MmuINT0115827 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031860 | Pbx4
Description
pre B cell leukemia homeobox 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1931321]
Coordinates
chr8:72356603-72383052:+
Coord C1 exon
chr8:72356603-72356750
Coord A exon
chr8:72356751-72382978
Coord C2 exon
chr8:72382979-72383052
Length
26228 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGG
5' ss Score
9.13
3' ss Seq
GCCTTTGCTGCCTCTTTCAGAAA
3' ss Score
11.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAGCATGCCCTGAACTGCCATCGGATGAAGTCTGCTCTCTTCAGTGTGCTCTGCGAGATCAAGGGGAAGACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031860-Pbx4:NM_001024954:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.846 A=NA C2=0.116
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=PU(14.8=60.4),PF070286=DUF1319=PU(7.5=27.1)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=FE(12.8=100),PF070286=DUF1319=FE(14.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: