HsaINT0130746 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000158528 | PPP1R9A
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:HGNC Symbol;Acc:14946]
Coordinates
chr7:94827661-94855428:+
Coord C1 exon
chr7:94827661-94827796
Coord A exon
chr7:94827797-94855272
Coord C2 exon
chr7:94855273-94855428
Length
27476 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
TGAAATCCCCTTCCTTTCAGACA
3' ss Score
8.23
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTGTTATTGGGCGGGAAAAACCAGGACAAGTGAGCGAGGTTGCCCAGTTGATAAGCCAGACACTGGAACAGGAGAGGCGCCAGAGAGAGCTGCTGGAACAGCACTATGCCCAGTATGATGCCGACGATGACGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACAGGAGAATATGCCACAGATGAAGAAGAAGATGAGGTAGGACCTGTCCTTCCTGGCAGCGACATGGCCATTGAAGTCTTTGAGCTGCCTGAGAATGAGGACATGTTTTCCCCATCAGAACTGGACACAAGCAAGCTCAGTCACAAGTTCAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158528-PPP1R9A:NM_017650:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.432 A=NA C2=0.624
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)