HsaINT0120875 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000105717 | PBX4
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:13403]
Coordinates
chr19:19710101-19729439:-
Coord C1 exon
chr19:19729320-19729439
Coord A exon
chr19:19710175-19729319
Coord C2 exon
chr19:19710101-19710174
Length
19145 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCTG
5' ss Score
4.87
3' ss Seq
CTCTGTCACCTCCCTTTCAGAAA
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
CATGGCCGCCCCGCCGCGCCCCGCGCCATCGCCCCCCGCCCCGCGGCGCCTCGACACGAGCGACGTCCTGCAGCAGATCATGGCCATCACCGACCAGAGCCTGGACGAGGCACAGGCCAG
Seq A exon
GTGCTGCCCGCGGGCTCGGCAGGGGCCACGCAGGGTCGTGGCAGTGAGGTTGGCGGGCTGAGGGGACGGGGCGTGGAGGCCAGACTGACGAGGGGCGCTTGAGGAGGGCTGGAGGGGGGTCCCGAGGACGAAGGGATGTATGGGGTTCAAACGGAACGGGCTGGATAGGCCTTATGGGGCCGAGCAGTGGCGTGAAGGATTTTCAGCAGCTCATCTTGGGGCGAGAAGGTTGGGTTTAGGGGTTTAGGGAGTAGGGCTGAGAAATGGGCACGTACGGGACTTTTGACGAGTGAATGACTAAATGGGTACGTTAATGGGACTCCTGCGGCTGGAAGTTTTTTTGTTGTTGTTTGACACGGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCATGGCTCACTGCAGCATCCACCTCCCCGGCTCAGTTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACCACAGGCGCACGTGCAACCACGCCCGGCTGATTTTTTTGTATATTTTGTAGAGACAGGGGTCTCGCTATAGTTGCTTAAACTCCTGGGTTCAAGCACTCATTCCGTCTCGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAGGCGCGAGCCACCGAGCCCGGCCTGTGGGTGGGAAGTTTCCAGGGCAGATGATGGAGAGTGAGTGGCTGGGAATGGGACTCAGGAATGTCTGCAGGAGACTGAAGAACTGAACTGGGGTAACTTGGTGTGGGAACCATCGAGAACTTTTGGGAAAAGGGTTAGTAGAGGAGTGGGTGGAGATGGAAGACCTATTTTCTTTTTAATGAATTCAGCAAATTTTTATTGAATCCTTACAATAACTGGATAGGGAACCGGGTGCTGACATAGTCCCTGCTCTCGAGTACATGATTTAGGGGAGGGAATGTAAATAGCAAAAAATAAGGACTGGGTGGAGTGGCTCACATCTCTAATCACAGCACTTTAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAACCTGGACAATGTAGTAAGACCTCGTCTCTACTAAAAATAAAATTAAAAAATTAGTTAGGTGTGATGATGCAAGCCTGTAGTCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGCTGCAGTGAGCCGAATCAAGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCTAGACCCTGTCTCAAACAAAAGCAAAAAAGTATAAGCCAGGCATGGTAGCATGGGTAGGTAATCCCAGCTGCCTCCCAGTGGGAGGATCACTTGAGTCCAGCAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCATCCTGTACCAATCTGAGAAAAGAAAAAAATAAAATAAATGGCAATAAAAGCTGTAGGGATAGGGGTTGCATGCTATAGGAAGCCAGGTGGAGAAGAACATCTTTGGAGAGGACAGCACCTTCAGAGGCCCTGAGGTGGGAAAGAGGATGTAAAAAGCGGAGTCTGGCTGGGAAGAGAAAGTTCCTAGCCAGGGAGGGAAAGAGTTGAGTTTAAAGGAAGGCTGGGGCCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGAATCACGAGGTCAGGAGTTCAATACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCAGTCTCTACCAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTAGTGGTGCACACCTATAATCCCAACTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTGGAACCTGGGAGGCGGAGGCTGCAGTGAGCCGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGATTCCGTCTGAACAAAAAATAATAATAATAATAAAGGGAGACTGGAACCCAATTACATGGGGCCTACGAATCTCAGTAAAGAGTTTTGTTTGTTCAGCCAGGCACAGTGGCTGACACCTGTAATCCCTGