HsaINT0147459 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000092421 | SEMA6A
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6A [Source:HGNC Symbol;Acc:10738]
Coordinates
chr5:115779251-115803443:-
Coord C1 exon
chr5:115803279-115803443
Coord A exon
chr5:115783508-115803278
Coord C2 exon
chr5:115779251-115783507
Length
19771 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
ATATGCGATGTCTATTGCAGGAG
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCATTCCAGTTCCCTCTTGCCCAGCACAACCACATCAGATTCGACGGCTCAAGAGGGGTATGAGTCTAGGGGAGGAATGCTGGACTGGAAGCATCTGCTTGACTCACCTGACAGCACAGACCCTTTGGGGGCAGTGTCTTCCCATAATCACCAAGACAAGAAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000092421-SEMA6A:NM_020796:18
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.390 A=NA C2=0.800
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0143720=PSI=PD(4.5=5.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)