HsaINT0139444 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000084093 | REST
Description
RE1-silencing transcription factor [Source:HGNC Symbol;Acc:9966]
Coordinates
chr4:57785953-57802010:+
Coord C1 exon
chr4:57785953-57786036
Coord A exon
chr4:57786037-57796006
Coord C2 exon
chr4:57796007-57802010
Length
9970 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
TACTTTTGATTTGCCTTCAGGTG
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000084093-REST:NM_005612:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.069 A=NA C2=0.823
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=51.7),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=34.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=1.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)