MmuINT0125216 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032827 | Ppp1r9a
Description
protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 9A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442401]
Coordinates
chr6:5077480-5100587:+
Coord C1 exon
chr6:5077480-5077615
Coord A exon
chr6:5077616-5100431
Coord C2 exon
chr6:5100432-5100587
Length
22816 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGG
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
TGCGCTCCCCTTCTTTTCAGACT
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGTTATTGGACGAGAAAAACCAGGACAAGTGAGTGAGGTTGCCCAGTTGATCAGCCAGACCCTGGAACAAGAGCGGCGACAGCGGGAGCTTCTGGAGCGTCACTATGCCCAGTATGATGCTGACGACGATGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.395 A=NA C2=0.538
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types