HsaINT0120875 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000105717 | PBX4
Description
PBX homeobox 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13403]
Coordinates
chr19:19599292-19618916:-
Coord C1 exon
chr19:19618511-19618916
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr19:19599292-19599365
Length
19145 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCTG
5' ss Score
4.87
3' ss Seq
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3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAGCATGCTCTGAATTGCCATCGGATGAAGCCTGCTCTGTTCAGCGTGCTCTGTGAGATCAAGGAAAAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105717:ENST00000251203:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.930 A=NA C2=0.179
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=PU(14.1=70.0)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=FE(12.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development