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACGAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGCATGTCTATGGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAACACTTGAATCCAGGAGGTGCCTGGGTTCAAGCGCCACTGCATTCCAACCTGGGCGACAGAGTGAGACTCTGTCTCCATAAAAAAATAGTTTTGTTTTTGTCATCTGGATAACAATCAATAGGGAGTTCGGACTATTTATTCCAGTTGCAATGGGGAAAAATAAAGGAGTTTTTAGACCTCCCATCCCGTTTACCTCCACTCACCACTTGTCAGCCAGCCAGGATCCGTAGAATCTGCTTCACAAGGCAGCCCACTGTGTCTGGGTCCTGCAGTGATTATTACAGAAAAGGAAAGGAAAGGACTGAAGTCCTTTTGGAGGATGAGGCCTTGTTGAATGGGGACTGTTGTAAGGTGAGGGACGGTCTCTGGGTATGGGACTAGGGTCTGGTGGTGTGGACTGTGTACCCACTAGAGCCCTGTAGTGGGGAGGGGTTACAAAGCCAGGTAAACAGCAGTCCTAGGAAGGAAGAGGCAGATAAAAAGGTGGATAATGCATGCATTTGTTCTTCAATGAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGACGGACTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCTATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCTTCCTGAGTAGCCGGGACTACAGGCATACGCCCCATGCGTGGCTAGTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGCTGGTCACAAATTCCTGACCTTAGGTGATCTGCCTACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAACTACTGTGCCTGGCCTGTTCTTCAATGAATTTTTAACAAATTTGGCCGATATTTATCGGACCTTTACAATATCTGGGTACTGAACTGGGTTCTGGCATAGCTCTCAAGTTCTTCCTGCTCTCAAGTTCATGGTTTGGGGAGAGAAAGTAAATTTGTTCTTCAAACTTTCTTTCCTTTGCTTCTCAGGGAATGTTGACACTTTTTGTAGTTTCAGATGCTCTGTTTGAGAAATTAGAGTCCTTGTCACCATACAACTATTTCTTTGGCTTTTTTTTTTTTATATAAGGCCGCGCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGTAGTGTCATCATGACTCACTGCAGCCTCAACCTTCTGGGCCCAAGCAATCTTCACACCTCAGCTTCTTGAGTAGCTAGGACCACAGGCCTGTGCCACCACGCCTGGCTAATCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGCTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACTACCGCCTGGCTAATTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCGTATTGGCTAGGCTGGTGTTGAACTCCTGACCTCAAATGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGCCCTGAGCCACCACACCTGGACTAATCTTTCTATTTTTTTAGGTCTCCCTATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGTTAAGAAATCCTCCCGCCTCAGCCTTCCAAAGGTCGAGGATTTCAAACATGAGCCACTGAGCCTGGCTCCTCCAACTGTTTTCATTGTGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGGCTGTTTTTTGGTTTGGTTTGGGTTTTTTTGAGACGGAGTCTCATACTCTGTTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTAGTGAGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCCATCTCAGTTTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCACCACCACACCTGGCTAGTTTTTTGTATTTTTAATAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCCGACCTCAGATGATCTACCCGCCTTGGCCTCTCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCGGGCCATGTTTGTTTGTTTGTTTTTGAGACAGGGTCTTATTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCTGTGGTATGATCTCAACTCACTACAACCTCTGCTTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGCCTCAAACCACCAATGAATGGCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTGTGGAGATGGGGTTTCACCATGTTGTCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAAGTGATTCACCCATCTTGