGGGAACATCTAAAATGCTTGTCAACAGGGGATTATTTACCTAAAATAGAGTGTATACATATTGAAATTTTAAAAAAAACCTCTAAGATATGCAGAAAGAAATTTTATTAAAATTATAACAAATTTAAAAAATAAAATACACCCTCTCCCACCTTGTTAAGGTAGCAATCAAACACGTCCACTCTCTGTATATCCCTAAATCCCTAGGGACATTAGACATCATTGCTTCTGTACATTTCTCACCCCCTAGTTCTTAGAGAACTGAGGAGAAGGGGGGTGGATTGCTAAAATATTCTTTTATCTTGCTGCTCTCTTTATCAATGGATTTGCACTACAGGGAGAGGAGGGGAAGCGTGGGTTGGCTGAGAGACTTATGATGATAGTGCTTATCTTAACTGTAAATGATAAGGAGTGTTCTCTGGAACTCAAAGGAAAGTGAATATACAGTAACCCAAAGCACACTGTCAGTAGCTTGCCAGTTAGAAGCTAAAACAAGAAATTAAACATGGACTAACACTGGGGAAGTAGGGAGTTAAATCAGTAGTTAAAGGGGATAAGATAATCTGTGTGATTCAGAATTCATCTGGGTTATTTAAATACTGAACCTAAAATAGAATGAGAATAAATGAAAATATAATTTGGTTTCCATGGTATCATATGCACTCTTGTGAAAAAATAAAGGCCAAAAATAGCCTCAAACTACAGCAGACAATCAGGACAGGATGAATAGCTATAAGAAAAGAATAGTAACATGAGCTGTGTAAAGTTGAGCTTCAGTCCTCTGAGCCCTGGTGGGACAGGGCCAAATTCAAGATCTGTTTGTGTATTTCCCATGGTGGCACAGTGGGGGAGAAATCAGAGCTCCTGGGCACATGTGCACAAAGACAGAAAGAGGGTTACATAACTCAGCATTTAGTTCCATGAAATAAGCAAGAAAGAGAACTGGTTATTGTTAGTAGTTTAGAATGTGCTGGGTGTAGGATGTACAGACCTGCCTGCTTCAAATCTTAACTCCACAATTTGCTCCATGTGTGACCTTATGTAAGTTCCTTCAACTTTCTGAGCCTTCCTTTTTAAAAAAAAAAAAATCTGTAAATTAGGAATGATAATGTTTGACTAATAGGTTGTAGTAAGGCTTAAACAAAATAATACACTGATGGAAATATTCAGTAAATGGCTATTGCTCTTATATTTAGTGGGAACTTCTACGATGCCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCAGACAGAGTCTCACTTTGTCGCCCAGGCTGGAGGGCAGTGGCACAATCTCGGCTTACTGCAACCTCTGCCTCCCAGTTCAAGTGATCCTCGCACCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCTTGTGCCACCATGCCCAGCTAAGTTTTGTATTTTTAATAGAGATGGCATTTCACCATATTGGCCGGGCTGGTCGCAAACTGACCTCATGGGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAACCACCACGCCTGGCCTACAATGCCTTTTAATATAAAGTGTTAAGAATAGTAAGAGTTTGGAAGGCTGAGGTAGGTGAATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACAAGCCTGGCTAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAGAATACAAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGTCACATGCCTATAATCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGATGCGGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCCATTTCAAAAAAAAAGGGAAAAGAATAGTAAGAGGAGTGTTGACAAGGCAGAGAGGAGGCTGAGGAATGACTTGATGAAAGAAAACTAGAAAGGCATATATCTATAATATATACTTTCTTATGTTCAAATAAGATATGCTATATCTCCACTTCTAGTACAAGTAGTTTGAAGGGGACTTGATGTCGCTGGTGAGTCTCTGACAGAAAATGGCTGTCAGGCAGCCAGGAGTTCTCACAGCTGGCTTCACCATGGTCATACCACCAGTCCTGATCATCATGGAGCTGCTTCATCTGTCTGGAATTTAGCCTGATGGCTGCAGATAGTTGGTTATTTTAATATACCTAAGAATGGATGAGTCTCTCAGGGATAAATTCACACTAAGCTTACAAGAGACTGATGTATATAAACTAGAATGCTACTAAATGCATTTACTGTGAAAAATAGACCTGCTATGGGGATCAGAAAGCATTGTCCAGTGTGACTAGGTATGATTTTCCCATAGGCAGATTACTTGGGAAGCCAATGAGAATCCTAAGTGAGCATACAGTGTGAAGATGCAGCTATGTGATTCAGTACACCAGGCAGTCCTCTGCCCTAGAAGTGGGAAGGGTGTAGGGCCAGGGCCTCCCTTTCCCTGGCCAGCAGGAGCCTATCAGCTCAGTACCCCTCTTTCCCTCTCCCAATGCTGTCTATTCTAATTTAACACATCTGAAGAGAGTGCCAGAGCATTTATTCTGTTTCCTGCTGGTACCTGGTATGGCTCTTTCTGCCTCCAGCCCAGGAGACAGTCTACCTTGATGGAGACAGCATGACTCCGCCCTTGTCCATTATGTGTCATTGATAAGCTCTCATGGCTTAGAGGTTTGTTTTCTTGTGCCTCTCTACAATGAGTACAGGTTTCTGGATGACTAGTATAATAAACTGGGCAAGCCCCCCGAATTAATATTTTTGGGTGGAATTTTTTTCTAAGGAGGATAATGATGGAAATTGTATCTCCAAGCTTAAGGACCTGGCAAGAAACAGCTTGGCTTTTCTTCTGAGTTTTCTAGACAACAGTCTGAGTTGGAAAGTGATGGCTGCCTCTCTTCCAAGCCCCTTGATTTTGTTGTCTTGTGGATTTGCTGGGCATGTGGATGTTCGAGGTGGTGAGCAGCCAGGCAAGTGGAAGTCATTGCTGCTTGAGAGTTCGACTCTGTCGAAGCTTGCCTCTCTGTATTGTTTCTCGTCTAAAAGACCCAAAACCACAACATCAAAATGATTCATGTGGTCAGAAATCAGAGAAAGCATTTCTTGTTAAAAATTTTTCTTAGAACAAGTATTAGATTTGTAGAGTGCTCCGTGCATTCATGATCTTACTTGATCTCCAAAACGGCGCTCTGTGGAAGGTGAGGCAGGGATCAGTTACAGGCGAGAAAACCAAGGCCTAGAGGATTTGAGCTTCCCGGTGCCCCTCAGCAAATGCTAGAACCCAGCCCCTCTGTTTCCATCCCTGCCTCCTTTTCCCCTTACTCTCTGTGGGGTCTCTTGTGTGGACTCAGTGACTATGCTCAGAGCTACTGGAGTACAGTATACACAAAGCAGCCCTTTGTGTATGCTGTTCGTTCTCACCATGCAAAATCTCTCCAGACTCACATAGGACTTTGTTCTCCACTCCTGTGGTAGGCAGGGGTGTGGCCTTTGTGAAAGAGGACCGATCAGGAGTGAGTCATAGACATTCCTGTCCTAGGTTCTGACCCTCTGGCTCTTCCACCTTCTCAGAGGTTTCCTTTGTGCCAAAAAATCGGTTTCAACCTTGGCTTTCTACATAAACTCACAAAAGGAAGAATTCAGAGAGGAAGGACTTCCCTTCTTTCCTTACTGTTCAGGGACTAAGTATCCTCTGGCAGGTGATTCCCTGCTTGCTGCGTCCTCCTGCTGCCTGGCAGAGCTAACACACTGGTTTTGAGCTGCATCAAGGGAATAGATGGGTCAGAAAACTTATTTCAGTTGGCTATGTTCCTTTTTTCATACCTTTGGGAAAGGTTTGGTGTTGAAAGGATATGCAATTAAGCTACAGTCTAAAAGTAGCTTTTCCTAATTACATGAAACTTTAGTTGTCCAGATCATTGTTCATTTTAACCATTTACCCACCCACCTGCATACCCTTGACAGTGTCAGAAAAGCTGAGTGCAGTTATTAAAAGTTACTAAAATGTAAGAGATTGAAATGAAGATCTTTTCTTTTGCTCTACAGGCTCAGCCTTTCTTCCTTTTCTGTTATTTATTGGAGGACTCTGAGTCCATACATTCTTGGACAGGCTTATACTTGCCACACCCATCACTTCCTCCTTGCACACTCATGTCACCTCTGCATAGTCCTTGTATCTACTAGTTAGCAGAGTTATTTATTACTGATTAAATAAGTAAAGATACTGTCAAAGGGTAAATTCTTAAAGACACTCAAAGGGTAAATTCAAGCCGTTCAAATAAAACCAGCAATAAATCAAATATGAGACAACTAAACCATTGCTTTGTGGTTTTCTCCATTTCTAGGTCAAGTCAGCACTTAATGTGTTTTTGTTTTTTAATTTTTTGCAAGAGGCCATGTGTTTATGAGATAAGTGATTCACTCTGAACATGGGAGAAGGGAAAATAATTGGCATCTGCATTCTCCCCAAAATCAGGCCAGAATTCTTGGCATCATCCTTAATAGCTCTTTCTCTCATCATTCACATCCTCTCATCAGCAAATCCTGGGGTCTCCCTTCAGAAGCCTTCCTTCTACAGCCAGCCATTTTCACTTTCTCTCCCATGTGATGCTGGTCACCTAGCTCAGGCCACTAAAATCAATGACTGGGATTATTGCAGTAGGACTCACTACTGGTCTCCTGTTTCCAGAGCCAGTTAATTCCTTATCCAGCAGCCCCAGTGACTGCTTAAAACAGAAGCAGCAGCTGCTCTAAATCCTCCACCAACTTCCCAAGTCACTTGGAATAAAATCCAAAGTCCTGGCCATGGTCCACAACGCCCTCGAAAATCTCACCCTCAGACACTTCTCCTACTTACCCCACCTCCTCATTTAGCTCTGCCAGACTGGCCTTGCTTCTTCTGCTTCATACCAAGCATTTTCCAGCCATTGGCCTTTGCTGTGTCCCCTGCCTGGGACGTGCTTCTCTCAGATATCTGCATGGTTAACTTCCGAACTTCTCTCAGCCCCACAGGTTTCCATTATTAGAGTCCTGCCCCACCACCCTGTCTGACCAGCACTCCTACTCACTGTCCCCACATCCTCATGCCCTGCTTTATTTTCCTTAACACAATTTCTACTGACAAATTATGTGCTTCTTATGTGTCGTTTGTCTTACCCACTTCCATACTAAAATATAAATTCCATCAGGGTAAGAATTTTTACCCTTGGTGACTAGGACGGTGCCTGACACATCACAGGCAATCAATAAGTACTTGATGAGTGACCTGGAAAGAATGGCCACTTGGTCCCCTCTCTGGATGACTTCTTCACCTGGCACTTGCCCTCTTTTTCGTTATTGCCCTGTATTGCTGCAGGGAAATCAGGACCTAGGAGGACTGGATAGTTATGCCTTGGAGCAGTTGCAGGGGAGAACTGATGTACTGAAGGGCTACTTTTCTAAATCTGAAAAATAAAAACTTACAAAGTACAAAAATACTGAAAATACCTCCTTTTCCTATCTGCTTCTCCCCTGACCTCTTATATAAAGTGCATTCAAAGCATAAATTAAAAATGATTAGGTCAAGGTAAAGAAAGGCCTCAGATATATAAATAAATTATAAATTACCAGAATTCTTAACTGCCAGGGGAACTGTATTGGGGCTTGTAGAAAGAAAGATAGATACATGTGTTACCATATAAATACTTGCGTAATAAAAACCATGTGTACTAATTTCTTGAATGCTTGGGCATCCTTACCAATCAAGAATTGCTCTTCTTTGATTGGAGAGGACGTGATAGGGAAGAATGCTTAAAAAAAAAGTCTAAATTGGGTTTATTCAACAGGCTAACAGACAGCATCTCCTTCCAGGGCTGGGTCAATTCAGACAAATGCATTTACTGCCCTTTTTGCCTGAATTAAAATGTAAGGAGAATACAGACTCAACCAAAATCCTGCAATAACAAAGACAGGTTAGATTCTGCTCATTATTCTCTACTCTAATAGATTTTAGAAAGATTGCCATCAACAAAGATTAAGTGATTAACTGTGAATTACCTTTTTCCATGGGCATTGAAGTTAATCAAAGCCTTTGTATAATTTTTTCAAGTTGGCCAGCATCCGCCACCACCTTTGATGCTAAGATTCGAAGAAGACATTAACAGCAGATGTTAGAATCAGAGCATTTTGAAGCCAAGAGGGATCCTCACACCTCATTTTACAAAGAAATATGCGAGACTGAGGTTGGAAAGGTCAAATTCAAAAGTTTTTTTTCTCTAAATGTCCATGAGAAGGAACCTTAATGATGTGTCCTGGCTTTGGGGAGGGACACGAGCCCTGGATCTGGAAGAGGATGACATAGGTTTGGAGTGCTACCTTTATCACTCATTAATGTTGTGGCATTGGGGAAGCTCTTTGCTGGCCAGAACCCCTATTTCCTAATTTATAAAATCAGGCTCACCAAGATACAAGGCTGCCCTAAGAACTAAGTGAAAATACACTCATTTTAGAAATCTATATTTTGATTTTTTAAATGAGTGTATTTTCACTTAGTCTCTTTTAAATGAGTATATTTTCACTTAGTCTCTGCCTAATCCACATCAGTGTATGATCCTGGACAGTTTGTATGTGTTCTTTTTTTAGTTGGCCGAGTCAGTGGAATCAGCCTTATTTCACAGATGAGGTGACAGAGGCTGAAGGGACTGAAAAGCTGTGAAGGTCATACAGCCAGCAGATGATGTTGCAGTCAGGGCCCAGGTCCATGGAACAACAAAAACCTTTCCCTCGTTCCCGGACACTAGTGCAGCACATGGCAGATGCTCCAGAAATAGGAGGAAATATACAAAATAATAAGCTATCAATGTAAATCTCCCCAGAAAGCTTTGTAAAACTCTTAAAAGCAATGTGGGCCAAATAAACCATTCCCAAAGGCCTGTGTAAGCCATAAAGAAATAAGCAAAGTTACTGATATTTGAAGGTTGAGACTTATTCAGAAAATGTGTTGAACCCATCTAAACATAATCTGCTAAACATTCATTCATTATCTAACACAATAGTTTAAAAAAATCAAGGTTGGGTTTTTATGAGATGTGTGTATACTGTAGGGGTTCTCTTGTAATTCATATGGATGTATATTTATCCCTGTTTTATGGGGTTTAAAATTATTACAGAAGAGGCGTATGGTTTTTATATACTGTGTTTACATTCGGCCATACCTGTAAAGATGCCAAATTCTTCATCAAAGCTATAGTGCTCCTCTCCCACATTGCTACATTGTTTTTGTGGGATGAATATAATCTACTTCATAATAATCCACTTTAAAATATGTTTACATTATGGGGGAGAGGAACATTTCATAGCTTTCCTTCCATTTCATAGTGGGTCATGCCAGCTGGGGTGGAGAAGTGGGGAGTGGGGATTGTCTTGAGCTGATTAATGGTTATTATTATTATAGATAGTGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGATCCTGGGCTCAAGGGATCCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGAATTACAGGGCTATGCCACTGCACCTTGATTTTGTTTTATATGATCCCATGGTTTCAAAGCTAGCTCCGTTGTTTTCATCGAAAGACAGCTAGTGAAGAAAAGGAGAAGAATGTAGCATTTTTTAATATAAGGTATCTCCAAGTGGTAGGATTTTTTTAAAAAAGATAACTGGATATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAAGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCCGGACCAGTCTGGGCAACATAGCATGACCCCATCCCTACAAAAAGTGAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCACACACCTTTAGTCCCAGCAACTTGAGAGGCTGAGACAGGAGGATCACTTGAGCCCTGGAGGTCAAGGCTGTAGTGGGCTGTGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGGCAGAGGGAGACCCTGTCTCAAAAAAAGAAAAAAGACAACATCAAAGGAAATCAGAGAGTTACATTATGGGATTAGGTTTCTAAGTCAGTGCTTGAAGTGAAAGTTGCCCTTGAAAATCCCACAGGCACAGAAGGGCTCACGTTCTTAGGAGGCACATGGGAACTAAGACAAACCAAAGAGCAGCAGATTTGAGTCTCCTGCTTTGTATTGCAGCTGGCGTTGGTGTTTATTGAGGAATCTGAAAGATGCCTACATGATTTACGTCTTTGTCTCTACCTTTCTTTGGCCCACACTGGTACGGCTGTAATCCCATGAGTCACATCTGGGTGTGGCGTGTGTGACCACATCCTCCCAGCCGTGCAGTCCTCCTGCTGGAGGCCTGGCATACAGAAGTAGTTTTCAAACCATGTTCCTCAGCTGAGGGTCCCAAGGAAGGTGAACAGCTGTGGATTTGTCACCCACTGCCCTCCCTTCCTCCCCACCTGTTTATCTCAAGCAAGGGCTCAGTATTCTGGGTTCTTGATAAGACGGGTCTGAAAACTGTACAGCTGCTTAAAACATTTTTTTTCTTCTTTTTGCAAAGTTTGAAAACCAGTGAGGTAAACCAAAACTGCTGGGACTTACCGCTACCTCTTCCCTGACTATTGGTGTGGCTTGGGAAATGTTACTTTATCTTTCTGGTTTCAGTCTCTTCGTTTATAAGGTGCAGGCTTTGAGCTAGATACTCTCAATGTAAGACACCTCTGTTAAGAATCAGCTACATCAGAGAACTTTCTGGAAACACCCTTGGCAGCATTACTGTGGTTTCACCAGTGCTGAATTAGAATGACAGCATATACACCTCTCAACGTTCCCTGAGTGTGACTGAGATGAGGAAATAGAGGGAGGAGCCATTTTCTCTTCAGCCTCTTCACTGCTGAATAAAATGAGTAATGACCCCTTGCCAAAGGGCACTCTCTGCTCCAGGGGATTCTCTTTTCTGGAATGAGATTACTTATTTGCTTAAGATAGTTTTATTAGACCAAAAATAAATAAAATTTCTTAACAGTTGACTAACATTTCCTCAACAATTGTGTTTACCTTTTTTTTTTTTAATAGAAACACTCTTTTTTAAAAAAATTACCTTGCATTGGTCTTCTTGTA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Seq C2 exon
GTCAGCCACCATCCGCCTATCTCTGCGTGTCATGCTGAGTCTAGAAATTTTGTTTTCTGGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000070882-OSBPL3:NM_145321:15
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0123713=Oxysterol_BP=FE(13.0=100)
A:
NA
C2:
PF0123713=Oxysterol_BP=FE(6.1=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development