HsaINT0118679 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000079156 | OSBPL6
Description
oxysterol binding protein like 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16388]
Coordinates
chr2:178361682-178372233:+
Coord C1 exon
chr2:178361682-178361815
Coord A exon
chr2:178361816-178372125
Coord C2 exon
chr2:178372126-178372233
Length
10310 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
GTGGTTTTTGTTATTTTAAGGCA
3' ss Score
7.03
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCATTCTCTTTTGAAGTCTGCATTTAATAGCATAGCTATAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCAGATGGTTTCCGAGCAGGATCACAGTAAAGGCCACAGCACGCAGATGGCACGGCTCCGACAGTCACTGTCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCACTCAACCAGAATGCTGAACTAAGGAGTCGGTTGAACAGAATACATTCAGAGTCTATTATTTGTGATCAGGTTGTCAGTGTAAATATTATTCCTAGCCCTGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000079156:ENST00000190611:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.519 A=NA C2=0.028
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development