DreINT0118710 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061304 | ppp1r9a
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-660]
Coordinates
chr19:41540068-41548836:+
Coord C1 exon
chr19:41540068-41540203
Coord A exon
chr19:41540204-41548683
Coord C2 exon
chr19:41548684-41548836
Length
8480 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TGGTGTGTGTTTGTGTTCAGACT
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTGTGATTGGCCGAGAGCGTCCGGGACAGCAGAGTGAAGTGGCGCAGCTCATCAGTCAGACTTTGGAGCAGGAGAAACGTCAGAGAGAGATGATGGAGCAGCAATACGCACAATATGACGCGGATGACGATGAG
Seq A exon
GTGAGCGTTACGGACCTGTCTGAGCATGTCAGAACAGGTTCATCAGCTGTTGGAGCAGGTTCAAATCTATTATCCACGATTCCTCCATGCTACAAGCCTCAGCCTGTTACAATTTGTCACATCAAAGTAGCGGCAAGATGAAGCCAGTTCTGCTGGTCAGAAACAATATAATCAAGCTGTCCAGTCATATTAAAACTCATGCTCTGAAGTATTGGCTTGCACAGTTCTGTATTATCAACAGAGCTGTTGTACACGAAATATTGAAAAGATATTGAAAAGAAAGTTTAGTCCTTTTCAAAATGATTAGATTAAGACACGTTTGGCAAGACAAACTTTGATGCTGGTCTGAGAATGCCTGAAAGGCTTATAAGCTTAACCTTAAAAGCATTTAATAAAAGTAGGATAAGAAGTTGAAGGCCATGCAGTCTGACAAACACTGACAAGCAGATGGATAGATGGATGGATACAGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGATGGATGGATACAGTAGATGAATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGAGACAGAAGATGGATGGATGGTTCATTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGAGACAGAAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGTTGGATGGATGGTTGGATGGATACAGTAGATGGATGTATGGACGGATTGATGAATGGATGCAATAGATAGATGGATGGACAATAGATGGATGGATGGATAGACAGATGGATAAATACAGTAGATGGGTGGATACAATATATAGATGGATGGATGATATATGGATGGATGGATGGATGCAGTGGATGGATAGATGGATGAATGGATGGATGGATAGATGGATGGATGGGTGGATGGATGGATGGATGGTTGGATACATACAGTAGATAGATGGATAGATGGATGGATGGAGGAATACAGTATGGATGGATGGATGGATGAATGGATGGATGGATGGATACAGTAGCTAGATGGATATATTAGATAGATGGAGGGATAGAAGGATATAGTTAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGTTAACATGTTTGGACATGTTGCTAACTATTTACTAGCATGTTTAACTATCACCACATTGTTAGGATAGGATAGATCTGCTGGGGTTTGTTTTATTACTAGTCACTGTGCAGTAATTGCTGACTTCTCATTAGCAGTTTAAAAAGAGAACCAAACAGCCACGAGTCTGTTGTCATGTCTGTTTTCGAAGGACACAGATCGGTGCTTTTCCATAATGCATGCAGGACTGTCACCGTTGGTGCAATTCTGCACAATTGCTCTGATGACTGACTGAAGAAAGTGCTGAATTAATTGCTCGTTATAATATTCAGAGATAATTACACCAGCAGACCAGGCAAAGCCATTTCTACCTTGTGATCTGGAGGACACTTAGCCTTATAGCGTAGAATGCTGCGCAGGATGATGCAAGACTCGCATGTGCCAATGCAAGAGAGAATGAGTGTCAGTGAAAGTCCAAATTAACACTTTGACTGATGGAGGCACGCGTGTTCATTTCTCCATCAGATCATCAAAATCTCACATAACGAATTTAGCTGATGTTATGCATGGCTTGGTTTTGTTTGTATCTGCTGTGGCGTCTGGATTTTGTGGAGCTCTGGCTCTGGTACAGGCTGCTCTCTTAAAATGGCTGTACGATCAGCACTGTTTTATAATTCTGGCACAGGCGGCTTCTCTCAGCAGACGGGCTGCCAGTGAGGAATTGTAATGAATGTTGCAGTTCTTGCTAAAGATTAGCGTGTTTGTGTACAGTTGAAGTCAGACTATTAGCCCCCCTTGTATTTTTTTTTCTCCCAATTTCTGTTTAACGGAGAGAAAATTTTATCAACACATTAATAAACATATTAGTTTTAATTACTCATTTCTACAAACTTATTTAATTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTACTGTAAATATGTTTTTAAGACACTAGTATTCAGTTAAAGTGCTCTTTATTACAGTTTTTCTCCATTGGTTTGGCTCATTTCCTAAACAAAAATTAAATTCTCAAAACAACAGGGACAAACCTCCAAACCACTTGCCAATTGTTCACAACAGAATTGAATTTCTCATTCATATCATTTAATTGCAAATGTCTAACTCCATCTTTGCTAATGATTAAGTACAGATTTCCAATTCCAAGTGAATAGATCTAGTTGATCTGAACTGATTGGTAATTCTCAGTCTAATGGTTGTTCTCTCCAAAATGTGTCAGCGTCATTTCATTGTATGTGTCATTACATGCACAATAGTCTGTTCGAATGTCAAAATTAGTCAAAACCATAATACCATGAATACCATACAGTAGGTGAATCCTTGGAACACTTGATTACACTTTATTACAGCTATTTATTCTTTTTGCTCTGATATATAGAAGTTGCTTTGTGTGTGGTTGATCATTACATTAAAAGAGGAGTTACCATTTCATTGGCAGTATGAGTGCAATGTGTGATGTCAAACCTTGGAGGCTACTCTTACCTTAAAATCCTATTTCTTTTTTTTTTTTCAGTTTTATGCACAATTGTATTCTGTTAGCTGGACAAAAAAAAAAAGACAAAACATCTAAACAATTTGACGTGCAGTACTTACACAATGCTAAAGGGACGAAGCATTTTGGGGGCACTGACTGTTTAATTGAGAAAGAAATTTAGTTTTGACATATGAGTGAACGGTTTTGGGAAAGGTATGAGCTTTTGCAAGTGAGCTATAGTGTTGTGCTAAAGTGTAACACTGTTTTGCCAAATGATCTTAGAATTTTGAGAATGTAATTTCTGTTTCAAGAAATGAACCAAACCAATGGAGAAAAAATATTTATTAGGCAAGTTATTGTATAAGGATGGTTTGTTCTGCGCTATAAAAAATGTAAGTCAGTACAACAAAAACAACATAATTCTTATTTCCTTGAATTTTTCTTGGTTACTCAACTTTTTCAAACATTAGATGCACTGACCTAAAATGTTTGAAACTGAGTGAACAAAAAACTCTTTAGAAAATTGGTATACTAAGAAACAATACATTATCAGAACAAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGTTGGATGGATGGATACAGTAGATGGATGTATGGACGGATTGATGAATGGATCCAGTAGATAGATGGATGGACAATGGATGGATGGATAGACAGATGGATAAATACAGTAGATGGGTGGATACAATATATAGATGGATGGATGATATATGGATGGATGGATGCAGTGGATGCATACAGTAGATGGATAGATGGATGGAGGAATACAGTATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATACAGTAGCTAGATTGAAAAAAAAATTGAAAAAAATTGAAAGTTAATTGAAAAAAAAAAGTTCAATTGAAAAAAAAAAACTAAAACAGAGACAAATGTTAACAAGGGATAAATGTTAGAAACAGGACAGGATGCAAAACAACAATAACAGTAAACAAGACAAAGATCAAAACATGTCAGGATAAACAGGGAAAAATGCTTCATAATGCTTCACAGGGAAAAACAAGACTCAGCAAAGAGTCTGTGTGGATGAGGTGTCTTTATAGGCCTAGTAATCAGTCCATCATGAGCTTCCAGCTGTGTGTATGTGTAATTAGGAGGAACCAGAAATGGTCATGTATCATTATTGCAGCATTATTGCAGTTGTATTATTGCAGTAGTATTTTGTTGTTGTTGTTAATAATGATGACATGAATGTATTTATTGGTGAATTTTTTTTTTTTTGTCGCTGTTGTTAGGATTGAAATACTGCAACCTTTTTTTTTTCAAGTGATGATTAACTCAACTTAAAGTAAAAGGTTGGCTGGAGATAGATAGATAGATGGATGGATGGATGGATACAGTAGTTCCATGGATGGATGAATGGATAGATAGTAGTAGATAGATGTTATAAGTACTGCAACCTTTATTTTTTCAAGTGATGATTAACTCAACTTAAAGTAACATGTTGGCAGAAGCTTATTTTGAGTTGAAAAGTTGAAACTTGCCAAGTTTTGCCCACAAAACTAGTAGTTTTAACTTAATGAAGAAAATTTTGATATAGGTTAAGTTGTACATGGTAATGTTAATGTTAATGTTGAATGTAGTTGTACAGACATTTTTACAGATTTTTGACAAACCAGAATAAAAAAGTAATTTCAAGTTTTTTCAAGTTGGATTTGTACAGTGTGTAGACTTAAAATAAATATAGCTTATATTTATATATAGCTATATAAATATAGGTAGTGAATAATATTGACCTTAAAATTGTTTAGAAAATGAAAAACTGCTTTTATTCTAGCTAAAATTAAACAAATAAGACTTTCTCTAGAGGAAAAAAATATTATTGGAAATACTGTGAAAAATCCCTTGCTCTATTAAACATATTTTGGCAAATAGAAATAGAAAACAAAAATTCATAGGGGTAATAATTATGACTTCAACTGTACGTGTGTGTTTGATCTTGTAAATATATGGTATATGGGTGCTTGAGCGTCAGCACATGCTTAAGTGTTTGCATG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Seq C2 exon
ACTGGAGAATACGCCACCGATGAGGAGGAGGAGGCTGGACAGACGGGAACAGACAGAGATGTGGCCATTGAGGTTTTCGATTTACCCGAAAACGAGGACATCATCTCGCCGTCGGAAATGGATGCCACCAAACTGTTCCAGAAGTTTCGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061304:ENSDART00000138687:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.696 A=NA C2=0.588
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]