HsaINT0139444 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000084093 | REST
Description
RE1 silencing transcription factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9966]
Coordinates
chr4:56919787-56935844:+
Coord C1 exon
chr4:56919787-56919870
Coord A exon
chr4:56919871-56929840
Coord C2 exon
chr4:56929841-56935844
Length
9970 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
TACTTTTGATTTGCCTTCAGGTG
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000084093:ENST00000309042:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.141 A=NA C2=0.823
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=51.7),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=34.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=1.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development