HsaINT0118679 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000079156 | OSBPL6
Description
oxysterol binding protein-like 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:16388]
Coordinates
chr2:179226409-179236960:+
Coord C1 exon
chr2:179226409-179226542
Coord A exon
chr2:179226543-179236852
Coord C2 exon
chr2:179236853-179236960
Length
10310 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
GTGGTTTTTGTTATTTTAAGGCA
3' ss Score
7.03
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCATTCTCTTTTGAAGTCTGCATTTAATAGCATAGCTATAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCAGATGGTTTCCGAGCAGGATCACAGTAAAGGCCACAGCACGCAGATGGCACGGCTCCGACAGTCACTGTCTCAG
Seq A exon
GTAGGCAAAGAGTGTGTGTTTGCATGTACATGACACACTCCCAACCCTGTAAGATGAAAGATCAAAAGATGGGGGGCTGGCAGGGAGGTGGCTAGTCATGGGGATAGTACAGTTTGCAGAATTTCCCCCAAAAGACTGCAGTGTCAGTATTAGATTTTACTACTTTTCTTCCCCAAAATTTCAAGGTAAGAGTGAAAATAAACCAAACTTGCTTGTAAGCGTATAATGGTAATTTTGGCCAATTGAACACTTAATGCTTCTCTAAGGTCATTTATAAGGTAGCCCCTCATTTTAAAAAAAGAATTATGCATTTATTTGACCTATACATCTGAAATGTGTTCCAGGATATATTCAGTCCAATAGTGAATATTTTTTAAAAATGTACTAGATCTTCCACACTTAATATTTTTCCCACTTACATCTTAATCTGTTTAAAATTACTGATTACTATCACTCATTTTTTTCTTTTCTGATTTGCACTCTTGAGGTTTTCTTCCTAAGTTATGCTCCCTGAACTAGACTTTTATATTTCAATATATATTATAGAGTTGATCTTATTAATACTAATCAAATCCCTATGTATCTATATCAAAGTTGAAATTTCTGATAAAAATCCTTTAGAGCTGTGCTTATGCTTTTTTCAACTGAGTAGTTCCTTAGAAGTAAGTATTTTCTTTAGTCTATAAATGCACTGACTTAACTCCTTTAAGAATTCAATGTCGTTATGTGATTTTGTGAGAACTCGGTGTCTATATAAAATATTATTCACTTCCTGGTGCCTTGGATCAGAGTGAAGGAGCAAGCAAATCCTGGGTAAGTGGTTCTCCGCGTGGAGCAGATCCTGCTTGAACAGTTTCCCTCGGTCCCTAAAAAGTAGACTTACACCGTGTCACCGTGTTTTACGTCCCTGAACTGTCGGCGTATTTTCAGTGTTAAGTTTCATGTCATGGATGTTGTTATATGGGCCACACTTTCTGCATTATCCATAAAACACTGTCAGCTGAGGGGCATATGCTGCTTCCAGTATAAAGCCAGGGGTCTCAGGAGCATGAGCGTGAAAATCCGCTACGATTCTGCCAGTCTTCAGAGGGCTTTATTTAGAAGAACATTTTAATGGCTTTCCCTGGACCCTTCTCATGTCATGGATCGGTCGAACACTCAGTTGACGTTAATTGGTCTTCCAAATCATTATTCTGAAAGTATCGTGAATCAGAAAGATCAAAATATTGGTCAAGTAAACATTCAAATGTCATCTTGTAAACATATAAAATACATTCTTGTCCCCCTAAGTGTTGCAATGATTCCTTCAGATGTATTTAATGATGGAGGCTTAGAGTTAGAAGTCAAGCTTTACTAAGAAAAACAAGAAAATGCATTTGTTTCTTGCTTGCCTGCTTGCTTGCTTTTATTTGCTTGTAGGTGAAACAGAGAATGGTAAATAAAGATCTCGGGTCGGGCTTCAGGTGAGATTAGAAATAATTATGAAGAGAAATTTTACAACAGTTATTCATTTGTTCATTCCCTTATTCATTGTATTCCATTCGGGTGACTATATGCTAGGTATTGTGCAAGGTACAGAACACCAAGGTTAAAGTAGCCCTGGCCATGTTCCCAGCAAGCTCGTGATCTGATTCATGAGATGAGCAGGAAACAGTGAAATGGAGCACACCGTAGTACATTCAGAGCAGTACATGGTGGTGCACATTTCCCGGGCTCTGGTTGCTCAGAGGAATGGCAGATCCCTGAGTTGAGAGCAGAGCCACAGATCAGGCTTCTTGGAGGAATCAGACCTTGAACCTGGCCTGAGTAGACAGCAGCCGCTCACAAGGAAGGGTCTGATGCTAACATGATAAAAGTAAAATAAAGCAAAATTTGATCAACTGTGCTTCCTTGGGGTTAACATATTTCCCTCTCTTGTCAACACATATTTATTTGCATCTAAAGTTAGAGCCTCAATAGATTTTTGTTGGATTTTTTATTTTTATTTTTACAAAAAAATCTCAATTTTAGCCTTAAAAGATGTGAAAATAATTTGGAACTATTAAGTTTCAAATAGACCGTTACAGCCTATCCAGTAGATAATTCAGTGCTTGCAGCTGTGTGTCATCCCAGCATTTTGGTGATGTTCACATCCCCGTGTGTGTCCATGCCTTCCCCTCGGCGTAGTCGCACCCCCACTGGCCATCTATTCCCGTCACCTCTAAGTGTGGACTCCCTTTTGGAAACCACAGCAGCCTTTGCTTAAGGTATTTAAGTTTACTGACAGTTCTTTCCTTTCTAACAAATTGTTATTCATGGTTAGGCCGTTGGAGAGGTGTCTGGAGAATGGCAGGTAGTTCATAGTGGAAGAAGTAGGAGATGAAGAAGGAAGAATTACTCTTAAGAGTAGCTGATTAAGTAGGCAAGAACCAGCTCATCAGGGACTCCACAGAGGGTTTTGGATTTATCCTATCAGTTAACAATTTTAACTGGTAAATGATAATGCCAGAAATTAGAACTATTACAGCATATTTCTGCATATTAGAAAGATTACTCTGGTACAGTATGGAGGGTAGGTGGAATTGGGAGGCAAGGCTAGTTGGACAGATTCTTATGGTATTTGAGATAATTTGAGAATAGCTTGTACATTTGAGATATTTCTAAACTGAGGAAGTGCCATGCCAGCATTGGTGGAAGGAGGGAATACATTTCAAAGACACCCAGGAGGGAGAATCAGCATGGCTTGGAGATCAGCGGAATGTTAGAGAGGGACAAGGACACAGAGTCGAGACAGTCCAGGGTTTTTGCTTGGATAACTGGGTATGTGAAAGTTATTGTCCCCAAGGTGGGACTACAAGAGGAGCTGGTTTGCTTTAGGTATTTGATGATGGATTTCTGTGGAGATTGAGGTGTCTGTGGGGCATTTTACAGGCAATTAGATATTTATGTCTAGAGCTCAGAAGACAGGTCTAGGCTAGAGAGGAAGATGGATGCCCCTGCATATCAGGGCAGTTATAGATGTTGACGAGTTGCAATGCAGTCAGAATAAAATGGTCAGTGGTGCTCCTGCTGCTGTAGAGAACATTAACATTTAAACGACAGGCTGGCCGGGCGCGGTGGCTCAAAATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACAGGCGAAACCCCATCTCTACTGAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTATAATCCCAGCTGTTTGGGAGGTTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAATGAGCTGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAATGAGAGTGAAACTCCATCTCAAAAATAAATAAATAAAAAACTTATTTAAGTAGTCTAAAACTTTTAAAGCCTATGTTTTATTTGACATAAGTCCTATTTGATGTATGTCTAATGATTAAAGTGCTGCATTTCAACAAGGCTTTAAATATATCAGACTCAGCAAATTTTATCGTCTTTTCGAAGGCACATAGCAGATAAAATACTTGAAATTAGCATTTTTACAACATGCTTAGCATAAATTGTTACCTGCCTTGAGCAAACAAAAATTTGCAAGGCTGGACAGTCTAATGAATTGCTCTTCTAAAGTAATGTTACTTCAACCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACCCCTTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCAGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCACCATTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGCGAGACTCTGTCTTAAAAAAATAAAAATAAATAAAGTAATATTATTTCCCAATCTATATGTACACAAAAACATATATAATTCTATTATTTAACCCCCATGAAACTTAAACTTTCACACTTGAGAGGGAGCCTGGATGTTGGACCCAAGCCTATAGACAGGACATTTTATGTGGCATCTATCCCTTATAAATGACTTTATTTGACATCAGCTATAATTTCATATCTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGAGGCAGAGTCTTCCTCTGTTGCCCTGTTTGGAGTGAGGTGACACAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCACAGCTTCCCAACTAGCTGGTATTACAGGCATGAACCACCACGTCCGGCTAATTTTTTGTGTTTTTAATAGAGATGGGATTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCGTGGCCTCAAGTAATCCTCCCACCTCGGACTCCCGAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAACCACTGCACCCAGCTTATGTCTTGTTTAATGCAGTACCCTGAACACCAAAATGAAATAGTCTGTAATAAAACTAAGGCAACCTCAGCACCCCAGATTACCATAATAATAAAAATCCAACTCATCTTGAGCCTATCTTGAATACATTACATTTTATCACTGTTATTAGTTTGATTCCTGGCCCCAGAAATTGTGCACAGCTTGTGTTAAACGCAGTGAGAGTTGGGCTCATATAAATGTGAATAACGGAATATGACCCATCTATTCCAGCTAGAATCACTGTATTTTATTAAATCAAGATGCCATCAATTATTACATGCATCATCATTTTGTGCATTACTGAGAAAAGGAAAAAAAACACTGCTGTCAATTGAACTGACACGGTGCTTCAGAGGCGGTGAATGTGGGGGGAAATGTGCATCTTAGAATCAGCGAAATGTAAATAGAATTGAAGCAAAAAAATTGCTTAACATACTATATAGTAGCATAATGTAAAATCCAAGTCATATCTGTCATCCTCCCTGTCCACAACATTTCACATACCCAAATAATTATTCTGTGATGAAATAAAAGTTGCAAGTGTATTTGTTTATTCCTTAATTTCATAGTTCCCTGAGACTTGGCCAAATTTGTTGTATGTG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Seq C2 exon
GCACTCAACCAGAATGCTGAACTAAGGAGTCGGTTGAACAGAATACATTCAGAGTCTATTATTTGTGATCAGGTTGTCAGTGTAAATATTATTCCTAGCCCTGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000079156-OSBPL6:NM_145739:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.519 A=NA C2=0.028
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0022314=PsaA_PsaB=FE(27.0=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)