MmuINT0141235 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000019647 | Sema6a
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1203727]
Coordinates
chr18:47404908-47430427:-
Coord C1 exon
chr18:47430263-47430427
Coord A exon
chr18:47409239-47430262
Coord C2 exon
chr18:47404908-47409238
Length
21024 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
ATGTGCGATCTCTATTCCAGGAG
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTGATTCGGGAAAGTTACCTCAAAAGCAACGACCAGCTTGTTCCTGTCACCCTCCTGGCCATTGCAGTCATTCTGGCTTTTGTCATGGGGGCCGTCTTCTCGGGCATCATCGTGTATTGTGTGTGCGATCACCGGCGCAAAGACGTGGCAGTAGTGCAGCGCAAGGAGAAAGAGCTCACTCACTCGCGTCGGGGATCTATGAGCAGTGTCACCAAGCTCAGTGGCCTCTTTGGGGACACCCAGTCCAAGGACCCAAAGCCTGAGGCCATCCTCACACCACTCATGCACAACGGCAAGCTGGCCACGCCTAGCAACACCGCCAAGATGCTCATCAAGGCTGACCAGCATCACCTAGACCTCACCGCCCTGCCCACCCCAGAGTCCACCCCGACACTGCAGCAGAAACGGAAACCCAACCGCGGCAGTCGCGAGTGGGAGAGGAACCAGAACATCATCAATGCCTGCACCAAGGACATGCCTCCCATGGGTTCCCCTGTGATTCCCACGGACCTGCCCCTCCGGGCCTCCCCAAGCCACATCCCCAGCGTGGTGGTCCTGCCCATCACGCAGCAGGGCTACCAGCACGAGTACGTAGATCAGCCCAAAATGAGCGAGGTGGTGGCTCAGATGGCACTGGAGGACCAGGCTGCCACCCTGGAGTATAAGACCATCAAAGAGCACCTGAGTAGCAAGAGTCCCAACCATGGGGTGAACCTTGTGGAGAACCTGGACAGCCTGCCCCCTAAAGTTCCACAGCGCGAGGCCTCCCTAGGTCCCCCGGGAACCTCACTGTCACAGACCGGCCTGAGCAAGAGGCTGGAGATGCAACACTCCTCCTCCTATGGGCTCGAATATAAGAGGAGCTACCCCACGAACTCGCTCACAAGAAGCCACCAGACCACCACTCTCAAAAGAAACAATACTAACTCCTCCAATTCCTCCCACCTCTCCAGGAACCAGAGCTTTGGCCGGGGAGACAACCCACCCCCCGCCCCGCAGCGGGTGGACTCTATCCAGGTGCACAGCTCCCAGCCCTCTGGCCAGGCCGTGACTGTTTCGAGGCAGCCCAGCCTCAATGCCTACAACTCACTGACGAGGTCGGGGCTGAAGCGCACCCCCTCGCTAAAGCCAGATGTACCCCCCAAACCTTCCTTTGCTCCCCTTTCCACATCCATGAAGCCCAATGATGCATGTACATAATCCCAGGGGTTGGGGGGCCAGGAGTTGAAGCATCCGATGAGGCGAGGCACCCACCCAGCTGAGCAAGGTCTCCATTGCCTCGAGTATCCACCCGACCAAGATGGCCCTGGAGGAGCTGAGGACGCTGGGTCCTCCTCCCTGGGACATAGGGATACTCTTCAAAATTGGGCCGTGTGGTCTGGTGAAGGTTTAGCAATCCACCTCTGCGTTCTCTTCCTTCACATCCACGTCATACAGCAGGTCGGACTCACGAAAGACTTCAGTATCATCACAAACATGAGCCAAAAGCACATCTCCACCCCATCCTCACATGAACACAGGCCACAGTCACATTCGTGCACTACATACACATACACACACACACACACACACACACACACCATACCACACCACACCACACCACACCACACCACACCACACCACATCACACCACACCACACACGCAATGGTAAACGACAACCACATTTTGTCCCTGACTATACAGGACGTTACCAAACTTGGCTAAGCATCAGAAACTTTAAAACACACACACACACACAACCATTTTTTTTTTAAAAAAAATCATGAAAATTAAAAAAAAATAATAAAGGATTCATTGATAATTCTAACTCAGACTTTAACAATGGCAGAAGTTTACTATGCGCAGATACTGTGAAATGCCCACCAGTGTTACAGCTTTGTTATAGCAGGTAAATGCCATGTTGGGCAACGATGTCATAGATTTCTGCTCCTCTTCGCTTTTAATGAATAACGTGACCGTTAACGCAAGTAACTCTTATTTATTGTCCACCCCTTTTCTTTTTCCTCAAGGAAAAGACTCTTCCAAATGCCACCACATGAACAGCTCTGCGGAAGCCCGTGGAAAGTTAAACTATTTAACGTGAAATCCATTAACTGGAATAATTGAGTTTCTTTATTTTTACAATAAATTCACTGAGTAAATAATTTGGAGCTGGAATTCTGAGCTTTGTGTTTGGACTATCGGATCAGTAGCTAAAGGACAGTGCTAGGAAGGAATATTTATTTAAATCTAGTTAATTTGTCAGTTGGGTTTCTCGCCAAGAGGAAAAAAAAATGTTTAAAAATCCTTCCAGAGTCTAACTTCCAGCCAGGACAGAAATGTTTAGAATGGTGCCTAAGCCCCATTGCCGTAAACATGGCTTTGTCTGAGGACCCCACCATCAGGAAGGCATTAGCTTGTGAAACCTGCCCCTACCCCCTACCCCCGATCCCCGACCCCCACCATCTCATTTCACCTTGCATGTGAGACAGCAAAACAAAGATCCACAAACTGTGTGAACTAATTAATATGCTGGCTGCTACCTTGCATAAATTAATGATTTGATCACACGGGTGTTTCATGAGGTTACATCTGTGAATAGCCTGTTTTCCACATGTAAATTTGTGCCTTACACTCTGAGTTGTATACACTTGTAAACTGTCGTTATGATCAACTTTCTTTTCCTACTTGAAATAAAGGCAGATATTTATTTAAACCCTGCCCTCCATTCAGCCCTCTGGAAGACTGGAGACAAGCAAATGGAACAGACACGGTAGCGATGGTTGTAATGCTGAAGGCTGGGTGATACCCTTCAGTTCTCCCTGCCTTCCCTTGTGCCAACGCCAGCCACCCTTTGGCCATGCTGCAGAGCATGGACCTCCAGTGTTGTGGGTGGAAAAAACCCCTTTCCCTTATATTCCCAGATCATTTCAATTTGGTGACATCTTCCTGAGCCAGCCGAGAAAGGACTGTGTTCACTGACTGGAGAATCTTGCTGCGGTGGTTAGGGAGGCAACTGGGAGGCGTCTCCGAGCTGTGCCTTCAGCACACCCAGGCGATACACAGAGAATCAACCAGAAAATAGACCAGGCAGGCTGGTCCCTGCTGTGATTAATGGGTACCCCAAAGTACAAACTAACGACAATGGATGCTGAAAAATCCATTTCTGGGGCAAAAGTATTTTTTTGTTTATTTGTTTCTGTTTTTTTTTTTTTAATTCTTTTATCTGTTTGTTGTTTGTAGAGGGTTGGGAGGGGTAGTGTGTGGTTTTGTTTTTTGCTTTTTTTGTTTTTCCCCTCCCTTGGTTTTCATTTGCTAAAGCACACAGAAGGCACCTTTGTTTACTCTATCATGAACAAAAGAATTGTCTGCACACTGTAATCCGTGAGCACTGTTTCCATATAAACAGTTTATTTGGTGGTCTCTTGGTCTCTTTTCTTTTTCCAGTTTGATCTAGGTTTTGTTTTGTCTTTAAAATAAAACAACAATAATAATAATAATAAAACTTTCAGAAAAAAAAAGATTGGCAAGAACAAATTCGAATTGGTTATTTAAAATTTCTATGTTGCACCCGCCGTCCGAGCAGTCCTGCAGAGCCCACGGTGTACAGCCGAGAACAGGTGTATAGCCCTTTGTTCCAAGACTTGCCTCGGACCAGCTAGACTGTTGTTTGAGATACATAAGATATCACTGGTTTTGTTTTGCTCTTTAGAGGAGTCATTGTTCATGGTCTGTAACCATTGCACCCTGAAGCCAGAAAGGCTTTTCTAGAAACAGATGGTGTCTTCTCTATTTCCTTTTCTTCACAAATACAAAAATGAAAAGGAAGGTGCCTGTCAGCCACCCCATACCCTCTCCTCCCTTTTGACTCCCAAGAGTATTACCCCAACCTCATGCCCATGTTAATGGGCATCATTGCCTCAGTTGTGTTACGGAGACCCATGTCAAAACCCACATTCCTACACCCCACACCCCGCTCCTTTCGGTGTCCCACATGTATTGAGCTGGTCTTCTGCTTTTCCCTGTCCCTCTCCCTTTCTGCCCTGACCTTGCATTCGGGGGTAGGGAGGAGATTGCCCATGAACCTGAGCGTGCCTTCGCTTTCCACCCTGGCTAGACAGTGTCGATGCAACAAACGCAGACTTACATTGGTTGTAAAGTTGTAAAAATATTGTGATGTCACCAATTTTCCTTCCGTCTCCACACATCCTAACATCTGATTCACAGTTTAATGTATGTAGTTTAAAAGAAAAGGAGAGAGAGGATGAAAAAGAAAGGGGGAAGAGCGGAAAAATCAAGGGATATGGCTCTATTACTTAAGAGTAATAAAATCAGACTGTTCTACGTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000019647-Sema6a:NM_018744:18
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.391 A=NA C2=0.776
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0143720=PSI=PD(10.3=10.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: