HsaINT0130739 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000158528 | PPP1R9A
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:HGNC Symbol;Acc:14946]
Coordinates
chr7:94832977-94855428:+
Coord C1 exon
chr7:94832977-94833042
Coord A exon
chr7:94833043-94855272
Coord C2 exon
chr7:94855273-94855428
Length
22230 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
TGAAATCCCCTTCCTTTCAGACA
3' ss Score
8.23
Exon sequences
Seq C1 exon
AACACTGTGGCTGAATTGCAAGGAATGTCTGGCAACTGCAATAACAATAACAACTATTTTCTTAAG
Seq A exon
GTTTGTTTTTTGGTTTAAAGTAATGCTTACCTGTACTTTCCTGCTTCATATGTAAAATTAAATATTCTTTGTGTCTTATTAACTATCTGTATGTTCTGAAGAACTTCTCTAGAGTGATGTGTTTTGTGCATTGAATAATAGTTTGAAAATAATCATTCAAAAAACAATTCTGAAACATAGCATATATTTTAGGTATAGGTTCTGCAATTTAGACTCATTTCTTAATATTTAGCCATGGATATTTTTAACCCCTAACACTTTAAATATCTTGTGATTCAAATTAAAGGGAAAAAGCAAATGTCCAACAGCAGGTCTGTATGATGTTTACACAGTAATAATGCACATAGTGATTTATACTGTCTGTAAATCCAGTACTTTTTTAGAAAATAATCTTTTGATACAAAATTCTTGATTTCTCAAAACACTAAATATATCTTTAAATTATAGTAGTATTTAGTTGCATGATTTATATGGTAGACATATCAAAATATCTAAAATATCAAAATATCTAAAATGATACTATACTTTAAATAATAAAATAATTCTCGTTATGTTTAGTTGCTGTTAATATAGATAGCAGTGCTTAAAAATGGAGGTTGAGTGTATGTAAAAGGCAGGCTGATTTATGGCAATTAGAGGAAACTGAAGAATAAAGGAAATATATTTAACAGCCTGTTCACAGACTCCAATTTGGTCTAATCTCTAAAATCATTAAATTTAATTATATCCTTTGTTTTATGATCCCCAAATCTATAGCAACAGTCATTGTCACCAAAGCCAAGAATCACAAGGTGCTTGGAAAACATTCCGTTTAAGACCCTATCCATATGTGCACTGGCCTAAGTAGTGTATACACATGCTTAACACACACACACACCACACACACACCACACTCACACCACACATACCCATGCACACACACCACACATATCCACACACACACCACACACACACCACACATACCCACACACACCACACACACACACCACACTCACACCACACATACCCACACACACCCACCACACATACCCACAAACACCACACACACACACCACACACACACCACACATGCCCACACACACATCACACACACCACACATACCCTCACAACCACACACACACCACACACACGACAAACACCACCCTCACACACCACACACACCACAAATACATACACACCTCACGCCCCCACACCATACACACACCACATACCCACACACGACACGCACACACCACACATACCCACACACACCACAGACGCACACACCATACACACCACACACACGCCACACACACACACACTCACTCTGATCCCACGGGGTAGACATCCTCCTGTACTTGAAAGATTCTCTCTAGAAATATTCTTCATATATGGAGATGTTATTTTTTAATACACTGTGTACAGACAGAAAGATGGGTAAAGGGGAGATACAGGTTAGGATAGGAACCTTCATCTAAACAATGTCATCTTTTTGCAGATCATTTTCTTTGATTTAAAAAAATTATGATGCAAATGATTTGAATATATTTTCCTTCCCACTGCCACATTGTGATATTATTTACTCATGAGCTAGATACGAAATACCAAATAAACTTTATCAAATTCTTCCATGTAATTAAATTTCTCTGAAAGTGTAGACTTTGTACTCCCTAGAAACAATGCTAGAACAATTCAATATTACAATGATGAAACACAGAGTTTGCAGTGTTAAAGAGATGTCATAGAAACTACCACAAATGACAGTATTTTTCTGACTTTAAAAACATATATTTTATTAGTTGAATAATTTACCAAAACATTCTAAAATGCTAAAAGACATAGTGAGAGACGGATGCCTGGGAAACAGACTTACTTTCCCAGGGGCCATCGGGATCCCCTGGATTTTCTATGCCTTTTGTTTCCTATACCTTTTATGGTGTCTAGTACACTGACTCTGTTGCCCTTGTATGTCAGCTTAATCCTGTGCACCTTTCAGGGTTCCATTTAAGTTTCATCTCCTTCACAAAGCATTGCTGGGCTAGTGGTCTTTTAAAAGTGTGTCAGTAGCACTGTGTGTATCTCTTTCTGTCATTATTTATCCATAAATTCCCCCCATTAGCCTGTAATCTCTTCAATGACAGGTTTCAATGGGCTTTTGCTTGCTACAGCATTTTAATTGTCTTGAGAGTCCATGAATTTGCAAGAAGACCCTATCTCTATCACACTAAACCACAATCTTCTTCATGTAAAACCAGAAAAAAAAACAAACGTGCATATTTTAGCCCTTGAAAACCTTTGGGAATATCAAAATAGCAACTTGGTGACTCACAGTAACATGCCTTCTTTTTAGTCATAACTGAATAAACCTGCAGTTGAAACAGAATAGTCAAAATGGCCTAAATTACAATACTGCATATATGTCCTTATCTCCTTCCCAATGTATTCACTTAGAAATAGCCTTAAATCATAGAAACATATTTTCTATCACAGAAACACATTTCCATTTGCAATAAAAACTGAATGGTGATGTGGCCAAGGACTGAGATGGTAAAGCTGCTTTATCATGGAGTTTTGCCAGGCTTGATAAAAGATGTTAAAAACTCTAATTGATTTCTGAAGTTTCAGTTCCTAAAGGGATTTTTTTAATGGATTTATTGAGATAAATTTGACATAGAGTGAAATGCACAGATCTTAAAGATATAATTTTATATATTATCATTACATAGCTCCATTTAAATATTAACTTTAATGAGTAATAATTTACATACAATAAATGCACTAATTTTAAGTGTATTTAAGTTAATGGTTTGATGAGTAACCACCACCATAATCAAGATACAAGACATTTTTATTACCTCAAATAGTTACCTTAGGGAACTTTGTAGTCACTCTCAGCCTGAGACAACTATTCAGTCTGCTTTTTGAAACTATAAGTTAATTTCTCCAATTCTAGAATGTAATTAGAATAAAAGCACAACATACTTAATTCTAGAATATAATTACAATAAAAGCAGAACATACTTTTCTTGAACTGCTTCTTTCACTCATCATAATGTCATAATTATCGTTAATGCTTAAATGTTATGATGATACTGTAATTGGTATTGCTTTGAGTTATAGTAGACAAAACCCAGGGTCCACCTGATATGGGATGCCTAATTAGGAAACTTCATCATAAAGCTGGAACCCCATGGACTACACCTTTCTGTAAGGTGAAAATAAATCTATCACCCCAGGGACTGCATGGAAAATTGCCAGTGTCAAACCTTGGGTGCTGAGTGGAAAAGCCAAAAAAATTTTTTCTAACAAATTATGATCACAAGTAGCCTTAATTTATGTTACTTTTCAGAAGAAAAAAAAAAGCATATCTTTCCTTGGGCGTTCATCTTTACTCAAAGAAAAAAAGTTAAAGTTTCGAGAAATATGAGTTGACGGTTTCAAGGTACAAAGTTCGCAGGAAAATAAAGCACCATGAGTAAAAAACAGCAGAAAATAGAAGAAAGGGAGGGAGGAAAAGAAAAAAAAGAGAAGAAAGAAAATAAATATAAGGTCAAAATCATTTTATTATCAATTATACCAAACTAGAACAAATATCTCCAATTGCATATAACTTATTCCAGAAGACAGAAAAACAAAAGTAGTACAACTTTGATACCAGGAATGCAGTAAAACTTTGACAGTGTGAGATGTATGAAGTAATAAAACATAACTTTGGTACCAAAAGCTAACAATGATGAGAAAGAAAACTTATAGGTCCATCCCATTCATAAAAACAATGCAAAAAGGTCCTAAACAAAATATTAGCAAACCATATGAAGCAACATATAAAAGAGATAATATATCATAGCTAGGTTGGGTTTAGCCAGGAATGCAAGTATGGTTTAACATTGGAAAATCTGTCACTTTTTATATTTGACATTGTACTGGAAGGCAAGTAAAAGAAATTAAAGAAATAAATTGTAAAGAAATGAAACTGTTATTCACATATGATGAGATTGTCTATTTAAAAAATCTCAAAAAGTACCTATAGATAAGTTATTAGAAATAATATAAAGTTATAGCAACTTTGCTGAATACATAATTAATGTAAAATAAAACATCTATTTCAATATGTCTGCAAACCAGGAGAAAACATAATTTATAAGTTACCATTTACAAGACTTCAAGACATAAATGATAGGGAAGAGCTTCATAGAGAAAAACAAAATTGTATTGAGATATACCAAAGAAAGTGTATAAAATAGGACAAAGAAACCTTGTTCATGGATTGGAAGATTCAGTAACTGTTGATTTGGTGCAATTCTAGTAAAAATAATTTCAAAAGATTTTTAAATGGAATTTGATAAGCTATTGCTAAAATATACATGAAAGGGCAATACATGAGAAATAACCATGGCATTTCACATGCTTTAAAATGGAAATAATTATTATTAAACTTTAATAAATTTATACTTTGGGGCAAAAGAATGGGCAAGTTGGTCAGGGAGCCCAGAAACAGCACTGTAGATATACAGAAACCTGATTTATGACATAGATTACACTCTAGAAGAGTTGAGAAATGTTTGGCTCTTCAATAAAGAGAATATAGTGAAGTTGAGCCCCCATATAATCCATACCCAAAATTCCATCTCAAGTGGACTGACTACGTAAATGTGAAAAGCAAAAATATAAAATTTGGAAGATAGCATAGAAGAATGCCTTTATGACCTCAGTTTTTAGCAATGTTTCTTACAGCTGGGTGTGGTGGCTTATGCCTGTAATCCCAGGACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAATCCCGTCTTTACTAAAAATGCAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCATGAACCTGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACACCACGGCACTCCATCCTGGGCCACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAA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Seq C2 exon
ACAGGAGAATATGCCACAGATGAAGAAGAAGATGAGGTAGGACCTGTCCTTCCTGGCAGCGACATGGCCATTGAAGTCTTTGAGCTGCCTGAGAATGAGGACATGTTTTCCCCATCAGAACTGGACACAAGCAAGCTCAGTCACAAGTTCAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158528-PPP1R9A:NM_001166160:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.697 A=NA C2=0.624
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)