RnoINT0116455 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008869 | Ppp1r9a
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:RGD Symbol;Acc:632280]
Coordinates
chr4:30159755-30182537:+
Coord C1 exon
chr4:30159755-30159890
Coord A exon
chr4:30159891-30182381
Coord C2 exon
chr4:30182382-30182537
Length
22491 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGG
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
TTCATTCCCCTTCCTTTCAGACC
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]