MmuINT0115827 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031860 | Pbx4
Description
pre B cell leukemia homeobox 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1931321]
Coordinates
chr8:69832690-69859153:+
Coord C1 exon
chr8:69832690-69832851
Coord A exon
chr8:69832852-69859079
Coord C2 exon
chr8:69859080-69859153
Length
26228 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGG
5' ss Score
9.13
3' ss Seq
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3' ss Score
11.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAGCATGCCCTGAACTGCCATCGGATGAAGTCTGCTCTCTTCAGTGTGCTCTGCGAGATCAAGGGGAAGACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031860:ENSMUST00000134777:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.860 A=NA C2=0.115
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=PU(43.9=60.4)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=FE(12.8=100),PF070286=DUF1319=FE(14.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types