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATGACAGACGTGAACCAGTGTTTTTATTCTTTTTGGAGCATTGTACCAGGTGCTAGAGAAACCAAGATGGCTAAGATGTTCTCTGCCTTCTTGGAGCCCACTGAGAAGTAGGGTGTGTGGGAGACCAACTTGTAAATAATTGTTATAACAGGAATGTGCTGTGTAGAGGTAATTCCTAGCACAGAAGAGCTGTGCCAGGAGAGGGTGCCTTCCGTGATGTCTGTTAGGCTAGTCGGAGAGCAGTGGCTTTATTATACTTTGTGTTCCCAGAGCCAGGATCAATGCCTAGCACCTTGCATTCAGTAGTTTCATGACACTGAGGAGATTCTAGAGGGATTAGTAGGAGTTGGGAAAGGGGGAAGATGGTTTTGACACACCCAGGAATGTCACCGCAGAGGCAGAGCTTTGGGTGTGTCCTGGAAGCTACTTTTGTACTTTCCAGACCGGGATATTGCTGCTTAAGGGGTGAGCTCTGCTCAGATGTGGCCTTCCTCAGGCCCAGCACAGCCCCAGGGCTGCTGCATTTTCCTTGCAGCAATCTCCTGAGATTCTAGTTTCCCTAGACAGGCTTTAGATTTAGAATGGAATGCAGCCAGTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGGCGTGTTCTTGGCTCACTGCAACTTCTGCCTCCTGGGTTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTAAGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTGGTATTTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGCTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCTCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATAAACCACCACGCCCTGCCAGCCAGTTACTTCTTTACCATTTTCAAAGATAGCTCTTTTTGTTTTAAGGCTAAGAAATTAGGCTGGGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCTGAGCTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGTGCAACGTGGAGAAACCCCACCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGATGATGCCCACCTGTAGTATGTGTCAGCTACTGAGGAGGCTGAGGCAGGAGAACCGATTGAACCCTGGAGACGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGAAAAAAAAAAAAGAAATTAAATGGTGTGGTGGGGGGCGTTATTCATGCTTGATAACACAGGTGTTAGGTAGCTGGTTCCTGGTTTCTGGCCTCTTTCTGAATTGGGATGACCCCCGGGGCTTTTATTTCGAGACTTTGAAGCTTCAAATCTCCCTCATTTCTTTGGACCTAGCCTTTAGATGAACTCAAAGCCCTAAAGTTCACTCAAGTCCAGACAAAAATCATCCATCCTCAAATGGGCTATTTCCACCCCTCTGGAGGAAATACAGCTCCTCACAGTAAACCCTGCAGCCTGGTAGATTACCAACCTGGGCTGGGAAGCAGATTGTCTCTTCTGATCAACTGATCCTGTGAGGCTTTTGAAAATCTTTCTGATCCTGCCCACTCTCAATGTGCCAGTCACCCCTTTTATCACCCCAGCAGTCAGTTGAACTCAACTGTTTAGCAAGAAGGAATTTTTCATCTCAGTCGTGAGGCCCTCTGAACATGTTTTGTTGCCGTAAGTTTGTTTTCAGAAGGAAAATATAGCTCTCTCTTCAAACCTGGGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTCTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCTCGCTGGGATACAGTGGTGCGATCTCAGTTCACTGCAACCCTCGTCTCATGGGTTCAAGCAATTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGTTGGGATTACAGGTGTGTACAGGTATGCACCACCATGCCCGGCTTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACACAGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTAGAACTCCTGGCTTCAGGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCTTAACATTTTTTTGTAGATACAGAGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGGGCTCAAGCTGTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGACTACAGTCATGAGCCATCCCACCCATTCTAAATGCTCACTGTTATAATGTTTTAGGAGCAAGCAGTGTGGTGTGTGAGATGGCATACCTAAAACCAAAAATGTATTTGGAAGTTGGTTTTAGGCAACCCAGCAATGCCTGCATAGGTTTTCTTAGGAAGAAAACATATCTCTGAACTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAATCTCACCCTGTCACCCAGGCTGGAATGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCCCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCATTGCACCAGGCTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATCTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCATGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCCGGCCTTCTCTTTTTAATTTGATTTTTACTATTATGACCTCAACTAGTAGAGATTTGCATAACTTTCTTAGTCCCTCCAATATTTCTGCAGATTGACTTTGCCTAGATATGGATTAAATTCCTATTATGAAGGGGAGATAATGAAGTGATTTTGACTATCCTTTAAACTTACTGAAGAGGCAAGGTGTGAACTGATACCTGAAATGTGTTCCCCTAGGCTTGGTACTTTTGCAATAGTGAATATAAGGTCAGAACACATATACTTATAAAGTATGTATACTTATGTATGTTCTGACCTTATATTCATACATAGTTATAAAGCATGTCAGTGAGCATTCAGCCTTCCGCACACCCATTCAAAGAATGCAAGGGTTCTAGGGGGAATTTATGATGTGGAATTTCCCAGAGCCAGATAGCATTAGCATGAGAGGATCTATCAGTCCAAACCTGGGAAGTAGGATTTCATATTTAAAATTTTCTTTTTCAGTATCCCTAAAGAGATTAATTAGATGCCAGTTGACTTCGTGCCTTGTAGTCTTTCTTCTTAGCTTGCTTGCAGGCTTAGCTTGACTTGGTCTAGTGCCAGAGGAGTCTTGCTGTCTTTGGTGTACTTTTCCTAAGAGTTGAATTGTGTTGGTTTTTGTTGTTTGACACAGAGTCTTGCTCTATCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAAGTTCAAGTGATTCTCATGCCTCAGCCTCCTGATTAGCTAGGATTACATGCATGCGCCAGCCACCACACCCGGCTAATTTTCATATTTTTAGTTGAAACGAGGTTTCACCATGTTGGGCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAATGATTATCCCGCCTCGGATTCCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGCCACTTTGCCCAGCTTGAATTGTGTTGTTTTTATTTTTTTGTAAGTTTTTTAAATTTTTTATTGTTTTCGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACAATCTCTGCTCACCGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAACAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCGAGTAGCTGGGATTCCAGGCACGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTGTATTTTCAGTAGAGACGAGGTTTCTCCATGTTGTTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCAACCTCAGGTGATCCGCCCGTCTCAGCCTCCCAAAGTGGTGGGATTACAGACGTGAGCCACCGTGCCTGGCAAATTGTGTTAGTTTTAAAACAATTCCCTGAAGCTATCTAAAAGTCTTTTGGCAAAATCCCCTTTGAAATAGCTTTATTAATGAAAAGTAAAGCCATGTGTAGAATTTCACAAAGGAGCAAGTACCACTCACTCATTTAAATGACAGCTACCGAGTGCCTCTATCAGAACACAGTGGTTGATGATGATGACAATAAGGATTTCCCTCATTTACCCCTCCCCAGAACCCTAGGAAGTGGGTGGTTTTTCACTGTTTGTTTTTCTTTCTTTCTTTAGTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTGTGTCGCCCAGGCTGGAGTGTGGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCCCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGAATACAGGCACCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACCGGGTTTCACCGTGTGAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGAGCTCGTGATCTGCCCTCCTCGGCCTGCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAATCACTGCGCCTGGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATATGGATTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATTTCGGCTCACCACAACTTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCACGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGCGCCTGGCTCTTCACTGTGTTTCTAGATAAGGAATCAAGTGGCCAGATAACTGGAGGGTAGTTGGATGGAGATTTGGGCATGCTCTATTGAACTCTGAGGCTGTACTGCCTGCCACCTGTCTCTGCTTTTCCCAGGGATCCTACAAAACTCACTTAAATCTGACATCGCTTCCTGCTCAGAGGAGCCCAGCTGATTGGGTGCCGTGGGAGATCAGACAGTCAGGCTCGGGCTTTACAGGACACTTTTAAAAGTACATTCTCGCAAATTAAATGTCATCTACTCAATAAACATGTATTTTGTGCCAGGTCTGGTGCTGGGCTTGGGAATGCAGCAGTGAGTTCTGAAAGGAGATTCATTATTTGGAGAGGCAGACATTGGAGAGTGCGGTGACACGGGGACCAGAGAGGGCAATGAGGAGTTAGCCCTTCAGCAAGACTAGAGCTTGTAGAGCATGGGCAATCAGAGTGCATGACTCTGGAGTCTAGGTGAAGTCAGGCGGGGGACAAGGAGCCTTGAGGAGATGGCCAAGATCTGGACTTGAGGCTTTGCCTAGGCAAAGAAAGTGGATGCGGCATTGTAGGCTTGGTGCAAGCATGCATGCAAGGCAGGCGTGGAGCATGAAGGCATGCATTGTGGTCCCATCGGGCATGAGTGGTGGGCGTGACCTTGGAAGGGAGACTCGGGGGTGACTGCCTGCCTCAGCTGCTGTCCGACCAAGCATGGCCTTGAACTCCTTGCCAGGTAAGGAGTGAGCACGCGGTTTGTTCCAGACTTGTACAGTGTAAGTACTTTGCAAAGTATTCTGACCTTTCTAAGGTATTTGTCCTGGTTTGTTTTGTTCTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGTGGGAGTTCAGTTTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTTGCCTAGACTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCACCACAACCTCCGCCTCCCAGGCTCAAGCGATTCTCCTGTCATAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCTGGTCACCACAGCCTGGCTCATTTTTGCATTTTTGGTAGAGACGAGGTTTCACCATATTGGTCAGGCTGGCCTCAATCTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTGCAGTTTTACTTCTTAAGAGCAGGGAACATAAGTTCTAAATTTTTGTTTGTACCTAGGTTTGTCTCCAGGAGATGTATAATATTGCTGACTGCTTTTGTCAGCTAAAATAATCCTTCTAGAACTGAGAATAATCAAGGATAATCGATCTATCCTTGGTTAAGGTGTTAGAATCATTGTTGCTTTCAGGAAGACTTTTTCAAGTAGTATTCTATTCCATAGGGACTGAAATCTCTGAATATATCTTTAAATGAAATTCCCAAGTAATTTAAAATGATACCTTGATGAGGAAAACAGATTGTTCTATAATTTGGGAAAGTAAATTATAGCTAAAATTATCAGCTAAAACATACTGTTGGTAGATACCAGAATGTGGATTATGTTTTTATTCATTTTCATGTTCCTTAGCCCTTATACAAGGACCAGCATATGGTACTTCCACAATAAATGTTTGTCCCATAAATATTGAATAAATGAGGTTGAAGGGGGATAAAGCTCTATGCTTTCACTTTCTGGCATTTTCTATATGACTCTCAATTGTTTTGCTATAGATTTTGAATATTGGTTTAAAAATGATATTCAGAATTTTGGTTTTGGGCTTTTTTTGTTTTTGTTTAGGTTAGAAGACTCCTTGGAAGTCAATTTAAAAGATTTACTGTTCTTCCTTTTTTTCGAATTTTTCTCATAAACATTAGCATTTTAAAAAACTCAGATATGTGGCCAGGCGCAGTGGCTGACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCTAGACCAGTCTGGCCAACGTGATGAAACCCCGCCTTTACTAAAAATATAAAAATTAGCCAGGAGTGGTGGCGTATACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCACAAGAATCGCTTGAACCTAGGAGACAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAACAAACAAAAAAATTCAGATATGTGGATTTGGTAGAATATGTCATATACTTGTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACAGAGTCTTGCTGTGTCACCCAGCCTGGAGTTCAGTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTTCACCTCCTGGTTTCAAGTGATTGTCATGCCTCAGCCTCCCAGGTAGCTGGAATTACAAGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGACGGGGTTTCACCATGATGGCCAGGCTGGTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCTTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACGGGCATGAGCCACGGCACCCAGCCATAACGTGTCATATACTTGTTAGACATACCAGCACCAACCCCATTTTTCTCCCAACGGTCCCCATTCTCTGGCTTCCAGTCTATCTCATTATCAACTCTCTATTGCTTTATAAGAAATCACCGCAAGCCTAGCAGCTTAAAACAGCAGATATTTATTATCTCACAGTTTCCTTGGGTCAGGATTCTGGGCACAGCTTAGCTAGGTCCTCTGCTTAGGGTCTCACAGGGCTGCAGTCAAGGTGTTGGCTGGGCTATGTTCCTATCCAGAGCATGGGGTTCTCTCCCAGTGTCGCATGGTTGATGGAAGAATTCACTTCCTGCAGTTGAAGCACAAAGGTCCCTGCTTTCTTCCTGGCTGTCAGTTGAGGCTGCTCTCAGCTTTAGAGGCTGCCTGCAGTTCCTGCCACCAGCTGTCATGACATGGCAGCTGGTGCCAGTGGGTGACTCTCTAGTCATCTAAGGTGGAGTCTTAGATAACAACATAACCATGGCAGAGATGATACCATCACCTTTGGCACATTGCAAGTCACAGGTACTTCCTGAACTCAAGGAAAAAGGATTATATAAGGACATGACTCACTGGGGGTTACCTTAGGGTGTGTCTGCCAAGTAAGTGATTTCATCCCCTTGGGGAAGGTCTCACTAGTCAGTCCCCTTTTCCTCACTGATTTGCAGCAGCTGCTTGATCACTGCTAGCTCAAAGACATGCTCAAAGCTTGGGAACTTGTTTTCTTTTCATAGTAAGCCACAGAAACTATGAAATTACTTTGTATGCATTAAAAAGTGCTTTCTACTGTATCTAAAGTAAAATATTTTATAAGGAGAAAACTGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCTAGAGCCTTTACAGAAGCAGAAGAGCCAACTTCATTTTCTTTCCTCTTATTGTTAAAATTAAGTTTCCAGGCCAGAAACAAGGCTCACGCCTGTAATCCTAACACTTTGTGAGGCCAAAGTGGGAGGATTACTTGAGCCCAAGAGTTTGAGACCAGTCTGGACAACATAGGGAGAACCCGTCTCTGTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATGAGACAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGTGTGATCACAGCTCACTGCAGCCTTGATCTCCTGAGTTCAAGCGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTGCCACCAAACCCAGATAATTTACTTTTTGTATTATTATTATTATTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTGAGACAGAGTCTTGTTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCTGTGGCGCAATCTCAGCTCACTGTAGCCTCCACCTCCCAGGCTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCGCGCCACCATGCCCAGCTGAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCACGTTGGCCAGGATGGTCTCTATCTTTTGGCCTCGTGATCCACCTGCCTTGGCTTCTCAAAGTGCTGGGATTCCAGGCGTGAGCCACTGTGTCTGACAGTTTTTTGTATTTCTTATAGAGCTGGGGTTTCACCATGTTCCCCAGGTTTCTTCTATTTTTATATTAAAATATATTTTTTTTAAAGAGAAAAAGTTAAATTTCCAGAAGATGAGCTATAATCAGAGTCCATTTAAATTAATGTTAATACCACTTCTATGGAAAGAAAATGTTTAATATTTTAAGCTGAATATCTCGTGTGATCAATGACTGTATACCTTATAAGAAAGACTAACATGGCCGGGCATGGTGGCTCACACCTGTGATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAAGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAATACCATGAAACCCTGTCTATACTAAAAACATAAAAAATTAGCTGAGTGTGGTGGCACGCGCCTATAGTTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCGCGCTACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAATAAAAATTAAAAATAAAGAAAGACTAATGTTCAGGTTAGATTTTGGGAAGTTCATATGTCATCTCATCCCCCACAAACATTTTATATTTGAAGTTCAGAGACAAAGATCTTAGTTCTGCACCCCAGTTGTATTCCTTTTTTTTTTTTGAGATGGAATCTCGCTCTGTTGCCCAGACGGGAGTGCAGTGATGTGATCTTGTCTCGCTGCAACCTCCACCTCCTGAATTTATGTAATTCTTGTGCCTCAGCAAGTAGTTGGGATTACAGGTGTACACCACCATGCCCATCAAATTTTTGGCATTTTTAGGAGAGACAGGATTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCCCCCCATCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCCAACCTCTCATGGTGTTAATCAAATCTGATTTCTGTTGTGAAGTTATTGATTTTCAGATACATTATTCAGCTGTGGCTTTTAATAATGGATCTTTTAATAATGGACGCTTGGATGACAGAGTTATAGGATTTAAAATCATCATAATAGTAAATGTTAATAGCATAGTACTCATCAAAGTTGTTCACAGAAGTTCTGCTACATGCACATACCAGCTACCCTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCGCTGGGATGCAGTGGCGTGTTCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCCCCTGGGTTCAAGCAATTAAATTATCCTGCCTCATCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGCCATCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGCAGAGACATTGTCTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACTTCAAGTGATCTGCCCACATCAGTCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCTGGCCATTTACTCTATCCTTGCATCATCAAATTCTCTCTCTAGACTGGCTTTTTGGCATATAAACATGTGCTAGTACCTCCTATCTTTAAGAACAGTCAAAGACAACAGGCTGGGCACCGTGGCTCATGCCTATAAGCCTGGCACTTTGGGAGGCTGAGGCTGACCAACATGCCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGTGTGTAGTGGTGGGCACCTGTAATGCCAGCTACTCTGGAGGCCGCAGGAGAATCACCTGAACCCATGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCATGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGAGCAATAGAGTAAGACTCTGTCTCAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAACCCCTTTGACTTACCCTTTGGCCTTGCTTTGTACCCGGGATTTGTTTTAATCAGGTATGGTAAGATGACACACATGGAGACAACTGCCCTGTTGAAAGGGAAGTTTATTACTTACAGCTCCAGAGGAGGGGGCACACCATGCCAGGCAGGGCCACATGGGGAAGCACCTGGGTCAGTGGGCGACAGTGGAGAGAGGGAAAGCACGGCCCAGAACTTTTATAGTGATTTCCTCAGGAAGGAATGGGCATGGCATGGCATGGCAGGCAAGTTTGAGCAAGCTTAGGTTAGATAGTTTAAATAATTTTGGCAGGCTCTGTGCTAGAGGAGTGGTCTCTAGTTGGTCAGTACCTGGCCCTGGGGTGATTTAGGGCTGGGAAATTATTGGCTTTGTGTGTGAGCATTAAATGAAGAAGATGATTGGGAATGTGGGCTTTTGATTGGTTGATTTGCATATGAATGGCATGTTCTTTGGCAAGTTGTTTGCTGTCTGTAGTAATAAGCTAGCCCTGGGAAGGGCAGTCACTCCAAGCCCCACAATGTCAAAGCAAGATAAAAAAAAAACATAATTAATAGTCCAGGCTCATGCCTATAATCCCAATACTTTGAGGGGCCAAGGCGGGGGGATCTCTTGAGTCTAGGAGTTCAAGAACAGCCTGGGCAATATAGTGAGACTTAAGCTCTGCAAAAACATTTTTTAAAAATTAGCCAGGCATGGTAGCACCACCCGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGCTGAGGCGGGAGGATTGCTTGAGTTCGGGCACAGCATGGCCACTGCAGTCCAGCCTGGGCAACAGAGTAAGACCCTGTCTCAAAAAGAAAAAGAAAAAAAACATGATTAACACACACCCTGTCTTTTAGCACCTGTTATGTTTGTTTGATCTCCCTTATGATAAACATCAAAGACTTTGTGATTGCTGCTTCCGCTTCCTCCTCACCTCCACATTCTCTCCCAACCTTGTTCCCTCTCCGCTGAGTCACCTATGACCTTCATGTTGCTAAATCCGAATTCTCTTTATTCATTTATTTATTTATTTATTAGAGACAGGTTCTTGCTATGTTGCCTAGACTGGTCCTCCCACCTCAGCCTCCCATAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCTACCGTGCCCAGCCTCAGATTCTCTTCTGGGTTCTTATTCTGCTTGATCTCTCAGCAGCATTTCTCACAGATTACTCTTCTCTCCATGAAATTCTTCTCTTGGCTGAGCGCAGCCTGGGCAACATAACGAGACCCTGTCTCTACAACAAATACAGAATTTAGCCAGGTGTGTTGGTGCGTGCCTCTTGTCCCAGCTCATTGTCTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCCAGCGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAATGCTAGAATTACAGGCATGAGCCACCGATTTTACATTTCGGTAGGTCAGAAAGCCCACATGGGCACAGTGGGCTAAAATCAAGGTGTTGCCCAGTGAGCCCATGGGCTGGTTCCTTGCCTTTTCCAGCCTGTTGAGGCCACCTGCATTCCTTGCTCATGGTCCCTTCCTCCATGATCAAGGCCAGCAACATAGTATCTCTCCAACCCTTACATCATCATGACTTTCTCTGCCCACATCTGGGAAAGGTTCTCTACCTTTAAGGGTCATGTGATGACAGTAGGCCCCCCCAGATAATCCGGGTTAATCTCTCCATCTCAAGGTCCTTAAACTTAATTACATTGGCAGAATTATTTTTCCCATTTTTTGTAAAGTACCATATTTAGGGTTCTGAGGATAAGCATGTGGACCCTTTTGGGAGCCATTATCCTGCCAACCATAGTTCCCAACCCAAGCAAGCAAAAGCCAGAGTTGTCCCCATGACTTTCAAGGCCCTTAGAGTCAATCTCCACTTGCCAGTCTAACTTCTCGTAGCTCTCTCCCTCACCCCTAACACTCAGCAGCCTGGTCTCAAACAGCCAGTACTGAACCCAGTGTGTTCTCACAGGGCCTTTGTGCTTGGCTGTTTCTTCTGCCTAAACCATACCTCTCTCCAGTCCTTTTCTTGGTTGATTTCTCCTTCTCATTCTGATCTCAGCTTTGATGTCACCTCAGAGACATGGAAATTCCAAAAAGCCTTCTAACCATCACTGTCATGTGACCCCAGTTGCCCCAGAGCAACTGCCACGGCTGATGGGTTTCTTGTTGGTGTGTATTTTTGGTGTCTCACTCCCTCCCTCTTAACTGCCACATGTGTAAAAACCTTACCTGTCTGTGTCTCTGATGCCAGAATGGTGTGTGGCACATAGTAGGTACTCAGTAAACACCTGCCAAGTGACACTGGAAGAGGATGATTGGTGCTTCTGCTTAGGCACCAGGATACACCACTGCAGGACCATAGTGTGAACACAGATTTCAAGTTGTTGGACCTTGATATTTCATAGTTCTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTTCACTGGTGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCTGGTTCAAGCAATTCTCCTGTGTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCACCACCACGCCCAGCTTTTTTGTACTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAATTCCTGACCTCAGGCGATCCATCCGCCTCGGCCGCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCCTCTGGCCTTTTTTTTTTTTTCTTAATGACAAGGCCTCTGTTATGCTGGCTGGAGTACAGTGGCATGTTCATAGCTCACTACAGCCTCTAACTCATGGTCTCAAGCCATCCTCCTGTCTCAGCCTCCTGAGGGATTGGGACTACAGGCATACCACCATGCCCAGCTAATTTTTAAATTTTTGAAGAGAATGGGTCTCACCATGTTGCCCAGGCCGATCTTAAATTTCTGGGCTCAAGTGGTCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGCGTTGAGATTACAGACATGAGCCACTAATGCCTTACCATAGTTTTTGATGAGTTATTTGCATTGTTTAAACTTTTGCATATAGTGGGAAATGTTTTGAATATTTGTATATTGCTTTACATTATTATTATTATTATTATTGAGACAGAGTCTCACTCTATTGCCTGGGCTGGAGTACAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCAAGGTTTAAGCATTTCTCCTGCCTCACCCACCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCATGACACTGTTCCTGGCGAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCACTTAGGCTGGAGTGCAGTGGCCTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTCTAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAACTGGGATTACAGGTGGGCACCACCATGCCCAACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGCAATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTTCTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCAAGTTTTGTATTTTTAATAGAGATAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGGCTGGCCTTTATATTGATTTTGTGCAAATCAAATTCACATGAAATATGATTGTACTGCATTTTCATAAGGCGACTTATCTACAGTCAGAGTGGCAGATCTCGTTTGGTTTGATTTCTCAGTATGGAAGATCTTTACTCTTGGGGACAAGATGATGACTATTCTTTTCTCACACCCTCCTCTGTCACCTCCCTTTCAG
Seq C2 exon
AAAGCATGCTCTGAATTGCCATCGGATGAAGCCTGCTCTGTTCAGCGTGCTCTGTGAGATCAAGGAAAAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105717-PBX4:NM_025245:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.700 A=NA C2=0.115
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=PU(14.1=70.0)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=FE(12.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)